50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3664 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4741  WbqC-like family protein  100 
 
 
237 aa  496  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.783652 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3664  WbqC-like family protein  100 
 
 
237 aa  496  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592611  normal  0.677905 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3056  hypothetical protein  42.19 
 
 
236 aa  202  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.495216  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0238  WbqC-like family protein  31.13 
 
 
231 aa  129  4.0000000000000003e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3729  WbqC-like family protein  33.63 
 
 
232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5672  WbqC-like family protein  30.37 
 
 
229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397575  normal  0.0211731 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2851  hypothetical protein  31.16 
 
 
229 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000183641 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3120  hypothetical protein  29.65 
 
 
231 aa  125  7e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0236113  hitchhiker  0.00120592 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0831  WbqC-like family protein  30.84 
 
 
230 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.064129  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3312  WbqC-like family protein  31 
 
 
232 aa  123  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360006  normal  0.612167 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2744  hypothetical protein  32.02 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.58693  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0302  WbqC-like family protein  30.6 
 
 
230 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000000985813  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1218  WbqC-like family protein  29.86 
 
 
246 aa  116  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0505  WbqC-like family protein  31.71 
 
 
209 aa  116  3e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000101608  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0158  WbqC-like family protein  30.57 
 
 
235 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.87544  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0145  hypothetical protein  30.13 
 
 
235 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11538  hypothetical protein  29.91 
 
 
231 aa  113  3e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.354473 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2775  WbqC-like family protein  26.01 
 
 
232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0910854 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1307  hypothetical protein  29.55 
 
 
233 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.760203 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0415  WbqC-like family protein  28.76 
 
 
233 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.393532  normal  0.631943 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3335  hypothetical protein  29.39 
 
 
240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.600477 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4402  hypothetical protein  30.57 
 
 
237 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1134  WbqC-like family protein  28.76 
 
 
227 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5397  WbqC-like family protein  29.15 
 
 
243 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348788  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0322  hypothetical protein  25.23 
 
 
227 aa  102  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0723806  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3184  hypothetical protein  26.13 
 
 
240 aa  100  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0640  WbqC-like family protein  28.76 
 
 
240 aa  100  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.636618  normal  0.417336 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0167  hypothetical protein  29.65 
 
 
262 aa  99.8  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0361  hypothetical protein  27.36 
 
 
273 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0285  hypothetical protein  27.95 
 
 
242 aa  98.2  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.385074  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5237  hypothetical protein  29.36 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345419  normal  0.57885 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1293  hypothetical protein  26.03 
 
 
241 aa  95.1  8e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2574  WbqC-like family protein  26.58 
 
 
232 aa  90.1  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.249758  normal  0.671776 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3212  WbnG  24.12 
 
 
236 aa  87.4  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.578652  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0233  hypothetical protein  28.57 
 
 
250 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2874  hypothetical protein  28.57 
 
 
250 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3754  WbqC-like family protein  23.87 
 
 
233 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.260319 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0823  hypothetical protein  23.11 
 
 
230 aa  78.6  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618028  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0768  hypothetical protein  25.23 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2567  WbqC-like family protein  23.15 
 
 
233 aa  72.4  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.873018  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3907  hypothetical protein  23.98 
 
 
250 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1578  hypothetical protein  23.53 
 
 
238 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2997  hypothetical protein  21.28 
 
 
232 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0342521  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1867  WbqC-like family protein  23.85 
 
 
224 aa  60.5  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3843  hypothetical protein  26.17 
 
 
240 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0372156 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2174  Seryl-tRNA synthetase, class IIa-like protein  34.07 
 
 
352 aa  53.9  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0702  WbqC-like family protein  24.77 
 
 
215 aa  52.8  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1809  WbqC-like family protein  19.91 
 
 
207 aa  46.6  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1999  hypothetical protein  27.78 
 
 
212 aa  45.4  0.0007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.390702 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0207  hypothetical protein  20 
 
 
204 aa  41.6  0.01  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>