42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1238 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1238  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 103 aa  213  8e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103405  normal  0.772826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1177  cyclic nucleotide-binding protein  98.06 
 
 		 103 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.886024  normal  0.414565 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0481  hypothetical protein  80.58 
 
 		 119 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1663  hypothetical protein  79.61 
 
 		 103 aa  174  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.231428  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2206  hypothetical protein  78.64 
 
 		 121 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.747866 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0422  hypothetical protein  78.64 
 
 		 105 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0471  cupin domain-containing protein  78.64 
 
 		 120 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2374  cupin domain-containing protein  78.64 
 
 		 120 aa  168  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2513  cupin domain-containing protein  78.64 
 
 		 120 aa  168  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1800  hypothetical protein  78.64 
 
 		 103 aa  168  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0826  DSBH domain-containing protein  78.64 
 
 		 203 aa  169  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.432318  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5970  Cupin 2 conserved barrel domain protein  77.67 
 
 		 103 aa  168  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.374591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0656  cupin 2 domain-containing protein  73.79 
 
 		 103 aa  166  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0638  cupin 2 domain-containing protein  75.73 
 
 		 103 aa  165  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0633  hypothetical protein  76.7 
 
 		 120 aa  164  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.641228  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2706  cupin 2 domain-containing protein  73.79 
 
 		 103 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2580  cupin 2 domain-containing protein  73.79 
 
 		 103 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4719  cupin domain-containing protein  73.79 
 
 		 103 aa  161  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.0255317 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5987  cupin domain-containing protein  73.79 
 
 		 103 aa  161  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0536952 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2688  cupin 2 domain-containing protein  72.82 
 
 		 103 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2048  cupin 2, barrel  72.82 
 
 		 103 aa  157  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2659  cupin 2 domain-containing protein  72.82 
 
 		 103 aa  157  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4748  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4056  cupin 2, barrel  68.63 
 
 		 103 aa  149  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.27583  normal  0.219742 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2050  DSBH domain-containing protein  62.14 
 
 		 103 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16440  hypothetical protein  63.11 
 
 		 103 aa  133  9e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.0647577 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2431  hypothetical protein  58.25 
 
 		 103 aa  129  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1160  cupin 2, barrel  62.5 
 
 		 104 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677962  decreased coverage  0.00806774 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1271  cupin 2 domain-containing protein  61.76 
 
 		 103 aa  127  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.113842  hitchhiker  0.00655091 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0253  hypothetical protein  72.22 
 
 		 83 aa  83.6  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0026  double-stranded beta-helix-like protein  28.89 
 
 		 123 aa  51.6  0.000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2052  cyclic nucleotide-binding protein  32.63 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0843968 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4578  cupin 2 domain-containing protein  29.35 
 
 		 133 aa  48.9  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.753369 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3543  cupin 2 domain-containing protein  28.89 
 
 		 121 aa  47.4  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.76307  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5232  hypothetical protein  30.34 
 
 		 131 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.234619 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2572  cupin 2 domain-containing protein  35.29 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.149975  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02445  3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase  39.68 
 
 		 179 aa  43.9  0.0007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32440  hypothetical protein  30.1 
 
 		 124 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279284  normal  0.628291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2748  hypothetical protein  28.04 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2876  cupin 2 domain-containing protein  36.92 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.859242  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6454  cyclic nucleotide-binding protein  35.29 
 
 		 133 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0782544  normal  0.0803587 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0773  cupin 2 protein  32.84 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.707426  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03745  hypothetical protein  27.72 
 
 		 121 aa  42  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>