52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3185 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3510  putative proline-rich transmembrane protein  90.82 
 
 
799 aa  1245    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000863907 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3315  putative prolin-rich transmembrane protein  71.78 
 
 
787 aa  907    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.534129  normal  0.208628 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3185  putative prolin-rich transmembrane protein  100 
 
 
799 aa  1576    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.702606  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3655  putative chromosome segregation ATPase  53.86 
 
 
941 aa  529  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.228794  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3975  hypothetical protein  52.6 
 
 
835 aa  505  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.584669  hitchhiker  0.0089061 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2944  putative prolin-rich exported protein  45.31 
 
 
907 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.298919  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2894  hypothetical protein  44.09 
 
 
857 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2832  translation initiation factor 2  43.97 
 
 
857 aa  482  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0789  putative prolin-rich transmembrane protein  42.93 
 
 
848 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0494509 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1681  RE17165p  45.53 
 
 
915 aa  463  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1032  putative prolin-rich transmembrane protein  53.63 
 
 
874 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4200  hypothetical protein  42.04 
 
 
857 aa  456  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2953  putative prolin-rich transmembrane protein  53.02 
 
 
871 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2217  hypothetical protein  51.59 
 
 
904 aa  452  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0962  hypothetical protein  50.93 
 
 
856 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0966  hypothetical protein  41.72 
 
 
856 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1086  hypothetical protein  41.41 
 
 
855 aa  436  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1045  hypothetical protein  41.13 
 
 
858 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.750877  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3271  putative prolin-rich exported protein  46.88 
 
 
846 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4325  putative prolin-rich exported protein  48.32 
 
 
769 aa  405  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4074  putative chromosome segregation ATPases  48.2 
 
 
842 aa  375  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.307372 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2520  translation initiation factor 2  61.41 
 
 
367 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0894  hypothetical protein  61.41 
 
 
367 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.357684  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4463  putative proline-rich transmembrane protein  42.28 
 
 
762 aa  345  1e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.364594  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4954  putative chromosome segregation ATPase  48.21 
 
 
639 aa  339  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459285  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2294  putative proline-rich transmembrane protein  43.4 
 
 
719 aa  324  5e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4100  hypothetical protein  39.36 
 
 
740 aa  285  3.0000000000000004e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4013  hypothetical protein  45.59 
 
 
790 aa  273  1e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0509  hypothetical protein  41.94 
 
 
741 aa  238  4e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0140536 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2637  hypothetical protein  36.99 
 
 
680 aa  191  5.999999999999999e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.812362  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2528  hypothetical protein  33.09 
 
 
704 aa  190  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.136644  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1357  hypothetical protein  27.66 
 
 
784 aa  126  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3360  hypothetical protein  24.27 
 
 
459 aa  93.6  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4200  hypothetical protein  32.86 
 
 
438 aa  92.8  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0156411  normal  0.730059 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2265  hypothetical protein  37.87 
 
 
472 aa  83.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.184609 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0784  hypothetical protein  35.05 
 
 
466 aa  80.9  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7074  hypothetical protein  51.95 
 
 
490 aa  80.1  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0296641  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4613  hypothetical protein  36.26 
 
 
437 aa  77.4  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0895  hypothetical protein  35.06 
 
 
464 aa  75.5  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1125  hypothetical protein  34.38 
 
 
488 aa  75.1  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2318  hypothetical protein  31.9 
 
 
473 aa  73.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0293143  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2406  hypothetical protein  31.68 
 
 
485 aa  73.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0542491  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1548  hypothetical protein  33.17 
 
 
487 aa  73.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.227278  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1306  putative chromosome segregation ATPase  24.85 
 
 
848 aa  68.6  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000692964  normal  0.11952 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5067  cell surface protein  21.95 
 
 
3409 aa  64.7  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0460  FHA domain-containing protein  41.67 
 
 
341 aa  61.2  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1219  hypothetical protein  28.02 
 
 
586 aa  56.6  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5038  conserved repeat domain protein  21.8 
 
 
3521 aa  56.2  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4659  cell surface protein  21.76 
 
 
3472 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4640  cell surface anchor  21.76 
 
 
3471 aa  52.8  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3389  hypothetical protein  27.12 
 
 
209 aa  51.6  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0478  cell-surface large adhesin  32.03 
 
 
2851 aa  49.3  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>