More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1006 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1075  two-component system sensor histidine kinase transcription regulator protein  77.16 
 
 
784 aa  1115    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.708175 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0941  multi-sensor signal transduction histidine kinase  97.17 
 
 
777 aa  1483    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0504124 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1006  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
777 aa  1519    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4941  sensor histidine kinase  47.18 
 
 
799 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176481  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4164  putative periplasmic CHASE2 sensor signal transduction histidine kinase  43.07 
 
 
819 aa  557  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.33329 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1416  histidine kinase  36.86 
 
 
795 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4582  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 
795 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0956  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
795 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00439356  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1438  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
795 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.564395  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2636  sensor histidine kinase  36.2 
 
 
759 aa  396  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4740  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.32 
 
 
754 aa  393  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1666  sensor histidine kinase  34.8 
 
 
797 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.672693  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0924  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
797 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0738  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
797 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1843  sensor histidine kinase  34.8 
 
 
797 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.562935  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0425  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
797 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.299792  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1688  sensor histidine kinase  34.8 
 
 
797 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1318  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
795 aa  385  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1357  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
795 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.458643  normal  0.624704 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1457  sensor histidine kinase  34.93 
 
 
797 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 
794 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0500426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11630  putative two-component sensor  38.51 
 
 
766 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1069  CHASE domain-containing protein/sensory box histidine kinase  37.1 
 
 
751 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0430  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.61 
 
 
757 aa  372  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.856998  normal  0.761733 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1659  Chase sensor signal transduction histidine kinase  35.13 
 
 
828 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0485776 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4993  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
829 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.583983  hitchhiker  0.00918197 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3521  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
785 aa  330  8e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.830566  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5418  histidine kinase  34.61 
 
 
789 aa  295  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6238  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
737 aa  241  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.438492  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1427  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 
776 aa  219  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0006  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
513 aa  209  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000267267  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2532  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
854 aa  177  7e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4653  histidine kinase  28.72 
 
 
799 aa  162  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.688546 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1324  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 
645 aa  155  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.92156  normal  0.730063 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2916  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  36.27 
 
 
543 aa  140  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.833203  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0581  transmembrane sensor-like domain-containing protein  31.75 
 
 
828 aa  137  9e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0428324  normal  0.0128662 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7663  histidine kinase  38.2 
 
 
639 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.113237  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0775  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
449 aa  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82168  normal  0.228948 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1931  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 
591 aa  135  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3678  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.65 
 
 
363 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.4977  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4947  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.21 
 
 
377 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0252  response regulator/sensor histidine kinase  39.34 
 
 
365 aa  131  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.549911  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4329  phosphate regulon sensor protein  33.74 
 
 
587 aa  130  6e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1593  response regulator/sensor histidine kinase  39.34 
 
 
364 aa  131  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2544  response regulator/sensor histidine kinase  39.34 
 
 
365 aa  131  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0500  sensor histidine kinase/response regulator  39.34 
 
 
364 aa  130  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.823251  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2689  response regulator/sensor histidine kinase  39.34 
 
 
365 aa  131  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0540  sensory box histidine kinase PhoR  33.74 
 
 
587 aa  131  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000110325 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1396  response regulator/sensor histidine kinase  39.34 
 
 
365 aa  131  6e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4698  sensory box histidine kinase PhoR  33.74 
 
 
587 aa  130  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.92933  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 
444 aa  130  7.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0140272  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4719  sensory box histidine kinase PhoR  33.33 
 
 
587 aa  130  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0216  sensor histidine kinase/response regulator  39.34 
 
 
364 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31890  signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
394 aa  130  9.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0969  sensor histidine kinase/response regulator  39.34 
 
 
364 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4713  sensory box histidine kinase PhoR  33.74 
 
 
587 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5512  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.21 
 
 
377 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4483  sensory box histidine kinase PhoR  33.33 
 
 
587 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4318  phosphate regulon sensor protein  33.33 
 
 
587 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4832  sensory box histidine kinase PhoR  33.33 
 
 
587 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.714625  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
1029 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135444  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0634  histidine kinase  36.18 
 
 
450 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4703  sensory box histidine kinase PhoR  33.33 
 
 
587 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53621e-18 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.21 
 
 
944 aa  128  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0902383 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0723  histidine kinase  32.37 
 
 
406 aa  128  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0782  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.62 
 
 
584 aa  127  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0757  two component sensor histidine kinase  33.6 
 
 
435 aa  127  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.162212 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4418  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
587 aa  126  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2309  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
377 aa  126  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.556346 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2084  histidine kinase  34.3 
 
 
393 aa  126  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.115091  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0089  histidine kinase  35.39 
 
 
382 aa  126  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3738  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 
363 aa  125  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.524065  normal  0.172918 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4578  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 
377 aa  125  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3785  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 
377 aa  125  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.76138  normal  0.119263 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0654  two-component sensor histidine kinase PhoR  32.58 
 
 
591 aa  124  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0887  ATP-binding region, ATPase-like  34.15 
 
 
451 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 
585 aa  124  6e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0849  histidine kinase  33.05 
 
 
422 aa  124  7e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0009  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
754 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
1014 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0505  Signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
417 aa  122  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.611545 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1175  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.55 
 
 
412 aa  122  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0245607  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0840  histidine kinase  32.05 
 
 
363 aa  122  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0770  histidine kinase  36.67 
 
 
397 aa  122  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.102828  normal  0.523628 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
412 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000397625  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 
932 aa  121  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2670  histidine kinase  32.91 
 
 
352 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8216  histidine kinase  30.65 
 
 
392 aa  121  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0099  signal transduction histidine kinase-like protein  34.09 
 
 
938 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.878773 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3138  sensor histidine kinase/response regulator  33.47 
 
 
484 aa  120  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.312332  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3600  histidine kinase  38.63 
 
 
548 aa  120  7.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.94225  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0007  sensory box histidine kinase  31.54 
 
 
762 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 
482 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000480808 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 
1352 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 
827 aa  119  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.202098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 
637 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0008  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.77 
 
 
755 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.865749 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6146  histidine kinase  35.15 
 
 
465 aa  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.854948 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1190  histidine kinase  36.93 
 
 
646 aa  118  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0339  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 
579 aa  118  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>