142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1390 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1390  DSBA oxidoreductase  100 
 
 		 232 aa  473  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00141956  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1326  DSBA oxidoreductase  91.38 
 
 		 232 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.243068 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0744  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase family protein  67.88 
 
 		 201 aa  281  9e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481495 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2241  putative 2-hydroxychromene-2- carboxylate isomerase family protein  65.26 
 
 		 212 aa  270  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6005  DSBA oxidoreductase  61.81 
 
 		 212 aa  268  8e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.440782 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0083  DSBA oxidoreductase  61.22 
 
 		 223 aa  251  8.000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0411784 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0579  DSBA oxidoreductase  55.44 
 
 		 202 aa  218  6e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7385  DSBA oxidoreductase  51.79 
 
 		 208 aa  193  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6640  DSBA oxidoreductase  48.72 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0485026 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1378  DSBA oxidoreductase  46.35 
 
 		 195 aa  178  5.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2567  DSBA oxidoreductase  48.47 
 
 		 208 aa  177  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2292  DSBA oxidoreductase  48.47 
 
 		 208 aa  177  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0852078 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2249  DSBA oxidoreductase  47.96 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.386975  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1446  DSBA oxidoreductase  44.55 
 
 		 203 aa  174  9e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0608  DSBA oxidoreductase  47.18 
 
 		 208 aa  165  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.984338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2015  DSBA oxidoreductase  41.62 
 
 		 204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0819  DSBA oxidoreductase  36.7 
 
 		 197 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0273  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase protein  34.21 
 
 		 201 aa  108  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1916  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  35.26 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0567  DSBA oxidoreductase  35.79 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0141  DSBA oxidoreductase  32.11 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01440  hypothetical protein  34.39 
 
 		 195 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0193  hypothetical protein  33.86 
 
 		 195 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2900  DSBA oxidoreductase  35.45 
 
 		 204 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0094  DSBA oxidoreductase  32.63 
 
 		 201 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0109  DSBA oxidoreductase  31.19 
 
 		 219 aa  99.4  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3908  DSBA oxidoreductase  30.77 
 
 		 196 aa  99  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.439347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0123  DSBA oxidoreductase  31.58 
 
 		 201 aa  98.2  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.553572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0131  DSBA oxidoreductase  31.38 
 
 		 201 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2624  DSBA oxidoreductase  36.13 
 
 		 197 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730832 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5257  DSBA oxidoreductase  34.2 
 
 		 213 aa  95.9  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023333 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2347  DSBA oxidoreductase  34.38 
 
 		 205 aa  95.9  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000115912  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2882  DSBA oxidoreductase  33.51 
 
 		 204 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.47421  normal  0.700762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2808  DSBA oxidoreductase  33.51 
 
 		 204 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2652  DSBA oxidoreductase  32.47 
 
 		 218 aa  95.5  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.34917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6054  DSBA oxidoreductase  33.51 
 
 		 200 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4723  DSBA oxidoreductase  34.57 
 
 		 196 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.396107  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1459  DSBA oxidoreductase  30.69 
 
 		 218 aa  94.7  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3711  DSBA oxidoreductase  30.16 
 
 		 195 aa  93.6  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.0949861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1944  DSBA oxidoreductase  33.85 
 
 		 200 aa  93.2  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3649  DSBA oxidoreductase  33.33 
 
 		 198 aa  92.8  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149995  hitchhiker  0.000000000000176719 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2386  DSBA oxidoreductase  34.55 
 
 		 197 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.99345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0500  DSBA oxidoreductase  33.16 
 
 		 201 aa  91.3  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5282  DSBA oxidoreductase  31.55 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4196  DSBA oxidoreductase  32.09 
 
 		 197 aa  89.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4223  DSBA oxidoreductase  34.05 
 
 		 201 aa  85.5  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.285896 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3362  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase protein  34.39 
 
 		 202 aa  84.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5353  DSBA oxidoreductase  29.56 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39652  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0018  DSBA oxidoreductase  30.77 
 
 		 203 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2187  DSBA oxidoreductase  32.28 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0315  hypothetical protein  31.09 
 
 		 201 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126619  normal  0.599326 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2247  DSBA oxidoreductase  30.41 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.281612  normal  0.141895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5356  DSBA oxidoreductase  32.32 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.615074  normal  0.90574 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0020  DSBA oxidoreductase  30.05 
 
 		 200 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.901494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2588  DSBA oxidoreductase  29.9 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0787884  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2477  DSBA oxidoreductase  30.93 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.494112  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3208  DSBA oxidoreductase  30.41 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5151  hypothetical protein  30 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3650  DSBA oxidoreductase  30.53 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.111173  hitchhiker  0.000000000000173834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5264  hypothetical protein  31.61 
 
 		 200 aa  76.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193912  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3151  DSBA oxidoreductase  32.47 
 
 		 206 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0727  DSBA oxidoreductase  29.02 
 
 		 200 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.422782  normal  0.647229 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4651  DSBA oxidoreductase  34.76 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.138333  normal  0.692086 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2632  DSBA oxidoreductase  28.57 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0465832  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3869  DSBA oxidoreductase  30.32 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0023  DSBA oxidoreductase  27.23 
 
 		 200 aa  72  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06936  conserved hypothetical protein  30.65 
 
 		 216 aa  71.6  0.000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2074  DSBA oxidoreductase  29.69 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.688012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3669  DSBA oxidoreductase  30.89 
 
 		 218 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.294685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5350  DSBA oxidoreductase  28.5 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.527741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6061  DSBA oxidoreductase  29.1 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3344  DSBA oxidoreductase  30.77 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1054  DSBA oxidoreductase  29.84 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3621  DSBA oxidoreductase  28.88 
 
 		 198 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4809  DSBA oxidoreductase  28 
 
 		 212 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2930  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  29.84 
 
 		 199 aa  68.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.697373  normal  0.0268517 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0019  DSBA oxidoreductase  32.21 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2561  DSBA oxidoreductase  26.87 
 
 		 200 aa  65.1  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4931  DSBA oxidoreductase  32.12 
 
 		 199 aa  62  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11555  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0916  DSBA oxidoreductase  26.37 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.745875  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3882  putative isomerase  26.6 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0797  DSBA oxidoreductase  25 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.320942 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5394  DSBA oxidoreductase  25.87 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.458374  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5467  DSBA oxidoreductase  25.87 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0340236  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2615  DSBA oxidoreductase  24.5 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0187  DSBA oxidoreductase  26.63 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.153039 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3319  DSBA oxidoreductase  25 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4802  DSBA oxidoreductase  25.35 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2763  DSBA oxidoreductase  26.2 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4569  DSBA oxidoreductase  25.65 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3034  DSBA oxidoreductase  29.84 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.657074  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3753  DSBA oxidoreductase  29.32 
 
 		 217 aa  55.8  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.819118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4707  DSBA oxidoreductase  27.81 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2829  DSBA oxidoreductase  29.32 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.497522  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0517  DSBA oxidoreductase  29.63 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.270778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0187  DSBA oxidoreductase  31.12 
 
 		 201 aa  53.5  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1417  DSBA-like thioredoxin domain-containing protein  27.13 
 
 		 212 aa  51.6  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0832  DSBA oxidoreductase  23.56 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.109338 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0222  DSBA oxidoreductase  29.74 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4139  DSBA oxidoreductase  24.32 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>