280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3875 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_3764  ribonuclease BN  100 
 
 
329 aa  635    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0316697  normal  0.101597 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3875  ribonuclease BN  100 
 
 
329 aa  635    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02223  putative ribonuclease RNase BN (RBN) transmembrane protein  82.01 
 
 
324 aa  451  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5809  ribonuclease BN, putative  70.1 
 
 
321 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5335  ribonuclease BN  68.47 
 
 
329 aa  340  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1209  ribonuclease BN  54.06 
 
 
312 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4029  ribonuclease BN  49.19 
 
 
316 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0967  ribonuclease BN  46.9 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.89911  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3408  ribonuclease BN  45.55 
 
 
299 aa  244  9.999999999999999e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0329161  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4408  ribonuclease BN  48.8 
 
 
427 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2216  ribonuclease BN  55.47 
 
 
303 aa  242  6e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1876  ribonuclease BN  46.55 
 
 
306 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2153  ribonuclease BN, putative  47.83 
 
 
321 aa  239  4e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0297  ribonuclease BN  44.2 
 
 
291 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.421979 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3921  putative ribonuclease BN  41.26 
 
 
360 aa  226  5.0000000000000005e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00855127  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6562  ribonuclease BN  43 
 
 
347 aa  216  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.357212  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2372  ribonuclease BN  43.94 
 
 
321 aa  212  7.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.483691  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1669  ribonuclease BN, putative  50.36 
 
 
326 aa  212  9e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2533  ribonuclease BN  36.68 
 
 
311 aa  209  7e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0412  ribonuclease BN  37.86 
 
 
317 aa  202  7e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2225  ribonuclease BN  43.12 
 
 
298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.681291  decreased coverage  0.00304933 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6636  ribonuclease BN  38.51 
 
 
322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2469  putative ribonuclease BN  35.31 
 
 
305 aa  196  5.000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.428751  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0703  YihY family protein  40.07 
 
 
325 aa  194  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.075214  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4448  ribonuclease BN  38.28 
 
 
443 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0111149  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1947  ribonuclease BN  39.93 
 
 
299 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594213 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3473  ribonuclease BN  35.94 
 
 
324 aa  191  1e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.950669 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2801  ribonuclease BN  42.69 
 
 
307 aa  191  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.128758 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10418  hypothetical protein  36.82 
 
 
323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.536635  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0744  putative ribonuclease  39.93 
 
 
337 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2276  putative ribonuclease BN  39.93 
 
 
307 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1591  ribonuclease BN  37.41 
 
 
424 aa  189  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1697  putative ribonuclease BN  39.93 
 
 
307 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.318237  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1883  putative ribonuclease BN  39.93 
 
 
307 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.244601  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2414  putative ribonuclease BN  39.93 
 
 
304 aa  189  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1675  putative ribonuclease BN  39.93 
 
 
307 aa  188  8e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.753662  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2621  ribonuclease BN  40.48 
 
 
304 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2481  ribonuclease BN  40.07 
 
 
324 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541316  normal  0.806631 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4599  ribonuclease BN  38.81 
 
 
341 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150471  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3877  ribonuclease BN  35.35 
 
 
310 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3375  putative ribonuclease BN  37.31 
 
 
310 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.594125 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2102  ribonuclease BN  37.2 
 
 
311 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.316673 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3546  ribonuclease BN  37.69 
 
 
308 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229297  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4384  ribonuclease BN, putative  37.69 
 
 
314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3982  putative ribonuclease BN  37.69 
 
 
314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4516  ribonuclease BN  36.67 
 
 
436 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.783235  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1291  ribonuclease BN  38.38 
 
 
311 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.31772 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1838  ribonuclease BN, putative  40.81 
 
 
301 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.787321  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0769  ribonuclease BN  37.32 
 
 
411 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2667  ribonuclease BN  40.65 
 
 
302 aa  170  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0611062  normal  0.153348 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3548  ribonuclease  35.56 
 
 
299 aa  166  4e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0230388  normal  0.0399226 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3922  ribonuclease BN  36.17 
 
 
370 aa  166  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644027  normal  0.211181 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5700  ribonuclease BN  38.76 
 
 
305 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0471671 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2352  ribonuclease BN  37.19 
 
 
305 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3481  ribonuclease BN family protein  38.19 
 
 
306 aa  154  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2157  ribonuclease BN  36.2 
 
 
393 aa  155  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1517  ribonuclease BN  35.25 
 
 
321 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04098  ribonuclease BN  32.01 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0042  BrkB-like serum-resistance protein  31.72 
 
 
294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.363004  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0258  ribonuclease BN  32.03 
 
 
331 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1806  ribonuclease BN  33.33 
 
 
292 aa  129  7.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1738  ribonuclease BN  33.33 
 
 
292 aa  129  7.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.554379  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3201  ribonuclease BN  33.22 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.248041 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0324  ribonuclease BN  32.86 
 
 
314 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0221  ribonuclease BN  34.04 
 
 
334 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2696  ribonuclease BN  30.16 
 
 
322 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3407  ribonuclease BN  30.16 
 
 
322 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.57313  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3965  ribonuclease BN  28.3 
 
 
306 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3282  ribonuclease BN  26.98 
 
 
306 aa  116  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2561  ribonuclease RN  26.32 
 
 
276 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.842929  normal  0.307691 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0169  ribonuclease BN  34.81 
 
 
305 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0417869  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0151  ribonuclease BN  34.81 
 
 
305 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.688141  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0077  ribonuclease BN  26.35 
 
 
307 aa  96.3  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4026  ribonuclease BN  26.3 
 
 
302 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.194003 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1406  ribonuclease BN  24.52 
 
 
320 aa  92.4  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.573356  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2802  ribonuclease BN  30.19 
 
 
368 aa  83.6  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4618  ribonuclease BN  25.96 
 
 
336 aa  72  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.331921  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01081  serum resistance locus BrkB-like protein  25.61 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0331  ribonuclease BN  27.57 
 
 
320 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.533981  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0302  ribonuclease BN  25.08 
 
 
298 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.223678  hitchhiker  0.000000133239 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0014  putative ribonuclease BN  26.55 
 
 
450 aa  67.4  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3482  ribonuclease BN  25.18 
 
 
292 aa  67  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51960  ribonuclease  28.95 
 
 
411 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000384323 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01651  serum resistance locus BrkB-like protein  26.16 
 
 
304 aa  64.3  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.596268  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1463  serum resistance locus BrkB-like protein  26.16 
 
 
304 aa  64.3  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1577  ribonuclease BN  36.67 
 
 
294 aa  63.9  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.274703  normal  0.013095 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3545  ribonuclease BN  26.3 
 
 
285 aa  63.9  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.109526  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4558  ribonuclease  28.57 
 
 
411 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.176119  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1902  YihY family protein  36.67 
 
 
262 aa  63.2  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.567508  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3448  ribonuclease BN  26.98 
 
 
313 aa  62  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.016816  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3912  ribonuclease BN, putative  24.01 
 
 
386 aa  62  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.561181  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0316  ribonuclease BN  26.67 
 
 
337 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.293845  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3708  ribonuclease BN  26.84 
 
 
337 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.153225 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0311  ribonuclease BN  26.84 
 
 
337 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.415793 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0536  ribonuclease BN, putative  24.05 
 
 
525 aa  60.8  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.031655 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1932  ribonuclease BN  27.06 
 
 
363 aa  60.1  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0548  tRNA-processing RNAse BN  24.05 
 
 
525 aa  60.1  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2618  YihY family protein  25.45 
 
 
437 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01071  serum resistance locus BrkB-like protein  28.32 
 
 
314 aa  59.3  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48623  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0425  putative ribonuclease BN  25 
 
 
300 aa  59.3  0.00000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.250516  normal  0.726297 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>