More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3823 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4900  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 118 aa  242  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.432991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3823  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 118 aa  242  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5466  endoribonuclease L-PSP  66.67 
 
 		 117 aa  169  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0063  endoribonuclease L-PSP  66.96 
 
 		 117 aa  166  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.819868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3717  Endoribonuclease L-PSP  62.28 
 
 		 117 aa  150  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.306574 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4503  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1775  endoribonuclease L-PSP  55.65 
 
 		 115 aa  123  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.634582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0466  L-PSP family endoribonuclease  49.12 
 
 		 117 aa  123  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3393  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 116 aa  122  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.308192 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6409  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 131 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6642  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 131 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4474  endoribonuclease L-PSP  54.46 
 
 		 117 aa  121  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6240  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 116 aa  121  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2065  endoribonuclease L-PSP  54.24 
 
 		 116 aa  121  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.383791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0467  endoribonuclease L-PSP  47.83 
 
 		 117 aa  121  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0342744  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1889  Endoribonuclease L-PSP  52.14 
 
 		 117 aa  120  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.121968  normal  0.445975 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6007  endoribonuclease L-PSP  52.17 
 
 		 118 aa  120  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1395  endoribonuclease L-PSP  53.91 
 
 		 115 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2710  endoribonuclease L-PSP  52.99 
 
 		 117 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.813117 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3910  endoribonuclease L-PSP  51.75 
 
 		 116 aa  119  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2171  endoribonuclease L-PSP  47.01 
 
 		 117 aa  117  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  0.0971944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4948  Endoribonuclease L-PSP  54.46 
 
 		 115 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0337  translation initiation inhibitor  47.75 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2737  putative ssRNA endoribonuclease L-PSP  53.04 
 
 		 115 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4240  L-PSP family endoribonuclease  46.85 
 
 		 115 aa  116  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.562901  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4921  endoribonuclease L-PSP  55.75 
 
 		 115 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3834  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 118 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4149  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 120 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3954  Endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0306  endoribonuclease L-PSP  46.85 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3652  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 117 aa  115  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3638  endoribonuclease L-PSP  46.85 
 
 		 118 aa  115  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2646  endoribonuclease L-PSP  47.83 
 
 		 116 aa  114  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0288  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 116 aa  114  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00205912  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2268  endoribonuclease L-PSP  46.15 
 
 		 117 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4031  endoribonuclease L-PSP  46.85 
 
 		 117 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1273  endoribonuclease L-PSP  46.9 
 
 		 120 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4056  endoribonuclease L-PSP  46.85 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2672  hypothetical protein  51.33 
 
 		 116 aa  111  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.35779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7057  endoribonuclease L-PSP  48.72 
 
 		 117 aa  111  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.945657  normal  0.394054 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2762  endoribonuclease L-PSP  47.01 
 
 		 121 aa  111  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4265  Endoribonuclease L-PSP  50.45 
 
 		 116 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47970  Endoribonuclease L-PSP family protein  50 
 
 		 117 aa  108  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01561  translation initiation inhibitor  42.86 
 
 		 118 aa  108  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1158  endoribonuclease L-PSP  46.43 
 
 		 120 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0195416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0002  putative endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 115 aa  107  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.149481  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3771  Endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 117 aa  107  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2495  hypothetical protein  47.37 
 
 		 116 aa  107  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4502  Endoribonuclease L-PSP  51.33 
 
 		 119 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.654756 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0334  endoribonuclease L-PSP  48.21 
 
 		 114 aa  107  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3201  putative endoribonuclease L-PSP family protein  48.65 
 
 		 113 aa  106  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0954576  normal  0.771156 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0653  translation inhibitor of mRNA  46.49 
 
 		 116 aa  106  9.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3455  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 117 aa  106  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6077  hypothetical protein  50.89 
 
 		 117 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3317  hypothetical protein  43.48 
 
 		 117 aa  105  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0413  endoribonuclease L-PSP  43.24 
 
 		 117 aa  105  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.343212  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000040  endoribonuclease L-PSP family protein  42.98 
 
 		 117 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70010  hypothetical protein  50.89 
 
 		 117 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6255  Endoribonuclease L-PSP  49.56 
 
 		 118 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0968963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0246  endoribonuclease L-PSP  44.64 
 
 		 116 aa  104  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4372  endoribonuclease L-PSP  46.96 
 
 		 117 aa  105  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2329  endoribonuclease L-PSP  46.02 
 
 		 127 aa  104  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4020  endoribonuclease L-PSP  49.56 
 
 		 119 aa  103  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620706  normal  0.517505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4389  Endoribonuclease L-PSP  49.56 
 
 		 119 aa  103  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.276873 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0102  endoribonuclease L-PSP family protein  48.21 
 
 		 117 aa  103  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1365  endoribonuclease L-PSP  48.65 
 
 		 114 aa  102  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.798025  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01773  endoribonuclease L-PSP family  45.13 
 
 		 115 aa  103  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.719379  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4435  hypothetical protein  44.64 
 
 		 117 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0236  endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 		 117 aa  102  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2297  endoribonuclease L-PSP  46.85 
 
 		 113 aa  101  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.718844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2026  endoribonuclease L-PSP  53.1 
 
 		 118 aa  101  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.232751  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4426  endoribonuclease L-PSP  43.8 
 
 		 122 aa  101  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0537399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4336  endoribonuclease L-PSP  43.48 
 
 		 123 aa  100  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.597458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0475  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 112 aa  100  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0936  endoribonuclease L-PSP  49.56 
 
 		 118 aa  100  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1289  Endoribonuclease L-PSP  45.37 
 
 		 120 aa  100  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1150  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 114 aa  99.8  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.710558  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1019  hypothetical protein  47.75 
 
 		 114 aa  99.8  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5822  hypothetical protein  48.25 
 
 		 116 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1242  hypothetical protein  44.14 
 
 		 114 aa  99.8  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0961  hypothetical protein  47.75 
 
 		 114 aa  99.8  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2759  hypothetical protein  46.09 
 
 		 119 aa  98.2  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67140  hypothetical protein  48.25 
 
 		 116 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0926922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1357  endoribonuclease L-PSP  44.95 
 
 		 117 aa  98.2  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430779  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1450  endoribonuclease L-PSP  44.95 
 
 		 117 aa  97.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000258277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1397  endoribonuclease L-PSP  44.95 
 
 		 117 aa  97.8  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0150121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4613  endoribonuclease L-PSP  44.95 
 
 		 117 aa  97.8  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00014505  normal  0.903485 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0990  endoribonuclease L-PSP  44.95 
 
 		 117 aa  97.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00403793  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2758  Endoribonuclease L-PSP  44.04 
 
 		 117 aa  97.4  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1472  endoribonuclease L-PSP  44.95 
 
 		 117 aa  97.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.155856  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1174  endoribonuclease L-PSP  45.95 
 
 		 114 aa  97.4  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6378  Endoribonuclease L-PSP  41.59 
 
 		 114 aa  97.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0807375  normal  0.458934 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2400  endoribonuclease L-PSP  42.11 
 
 		 116 aa  97.4  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.690402  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1708  putative endoribonuclease L-PSP  41.74 
 
 		 117 aa  97.1  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1575  hypothetical protein  40.68 
 
 		 131 aa  97.1  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1369  hypothetical protein  43.12 
 
 		 133 aa  97.1  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1834  Endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 		 115 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00508894  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0992  hypothetical protein  41.59 
 
 		 114 aa  96.7  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1824  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 		 115 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.387771 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2469  endoribonuclease L-PSP  41.44 
 
 		 121 aa  96.3  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.301714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>