24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4488 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4488  hypothetical protein  100 
 
 
151 aa  293  8e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000653372 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4355  hypothetical protein  100 
 
 
151 aa  293  8e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5841  hypothetical protein  44.72 
 
 
150 aa  94.4  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2170  hypothetical protein  39.29 
 
 
155 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000841913  hitchhiker  0.00518945 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3949  hypothetical protein  37.24 
 
 
153 aa  74.7  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2639  hypothetical protein  32.65 
 
 
154 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0562456  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3206  hypothetical protein  34 
 
 
152 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.053039 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0263  hypothetical protein  38.24 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0324257 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0532  hypothetical protein  37.58 
 
 
155 aa  61.2  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.790547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2022  hypothetical protein  34.4 
 
 
152 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_18170  predicted protein  34.59 
 
 
166 aa  58.2  0.00000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.579095  normal  0.433034 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1800  hypothetical protein  35.71 
 
 
271 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000291935 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0593  hypothetical protein  37.88 
 
 
153 aa  57.4  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00333094  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7190  hypothetical protein  33.33 
 
 
150 aa  52.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.60706  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1544  hypothetical protein  31.08 
 
 
160 aa  53.5  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.152364  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1392  glutaredoxin  33.08 
 
 
263 aa  52.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0473  hypothetical protein  37.5 
 
 
146 aa  51.2  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0199581  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0151  hypothetical protein  32.12 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3352  hypothetical protein  36.92 
 
 
145 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.443589  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1664  hypothetical protein  36.54 
 
 
150 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0297  hypothetical protein  36.54 
 
 
150 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5760  hypothetical protein  36.23 
 
 
145 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.302544  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1451  hypothetical protein  33.08 
 
 
159 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01760  hypothetical protein  27.55 
 
 
469 aa  42.4  0.003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.610994  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>