123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1173 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1173  polysaccharide deacetylase  100 
 
 
276 aa  567  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741999  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1081  polysaccharide deacetylase  90.61 
 
 
277 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1253  lipoprotein signal peptide  88.89 
 
 
273 aa  488  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  0.894371 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2067  polysaccharide deacetylase  71.85 
 
 
291 aa  358  4e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2063  polysaccharide deacetylase  69.79 
 
 
283 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1438  polysaccharide deacetylase  53.62 
 
 
278 aa  289  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.776491 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2080  putative polysaccharide deacetylase  57.26 
 
 
271 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2784  polysaccharide deacetylase  52.36 
 
 
293 aa  280  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.863394  hitchhiker  0.00301468 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1628  polysaccharide deacetylase  53.56 
 
 
270 aa  276  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0331931  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1259  polysaccharide deacetylase  54.63 
 
 
259 aa  271  8.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226981  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1803  polysaccharide deacetylase  51.79 
 
 
255 aa  271  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000258009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5006  polysaccharide deacetylase  50.92 
 
 
272 aa  268  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1105  polysaccharide deacetylase  50.2 
 
 
278 aa  261  8e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1185  polysaccharide deacetylase  50.2 
 
 
279 aa  259  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3158  polysaccharide deacetylase  50 
 
 
285 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0601  polysaccharide deacetylase  26.34 
 
 
259 aa  63.5  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1449  polysaccharide deacetylase family sporulation protein PdaB  25.32 
 
 
251 aa  62.8  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1847  polysaccharide deacetylase  24.66 
 
 
286 aa  59.7  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1295  polysaccharide deacetylase  22.61 
 
 
305 aa  58.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0475838  normal  0.758896 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2122  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  23.25 
 
 
265 aa  58.2  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1836  polysaccharide deacetylase (nodulation protein NodB)  22.81 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0269701  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3410  polysaccharide deacetylase  23.38 
 
 
213 aa  56.6  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.76502  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3371  polysaccharide deacetylase  23.38 
 
 
213 aa  56.6  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3679  polysaccharide deacetylase  23.38 
 
 
213 aa  56.6  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3629  putative polysaccharide deacetylase  23.38 
 
 
241 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.197208 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2699  polysaccharide deacetylase  24.9 
 
 
274 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000565788  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1557  acetylxylan esterase  26.11 
 
 
275 aa  55.8  0.0000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.956674  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1497  polysaccharide deacetylase  26.11 
 
 
275 aa  55.8  0.0000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.507826  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2673  polysaccharide deacetylase  23.96 
 
 
413 aa  55.8  0.0000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0653115  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5401  polysaccharide deacetylase  25.11 
 
 
413 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3304  sporulation polysaccharide deacetylase PdaB  22.17 
 
 
241 aa  55.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3817  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  24.89 
 
 
344 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0327337  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3321  polysaccharide deacetylase  22.94 
 
 
213 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3726  putative polysaccharide deacetylase  22.51 
 
 
220 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.577927  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2047  polysaccharide deacetylase, putative  25.89 
 
 
275 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0303096  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1565  polysaccharide deacetylase  26.34 
 
 
345 aa  53.9  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.869415  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1306  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  27.51 
 
 
271 aa  53.5  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4797  polysaccharide deacetylase  24.12 
 
 
277 aa  53.1  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3369  polysaccharide deacetylase  25.4 
 
 
259 aa  53.1  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.792887  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3361  putative polysaccharide deacetylase  26.13 
 
 
275 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.342746  hitchhiker  0.00000000000000743733 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3637  polysaccharide deacetylase, putative  21.65 
 
 
244 aa  52  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0411  polysaccharide deacetylase  27.12 
 
 
260 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0402  polysaccharide deacetylase  27.12 
 
 
260 aa  51.6  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0398  polysaccharide deacetylase  27.12 
 
 
260 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0424  polysaccharide deacetylase  27.12 
 
 
260 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2787  polysaccharide deacetylase  24.76 
 
 
404 aa  52  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1016  polysaccharide deacetylase  24.56 
 
 
294 aa  52  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1591  putative polysaccharide deacetylase  22.17 
 
 
241 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0184011 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0540  polysaccharide deacetylase, putative  26.69 
 
 
260 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2798  polysaccharide deacetylase  22.97 
 
 
321 aa  50.8  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.133593 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2266  sporulation polysaccharide deacetylase PdaB  24.24 
 
 
241 aa  50.8  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.33444  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0540  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  26.69 
 
 
260 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0217877  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3642  putative polysaccharide deacetylase  21.65 
 
 
217 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0489  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  26.69 
 
 
260 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4834  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  26.69 
 
 
260 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.150382  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0470  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  26.69 
 
 
260 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0571  polysaccharide deacetylase  24.36 
 
 
309 aa  50.8  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0426  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  24.67 
 
 
267 aa  50.8  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2068  putative polysaccharide deacetylase  25.68 
 
 
275 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000383766  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0404  Delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  26.27 
 
 
260 aa  50.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1966  putative polysaccharide deacetylase  25.23 
 
 
275 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.060186  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1074  polysaccharide deacetylase  26.03 
 
 
320 aa  49.7  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0121745  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0652  polysaccharide deacetylase  22.03 
 
 
302 aa  49.7  0.00005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.249248  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6465  polysaccharide deacetylase  24.3 
 
 
219 aa  49.3  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1411  polysaccharide deacetylase  30.28 
 
 
375 aa  48.9  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1438  polysaccharide deacetylase  30.28 
 
 
375 aa  48.9  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1829  polysaccharide deacetylase  25.23 
 
 
276 aa  48.9  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00572259  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2943  polysaccharide deacetylase  30.28 
 
 
375 aa  48.9  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.567771  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1821  polysaccharide deacetylase  25.23 
 
 
275 aa  48.5  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1795  polysaccharide deacetylase  25.23 
 
 
275 aa  48.5  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.532229  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl558  putative chitin deacetylase  21.86 
 
 
247 aa  48.5  0.0001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1778  polysaccharide deacetylase  25.23 
 
 
275 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1961  polysaccharide deacetylase  25.23 
 
 
275 aa  48.5  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0210689  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1579  polysaccharide deacetylase  24.69 
 
 
251 aa  48.5  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.3591  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1031  polysaccharide deacetylase  24.5 
 
 
430 aa  48.5  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.90284  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0950  polysaccharide deacetylase  28.15 
 
 
331 aa  48.5  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.942837  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1998  putative polysaccharide deacetylase  25.23 
 
 
275 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.26029e-43 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1402  polysaccharide deacetylase  29.36 
 
 
375 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0930  polysaccharide deacetylase  24.38 
 
 
246 aa  47  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2769  polysaccharide deacetylase  23.85 
 
 
273 aa  47.4  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.322155 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0787  polysaccharide deacetylase family protein  24.38 
 
 
349 aa  47  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.29381  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1187  polysaccharide deacetylase  24.83 
 
 
292 aa  47.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24870  predicted xylanase/chitin deacetylase  24.35 
 
 
503 aa  46.6  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0564  polysaccharide deacetylase  32.63 
 
 
424 aa  46.6  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1829  polysaccharide deacetylase  22.12 
 
 
300 aa  46.6  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000043926  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01940  predicted xylanase/chitin deacetylase  23.68 
 
 
571 aa  46.6  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000016994  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0810  polysaccharide deacetylase family protein  33.78 
 
 
305 aa  46.2  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00210366  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0538  polysaccharide deacetylase  23.83 
 
 
323 aa  45.8  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0863369  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1500  polysaccharide deacetylase  22.67 
 
 
320 aa  45.8  0.0008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.101957  normal  0.04925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2417  polysaccharide deacetylase  24.11 
 
 
280 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.108367  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1917  polysaccharide deacetylase  24.21 
 
 
250 aa  45.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0823  polysaccharide deacetylase family protein  32.43 
 
 
305 aa  44.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000472378  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1728  polysaccharide deacetylase family protein  23.83 
 
 
238 aa  44.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000179283  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1069  polysaccharide deacetylase  19.65 
 
 
247 aa  44.3  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.364826  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1372  polysaccharide deacetylase  22.41 
 
 
264 aa  44.3  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1500  polysaccharide deacetylase  21.69 
 
 
273 aa  44.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000768102  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0147  polysaccharide deacetylase family sporulation protein PdaB  22.75 
 
 
251 aa  44.3  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3501  putative polysaccharide deacetylase  20.18 
 
 
234 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1932  polysaccharide deacetylase  25.78 
 
 
522 aa  44.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.461546  normal  0.430114 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04760  predicted xylanase/chitin deacetylase  24.89 
 
 
573 aa  44.7  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000622168  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>