More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4266 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



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Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS05301  integral membrane transmembrane protein  84.5 
 
 
520 aa  797    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4266  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  100 
 
 
526 aa  1025    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.657921 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4154  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  100 
 
 
526 aa  1025    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326396  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5244  major facilitator superfamily transporter  65.09 
 
 
513 aa  596  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5086  major facilitator transporter  63.8 
 
 
529 aa  520  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0190759  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4335  EmrB/QacA family drug resistance transporter  48.16 
 
 
483 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.95 
 
 
483 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.634124  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.82 
 
 
505 aa  425  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1388  EmrB/QacA family drug resistance transporter  48.57 
 
 
483 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  48.25 
 
 
483 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146647  normal  0.357206 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03040  putative MFS transporter  49.59 
 
 
501 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.479989  hitchhiker  0.0000743098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4300  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  47.14 
 
 
504 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4004  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.05 
 
 
498 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0331  MFS family transporter  48.36 
 
 
515 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0017  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.66 
 
 
528 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1890  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.09 
 
 
569 aa  291  2e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2437  major facilitator transporter  40.92 
 
 
494 aa  289  1e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.516021  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2169  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.6 
 
 
554 aa  288  1e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0041  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.08 
 
 
530 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.216862  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1314  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  40.14 
 
 
535 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00952843  normal  0.308238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2480  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.05 
 
 
504 aa  273  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4864  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.42 
 
 
685 aa  272  9e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1299  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.39 
 
 
504 aa  270  5e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3709  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.42 
 
 
522 aa  270  5e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.486595  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0279  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.39 
 
 
504 aa  270  5e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2584  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3291  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.08 
 
 
666 aa  269  8e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.47407  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3817  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.24 
 
 
697 aa  269  8e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00137036  normal  0.060926 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1356  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.39 
 
 
504 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.991135  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2533  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.39 
 
 
519 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1278  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.39 
 
 
504 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1016  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.13 
 
 
504 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80336  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3945  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.65 
 
 
528 aa  268  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00181565  hitchhiker  0.00620132 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0550  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.13 
 
 
504 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.976745  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5185  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.46 
 
 
525 aa  267  4e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.804488  normal  0.490544 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05770  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.65 
 
 
528 aa  265  1e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.148276  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1465  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.39 
 
 
504 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2786  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.15 
 
 
682 aa  264  3e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2756  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.15 
 
 
682 aa  264  3e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.15 
 
 
682 aa  264  3e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375758  normal  0.713659 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4278  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.14 
 
 
685 aa  263  4e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00129972  normal  0.114111 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2339  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.18 
 
 
918 aa  262  8.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00297311  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3042  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.86 
 
 
685 aa  262  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.141693  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0295  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.46 
 
 
565 aa  260  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0391  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.53 
 
 
530 aa  259  6e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.979828  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0275  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.44 
 
 
539 aa  259  6e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.0148555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3058  major facilitator superfamily permease  37.72 
 
 
527 aa  258  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0549474  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3702  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.69 
 
 
509 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4666  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.69 
 
 
509 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.481677  normal  0.435005 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4672  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.11 
 
 
593 aa  257  4e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.349364  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8653  Arabinose efflux permease-like protein  39.14 
 
 
666 aa  256  8e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0306  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.8 
 
 
555 aa  256  8e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.26 
 
 
680 aa  256  9e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2612  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.61 
 
 
565 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000331464  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4163  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.89 
 
 
676 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1157  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.83 
 
 
504 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153598  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4056  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.57 
 
 
509 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.010273  normal  0.647251 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0043  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.97 
 
 
504 aa  255  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.258133  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6232  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.46 
 
 
535 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3321  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.9 
 
 
650 aa  254  3e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.157992  normal  0.0742968 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1405  major facilitator transporter  37.03 
 
 
519 aa  253  6e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4890  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.98 
 
 
513 aa  253  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326454  normal  0.212856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5634  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.31 
 
 
504 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.327669 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4024  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.2 
 
 
509 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179138  normal  0.623334 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6564  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.7 
 
 
526 aa  252  9.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.569718  normal  0.0165949 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4512  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.31 
 
 
504 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4024  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.68 
 
 
562 aa  251  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.736768  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4090  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.02 
 
 
523 aa  251  3e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.588022  normal  0.0353646 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4795  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.32 
 
 
534 aa  251  3e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.29039  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2318  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.09 
 
 
678 aa  250  4e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1779  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  37.93 
 
 
520 aa  250  5e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.38448  unclonable  0.00000000116602 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0763  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.72 
 
 
641 aa  250  6e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0717  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.35 
 
 
558 aa  249  7e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.770491 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1958  major facilitator transporter  35.16 
 
 
530 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1815  major facilitator superfamily MFS_1  35.95 
 
 
448 aa  249  9e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.39624  normal  0.935092 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1258  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.49 
 
 
485 aa  249  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0550  tRNA-guanine transglycosylase, various specificities  36.01 
 
 
1062 aa  249  1e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1424  major facilitator family transporter  37.68 
 
 
537 aa  247  3e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000410629  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3357  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.68 
 
 
505 aa  248  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299723 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1340  major facilitator transporter  41.16 
 
 
614 aa  247  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.407656  normal  0.251685 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0241  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.67 
 
 
523 aa  247  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.232516  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3298  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.48 
 
 
538 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0740  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.9 
 
 
615 aa  245  9.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000446229  decreased coverage  0.00171071 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08840  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.53 
 
 
592 aa  245  9.999999999999999e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_3147  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.71 
 
 
541 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_4211  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.65 
 
 
491 aa  244  3.9999999999999997e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539583  hitchhiker  0.00153857 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1036  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.61 
 
 
672 aa  243  5e-63  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2086  major facilitator superfamily MFS_1  36.48 
 
 
547 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.389714  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_5285  major facilitator superfamily MFS_1  35.73 
 
 
491 aa  241  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008148  Rxyl_0614  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.17 
 
 
607 aa  242  2e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
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NC_014165  Tbis_0331  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  32.14 
 
 
571 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013159  Svir_19560  arabinose efflux permease family protein  33.87 
 
 
552 aa  239  5.999999999999999e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.301888  normal  0.424094 
 
 
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NC_011831  Cagg_0237  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.65 
 
 
621 aa  240  5.999999999999999e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_014158  Tpau_1011  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.83 
 
 
522 aa  239  6.999999999999999e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2009  major facilitator transporter  36.26 
 
 
512 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.192597 
 
 
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NC_007778  RPB_3496  MFS transporter  35.47 
 
 
531 aa  239  9e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597192  normal 
 
 
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NC_013441  Gbro_4620  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.03 
 
 
566 aa  239  1e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.226241  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_2560  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.22 
 
 
557 aa  237  4e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.577395  normal  0.137403 
 
 
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NC_011757  Mchl_1542  major facilitator superfamily MFS_1  38.81 
 
 
498 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0141383  normal 
 
 
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NC_009253  Dred_0326  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.75 
 
 
539 aa  236  8e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_5139  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.5 
 
 
519 aa  235  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.306727  normal 
 
 
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