104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4215 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4103  recombination associated protein  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.491524  normal  0.580869 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4215  recombination associated protein  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0618  recombination associated protein  88.6 
 
 		 307 aa  557  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5201  recombination associated protein  86.64 
 
 		 307 aa  551  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.375837 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3829  recombination associated protein  84.97 
 
 		 306 aa  540  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.634835 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3942  recombination associated protein  84.97 
 
 		 306 aa  540  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127716 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3858  recombination associated protein  86.6 
 
 		 306 aa  528  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5879  recombination associated protein  89.83 
 
 		 307 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0655705 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3940  recombination associated protein  89.49 
 
 		 307 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4426  recombination associated protein  89.49 
 
 		 307 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.875326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4318  recombination associated protein  85.95 
 
 		 306 aa  522  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1262  recombination associated protein  82.47 
 
 		 308 aa  523  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000500085  normal  0.35342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3283  recombination associated protein  83 
 
 		 310 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.211076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4738  recombination associated protein  78.38 
 
 		 304 aa  490  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.419697  normal  0.26237 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3084  recombination associated protein  70.37 
 
 		 312 aa  436  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2883  recombination associated protein  69.36 
 
 		 299 aa  423  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3858  recombination associated protein  49.83 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.114668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0137  recombination associated protein  50.17 
 
 		 331 aa  294  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.731548  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0012  recombination associated protein  43.24 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000167739  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0025  recombination associated protein  42.91 
 
 		 331 aa  231  8.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1019  recombination associated protein  42.86 
 
 		 326 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0030  recombination associated protein  43.58 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.847391  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0854  recombination associated protein  42.26 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.723109  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1562  recombination associated protein  41.08 
 
 		 337 aa  219  3e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0008  recombination associated protein  42.57 
 
 		 325 aa  216  4e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.768093 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0026  recombination associated protein  42.23 
 
 		 325 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0241  recombination associated protein  37.12 
 
 		 332 aa  210  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.192066  normal  0.162814 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2919  putative exonuclease RdgC  38.13 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0344252  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00342  recombination associated protein  37.79 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0461  recombination associated protein  37.79 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0420  recombination associated protein  37.79 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3239  recombination associated protein  37.79 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.679929  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0311  recombination associated protein  37.79 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.898588  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00346  hypothetical protein  37.79 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3215  putative exonuclease RdgC  37.79 
 
 		 325 aa  208  9e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3413  recombination associated protein  42.57 
 
 		 311 aa  208  9e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127093  hitchhiker  0.00135706 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0468  recombination associated protein  37.79 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0423  recombination associated protein  37.46 
 
 		 303 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.869248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0863  recombination associated protein  37.12 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.244778  normal  0.941451 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3110  putative exonuclease RdgC  38.13 
 
 		 303 aa  205  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1027  recombination associated protein  37.12 
 
 		 303 aa  203  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.861172 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0490  recombination associated protein  37.46 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0448  recombination associated protein  37.46 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0429  recombination associated protein  37.46 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0430  recombination associated protein  37.46 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0435  recombination associated protein  37.46 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0253  recombination associated protein  39.53 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1004  recombination associated protein  36.72 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3306  recombination associated protein  36.39 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.570188  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1204  recombination associated protein  36.6 
 
 		 307 aa  198  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0024  recombination associated protein  39.53 
 
 		 351 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2501  recombination associated protein  37.7 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3291  recombination associated protein  36.12 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.207066 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3141  recombination associated protein  36.12 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.755628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3280  recombination associated protein  36.12 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3649  recombination associated protein  43.58 
 
 		 312 aa  195  7e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2233  recombination associated protein  34 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.725755  normal  0.304991 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2410  recombination associated protein  39.67 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.519501  hitchhiker  0.00355917 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2458  recombination associated protein  35.57 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.547166  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01025  recombination associated protein  35.57 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0252  recombination associated protein  35.91 
 
 		 304 aa  188  8e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004386  DNA recombination-dependent growth factor C  35.23 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1286  recombination associated protein  33.78 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0617887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0474  recombination associated protein  31.21 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.725836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2971  recombination associated protein  32.89 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00073441  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1072  recombination associated protein  33.55 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.21617  normal  0.467123 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1702  recombination associated protein  33.44 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.232823 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4018  recombination associated protein  33.44 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.716529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1300  recombination associated protein  33.44 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21790  recombination associated protein  33.77 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00248436  normal  0.130034 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1556  recombination associated protein  31.88 
 
 		 304 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1858  recombination associated protein  33.77 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00588367  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1051  recombination associated protein  33.11 
 
 		 301 aa  169  8e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00571241  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2881  recombination associated protein  31.54 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000385702  hitchhiker  0.00000747957 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2751  recombination associated protein  32.89 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000058571  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2818  recombination associated protein  35.74 
 
 		 351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.507867  hitchhiker  0.00000303219 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1294  recombination associated protein  31.88 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00219598  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1313  recombination associated protein  33.77 
 
 		 321 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00120294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2711  recombination associated protein  31.21 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000015542  hitchhiker  0.00000164206 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2779  recombination associated protein  31.21 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000040473  hitchhiker  0.00146618 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1376  recombination associated protein  31.54 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0087416  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2983  recombination associated protein  31.54 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199652  hitchhiker  0.000496253 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3455  recombination associated protein  30.54 
 
 		 337 aa  162  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0123115  hitchhiker  0.000197991 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1362  recombination associated protein  31.54 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.264451  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2069  recombination associated protein  33.78 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3306  recombination associated protein  30.87 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00154352  hitchhiker  0.0000264901 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1401  recombination associated protein  31.21 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0487175  normal  0.0239819 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1668  recombination associated protein  32.23 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985492  hitchhiker  0.0081736 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2770  recombination associated protein  30.98 
 
 		 303 aa  160  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35220  recombination associated protein  32.12 
 
 		 312 aa  160  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2691  recombination associated protein  31.02 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000150685  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1588  recombination associated protein  32.12 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.192614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1257  recombination associated protein  32.78 
 
 		 318 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00452167 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3897  recombination associated protein rdgC  31.46 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03845  recombination associated protein  29.35 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03442  recombination associated protein  28.76 
 
 		 324 aa  143  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1662  recombination associated protein  29.31 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1734  recombination associated protein  29.31 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0059  recombination associated protein  29.39 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2169  recombination associated protein  34.54 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>