More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2517 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2517  peptidase S24 and S26 domain protein  100 
 
 		 192 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.983902  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4974  peptidase S24 and S26 domain protein  97.4 
 
 		 212 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1781  putative prophage repressor  38.37 
 
 		 194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000051926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3718  LexA repressor  36.63 
 
 		 199 aa  95.1  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.875348  normal  0.435562 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2596  putative prophage repressor  32.14 
 
 		 210 aa  94.7  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1966  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000484403  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01158  DNA polymerase V, subunit D  36.72 
 
 		 139 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000619271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2465  peptidase S24 and S26 domain protein  36.72 
 
 		 139 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1670  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267382  normal  0.982493 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2442  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000116875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01168  hypothetical protein  36.72 
 
 		 139 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000352689  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1340  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  72  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000577771  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1286  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000137402  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1328  DNA polymerase V subunit UmuD  36.72 
 
 		 139 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143224  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.81 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1981  putative prophage repressor  37.98 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0020  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.04 
 
 		 199 aa  70.9  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000309012  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1475  LexA repressor  31.96 
 
 		 211 aa  69.7  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.457406 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2213  DNA polymerase V subunit UmuD  37.5 
 
 		 139 aa  70.1  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0542538 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2341  putative prophage repressor  35.16 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  32.03 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  32.03 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2457  peptidase S24/S26 domain-containing protein  35.16 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2352  putative prophage repressor  35.16 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2006  peptidase S24 and S26 domain protein  35.16 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362452 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  36.57 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0899  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  40.17 
 
 		 148 aa  67  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  38.66 
 
 		 153 aa  67.4  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2216  DNA polymerase V subunit UmuD  37.23 
 
 		 139 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.113166  normal  0.676536 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2159  DNA polymerase V subunit UmuD  37.23 
 
 		 139 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0649907  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2163  DNA polymerase V subunit UmuD  37.23 
 
 		 139 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.21769  normal  0.16696 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0927  SOS-response transcriptional repressor, LexA  27.94 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  33.59 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3515  LexA repressor  29.73 
 
 		 205 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02088  LexA repressor  39.35 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0237  LexA repressor  25.76 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0532878  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0200  LexA repressor  28.57 
 
 		 206 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3997  LexA repressor  28.28 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0041  LexA repressor  44.57 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3152  LexA repressor  33.16 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0572  repressor LexA  43.06 
 
 		 244 aa  63.2  0.000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0263209 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0704  putative prophage repressor  36.09 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1207  transcriptional repressor, LexA family  28.49 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325213  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1739  LexA repressor  29.26 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1364  LexA repressor  42.35 
 
 		 203 aa  62.8  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000105475  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1177  LexA repressor  42.35 
 
 		 203 aa  62.8  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000269483  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0180  LexA repressor  30.27 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2425  LexA repressor  31.49 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3074  Repressor lexA  33.86 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.459225  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2543  LexA family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 204 aa  62  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0539699  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0037  protein ImpA  34.15 
 
 		 145 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0603297 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.03 
 
 		 138 aa  62  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0668  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.16 
 
 		 207 aa  62  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.396258  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00150  LexA repressor  31.63 
 
 		 213 aa  62  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  31.75 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1587  LexA repressor  29.28 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.477026 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2520  LexA repressor  31.69 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0774546  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1939  LexA repressor  30.77 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269028  normal  0.116637 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1693  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.42 
 
 		 215 aa  61.2  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.026271  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.03 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3116  LexA repressor  31.49 
 
 		 202 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.553087 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0127  LexA repressor  29.35 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2741  LexA repressor  31.11 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1439  SOS-response transcriptional repressor, LexA  40.23 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1579  transcriptional repressor, LexA family  30.65 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14510  LexA repressor  29.61 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2070  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.3 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3481  LexA repressor  29.26 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.216025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3510  LexA repressor  29.89 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9651  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3283  LexA repressor  29.67 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4342  putative prophage repressor  32.26 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3565  LexA repressor  27.72 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000173958  hitchhiker  0.00714221 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25160  LexA repressor  28.18 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2152  LexA repressor  27.62 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1232  transcriptional repressor, LexA family  38.14 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1832  transcriptional repressor, LexA family  34.18 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994173 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2805  transcriptional repressor, LexA family  28.88 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000318976  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1907  putative prophage repressor  32.81 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1179  putative SOS mutagenesis protein UmuD  36.54 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.482422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2601  LexA repressor  30.6 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  26.34 
 
 		 819 aa  58.9  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1866  LexA repressor  30.05 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306175  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2951  putative prophage repressor  35.38 
 
 		 158 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2762  peptidase S24, S26A and S26B  35.71 
 
 		 143 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1142  SOS-response transcriptional repressor, LexA  39.6 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00201645  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0340  peptidase S24 and S26 domain protein  33.65 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1208  putative prophage repressor  32.67 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00934288  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4056  LexA family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 200 aa  57.8  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.442182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2157  LexA repressor  50.85 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00513762 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  35.11 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1787  LexA repressor  32 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.916871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0001  protein SamA  34 
 
 		 141 aa  57.4  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2168  LexA repressor  50.85 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.264168  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2214  LexA repressor  50.85 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132228  normal  0.149598 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2143  LexA repressor  28.8 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0821224 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2683  umuD protein  34.31 
 
 		 137 aa  56.6  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0640806  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2792  LexA repressor  30.22 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.147289  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0773  SOS-response transcriptional repressor, LexA  39.08 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000913387  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5031  putative prophage repressor  32.86 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.916136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11470  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.03 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.7722e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>