126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4357 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4357  Flp pilus assembly protein CpaB  100 
 
 		 307 aa  603  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4247  Flp pilus assembly protein CpaB  100 
 
 		 307 aa  603  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_003296  RS02596  signal peptide protein  80 
 
 		 208 aa  248  8e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.818766 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5408  Flp pilus assembly CpaB  47.8 
 
 		 318 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3653  pilus assembly protein  48.12 
 
 		 319 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.588333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4444  Flp pilus assembly protein CpaB  39.45 
 
 		 331 aa  195  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2799  putative signal peptide protein, CpaB like  39.56 
 
 		 316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4660  Flp pilus assembly CpaB  40.32 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000880779  hitchhiker  0.0033273 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1040  Flp pilus assembly CpaB  41.67 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000512138  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1520  Flp pilus assembly CpaB  41.67 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000592722  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1496  Flp pilus assembly protein CpaB  41.67 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000496809  hitchhiker  0.000000663837 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1652  Flp pilus assembly protein CpaB  44.69 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.695685  normal  0.658487 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1402  CpaB family Flp pilus assembly protein  37.9 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.168447  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1442  Flp pilus assembly protein CpaB  38.28 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257298 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1733  Flp pilus assembly protein CpaB  36.08 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0619975  hitchhiker  0.0000143429 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2543  CpaB family Flp pilus assembly protein  38.21 
 
 		 292 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1940  CpaB family Flp pilus assembly protein  36.77 
 
 		 348 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0235089  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1767  putative pilus assembly protein CpaB  36.77 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.726426  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1788  putative pilus assembly protein CpaB  36.77 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1291  hypothetical protein  36.45 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1779  hypothetical protein  36.45 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0116  hypothetical protein  36.45 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1049  putative pilus assembly protein CpaB  36.45 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.342434  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2327  Flp pilus assembly protein CpaB  37.12 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.296928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2705  hypothetical protein  37.12 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.787376  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2073  Flp pilus assembly protein CpaB  34.63 
 
 		 363 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10677  normal  0.723957 
 
 
-
 
NC_003296  RS02597  hypothetical protein  68.57 
 
 		 105 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0849  Flp pilus assembly protein CpaB  38.14 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2320  Flp pilus assembly protein CpaB  33.83 
 
 		 345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4872  Flp pilus assembly protein CpaB  38.31 
 
 		 303 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0982615  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1643  Flp pilus assembly CpaB  29.06 
 
 		 299 aa  100  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000168863  normal  0.463494 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55930  putative pilus assembly protein  36.63 
 
 		 303 aa  99  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0649  Flp pilus assembly CpaB  31.64 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4390  Flp pilus assembly CpaB  30.45 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.752776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2163  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  39.8 
 
 		 316 aa  92.8  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4850  hypothetical protein  31.79 
 
 		 357 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0750  Flp pilus assembly protein CpaB  26.5 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0646  SAF domain-containing protein  28.7 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.361703 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1492  SAF domain-containing protein  32.97 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3969  SAF domain-containing protein  33.69 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.174798  normal  0.640767 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7202  Flp pilus assembly CpaB  31.19 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190401  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1113  SAF domain-containing protein  28.14 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.376133  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5499  Flp pilus assembly CpaB  29.41 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6785  Flp pilus assembly CpaB  29.41 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0900902  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1746  Flp pilus assembly protein CpaB  29 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2828  Flp pilus assembly CpaB  35.05 
 
 		 307 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1657  Flp pilus assembly CpaB  32.64 
 
 		 342 aa  68.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.255393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2916  Flp pilus assembly protein CpaB  34.54 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6373  Flp pilus assembly protein CpaB  28.99 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  0.913106 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0660  pilus assembly protein CpaB  32.88 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.216985  normal  0.0982675 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2114  SAF domain-containing protein  27.68 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2742  Flp pilus assembly protein CpaB  31.68 
 
 		 274 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0799  Flp pilus assembly protein CpaB  32.89 
 
 		 263 aa  65.5  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.761688  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0069  SAF domain-containing protein  30.32 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723058 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1311  pilus assembly transmembrane protein  28.18 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3084  putative pilus assembly protein CpaB  28.18 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208838  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2959  putative pilus assembly protein CpaB  28.18 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2267  pilus assembly protein  28.29 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0706  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  26.12 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0792  Flp pilus assembly CpaB  27.16 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0325336  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6291  Flp pilus assembly CpaB  30.65 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0737796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5995  Flp pilus assembly protein CpaB  30.65 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0325272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2359  putative pilus assembly protein CpaB  27.04 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.934464  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4613  Flp pilus assembly protein CpaB  26.55 
 
 		 269 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.310892 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2643  Flp pilus assembly CpaB  28.08 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1910  putative Flp pilus assembly protein CpaB  29.6 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0558  putative Flp pilus assembly protein CpaB  29.6 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5320  Flp pilus assembly protein CpaB  25.94 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  hitchhiker  0.00316438 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0648  Flp pilus assembly CpaB  29.41 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.420596 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1168  Flp pilus assembly protein CpaB  28.27 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000250468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0998  Flp pilus assembly CpaB  29.66 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394807  normal  0.82555 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1837  Flp pilus assembly protein CpaB  31.67 
 
 		 289 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0309  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  29.38 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3515  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  34.62 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2919  putative Flp pilus assembly CpaB  30.72 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1080  Flp pilus assembly CpaB  28.57 
 
 		 342 aa  57  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3712  Flp pilus assembly CpaB  31.36 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.241083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0392  Flp pilus assembly CpaB  26.64 
 
 		 260 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.373428  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0245  SAF domain-containing protein  24.79 
 
 		 306 aa  55.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7030  putative pilus assembly protein, cpaB  32.28 
 
 		 249 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.383931  normal  0.799048 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6874  Flp pilus assembly protein CpaB  30.72 
 
 		 366 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.367067  normal  0.327856 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1518  Flp pilus assembly protein CpaB  28.36 
 
 		 280 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2345  Flp pilus assembly CpaB  29.56 
 
 		 287 aa  53.9  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.358123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0549  Flp pilus assembly protein CpaB  26.34 
 
 		 283 aa  54.3  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2318  Flp pilus assembly protein CpaB  27.33 
 
 		 233 aa  53.9  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0800  pilus assembly protein CpaB  29.32 
 
 		 266 aa  53.9  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1785  Flp pilus assembly CpaB  29.41 
 
 		 265 aa  53.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634606  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1039  Flp pilus assembly protein CpaB  28.72 
 
 		 233 aa  52.8  0.000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268471  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2372  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  29.6 
 
 		 274 aa  52.4  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.267894  normal  0.976652 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0656  pilus assembly transmembrane protein  27.27 
 
 		 288 aa  52  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.360259 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3519  Flp pilus assembly CpaB  31.33 
 
 		 266 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5682  putative pilus assembly protein cpaB  30.25 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.212256 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0218  component of type IV pilus  32.52 
 
 		 269 aa  52  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4404  Flp pilus assembly protein CpaB  28.8 
 
 		 305 aa  52.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0302  Flp pilus assembly CpaB  26.2 
 
 		 275 aa  51.6  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2361  Flp pilus assembly CpaB  27.51 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1515  Flp pilus assembly CpaB  27.27 
 
 		 260 aa  51.2  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.670297  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2311  Flp pilus assembly protein CpaB  22.86 
 
 		 258 aa  50.8  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2012  SAF domain-containing protein  29.93 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0592  Flp pilus assembly protein CpaB  28.08 
 
 		 283 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.579977  normal  0.0629925 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>