More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1817 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1817  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
367 aa  745    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.758996 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1987  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  93.46 
 
 
367 aa  705    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.385129  normal  0.0809556 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2141  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
367 aa  745    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325657  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5239  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  85.4 
 
 
370 aa  637    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.648091 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4626  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
373 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.584024  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3575  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.97 
 
 
373 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.690154 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3849  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
373 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.777952  normal  0.693163 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4414  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.97 
 
 
385 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3344  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
373 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3953  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.97 
 
 
385 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1725  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
373 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0773  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
373 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1854  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
373 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0125887  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1645  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
397 aa  534  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.9233  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2449  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
373 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.590802  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2311  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
373 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0525  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
373 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1989  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.84 
 
 
370 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845659  normal  0.0244786 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3770  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.84 
 
 
370 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1552  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  70.11 
 
 
370 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.747934  normal  0.34746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2016  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.29 
 
 
370 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2130  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.17 
 
 
373 aa  532  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.47034  normal  0.0220241 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6846  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.9 
 
 
373 aa  531  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0016869  normal  0.501857 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0675  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.97 
 
 
373 aa  534  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.100935  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2885  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.17 
 
 
373 aa  531  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.58439  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23800  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.29 
 
 
370 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.166215 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2176  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.48 
 
 
370 aa  529  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0476754  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4370  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.63 
 
 
373 aa  530  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1893  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.48 
 
 
370 aa  528  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.353752  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1520  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  69.57 
 
 
370 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1986  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.21 
 
 
370 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.253186  normal  0.0177788 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3067  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.9 
 
 
377 aa  524  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.227933  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0865  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.9 
 
 
377 aa  520  1e-146  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000489808  hitchhiker  0.00320306 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4139  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.22 
 
 
367 aa  518  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3940  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.22 
 
 
367 aa  520  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.857022  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2720  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  67.93 
 
 
370 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0630746  normal  0.0525607 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0141  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  67.12 
 
 
367 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4112  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  67.12 
 
 
367 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.736982 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4013  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  67.12 
 
 
367 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2310  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  67.02 
 
 
378 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1919  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.85 
 
 
371 aa  509  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3841  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.85 
 
 
368 aa  509  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4648  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.03 
 
 
367 aa  509  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.76147 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03285  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.38 
 
 
367 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.332684  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0281  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.66 
 
 
367 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3909  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.75 
 
 
391 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.651836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3715  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.66 
 
 
367 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.742651  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3633  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.66 
 
 
367 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3806  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.75 
 
 
368 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3912  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.66 
 
 
367 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0279  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.66 
 
 
367 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3740  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.75 
 
 
391 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2471  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.84 
 
 
378 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.428813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3848  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.75 
 
 
368 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4745  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.66 
 
 
367 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3891  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.38 
 
 
367 aa  505  9.999999999999999e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03238  hypothetical protein  65.38 
 
 
367 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.46144  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3729  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.75 
 
 
391 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0269  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  67.03 
 
 
366 aa  507  9.999999999999999e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.560069  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1419  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  67.84 
 
 
380 aa  503  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2159  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.77 
 
 
371 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.631508  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0219  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.48 
 
 
366 aa  503  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002928  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.77 
 
 
371 aa  503  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00256159  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1917  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.03 
 
 
370 aa  498  1e-140  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.661095  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1621  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.04 
 
 
370 aa  499  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0186256  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1523  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.14 
 
 
377 aa  495  1e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112788  normal  0.0227794 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3352  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.48 
 
 
365 aa  495  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0858212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2083  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.75 
 
 
368 aa  497  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00236883  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1701  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.41 
 
 
377 aa  494  1e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00384018  normal  0.618182 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1046  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.4 
 
 
365 aa  497  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25793  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03021  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.71 
 
 
395 aa  496  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0909  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.93 
 
 
365 aa  491  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3235  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.76 
 
 
376 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2588  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.76 
 
 
376 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1792  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.58 
 
 
379 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149312  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2161  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.49 
 
 
375 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.897266  normal  0.164606 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1791  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.08 
 
 
380 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491896  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02674  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.58 
 
 
374 aa  492  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0347  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.58 
 
 
366 aa  489  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000114034  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0768  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  63.66 
 
 
385 aa  489  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1053  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  63.66 
 
 
387 aa  485  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.251388 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1219  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.41 
 
 
376 aa  485  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294148  normal  0.0152314 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1678  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.68 
 
 
375 aa  484  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0603  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.5 
 
 
366 aa  486  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000993095  normal  0.0158721 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2094  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.73 
 
 
372 aa  486  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00166616  normal  0.721637 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1702  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  63.22 
 
 
370 aa  488  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.730579  normal  0.0178367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3612  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  66.58 
 
 
379 aa  484  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3042  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.96 
 
 
379 aa  483  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3206  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  63.84 
 
 
370 aa  483  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.134417 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2878  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.86 
 
 
367 aa  479  1e-134  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0701839  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34250  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.71 
 
 
350 aa  480  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1552  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  64.58 
 
 
371 aa  479  1e-134  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.036349  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1562  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  65.57 
 
 
371 aa  471  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.329088  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4872  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  62.7 
 
 
379 aa  470  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0046  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  62.77 
 
 
365 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.195109  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2450  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  62.57 
 
 
371 aa  456  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.112918  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3021  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  61.85 
 
 
376 aa  457  1e-127  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.458955  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2733  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  60.87 
 
 
376 aa  452  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00347478 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17490  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  63.24 
 
 
382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.367359  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1641  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  30.25 
 
 
332 aa  122  8e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000438606  normal  0.466828 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>