More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0831 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0831  Pili assembly chaperone, N-terminal  100 
 
 
248 aa  503  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.440668  normal  0.119444 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0762  Pili assembly chaperone, N-terminal  82.66 
 
 
248 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.907916  normal  0.0172596 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3810  Pili assembly chaperone, N-terminal  84.27 
 
 
247 aa  384  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0391987  normal  0.124157 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3923  Pili assembly chaperone, N-terminal  84.27 
 
 
247 aa  384  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.358656  normal  0.566628 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3043  pili assembly chaperone  53.24 
 
 
249 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000936481  normal  0.260101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3754  pili assembly chaperone  50.65 
 
 
248 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1132  pili assembly chaperone: pili assembly chaperone  43.08 
 
 
264 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.083408 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3291  Pili assembly chaperone, N-terminal  48.78 
 
 
238 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0353367 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1313  pili assembly chaperone  43.93 
 
 
250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.654177  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51460  chaperone CupC  40.27 
 
 
237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0145666  hitchhiker  0.000165686 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4960  pili assembly chaperone  43.5 
 
 
234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0268456  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0208  putative chaperone protein EcpD  43.42 
 
 
245 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00139  predicted periplasmic pilin chaperone  38.94 
 
 
246 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0365328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00138  hypothetical protein  38.94 
 
 
246 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0326342  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0143  putative chaperone protein EcpD  38.94 
 
 
246 aa  159  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000190021  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0143  putative chaperone protein EcpD  38.94 
 
 
246 aa  159  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000867572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3519  putative chaperone protein EcpD  38.63 
 
 
241 aa  159  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0338964  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0151  putative chaperone protein EcpD  37.97 
 
 
246 aa  158  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00134354  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3462  Pili assembly chaperone, N-terminal  38.5 
 
 
246 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000279745  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0839  pili assembly chaperone: pili assembly chaperone  38.82 
 
 
251 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2971  putative fimbrial chaperone protein  39.83 
 
 
247 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0562  Pili assembly chaperone, N-terminal  40.17 
 
 
243 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1134  pili assembly chaperone  38.28 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.950799  normal  0.162532 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2232  fimbrial chaperone protein  40.62 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0389823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2089  fimbrial assembly chaperone protein  40.62 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1022  fimbrial chaperone protein  40.62 
 
 
256 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.490389  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2032  fimbrial assembly chaperone protein  40.62 
 
 
256 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381459  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1465  pili assembly chaperone  37.44 
 
 
244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.548977 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1520  pili assembly chaperone  39.37 
 
 
227 aa  150  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0149  putative chaperone protein EcpD  36.91 
 
 
241 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0213386  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3852  putative gram-negative pili assembly chaperone, N- domain  36.64 
 
 
232 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4022  putative gram-negative pili assembly chaperone, N- domain  36.64 
 
 
232 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3961  putative pili assembly chaperone, N- domain  36.64 
 
 
232 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3917  putative pili assembly chaperone, N- domain  36.64 
 
 
232 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.878446 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4921  chaperone protein FimC  37.23 
 
 
229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6928  Pili assembly chaperone, N-terminal  36.97 
 
 
265 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.35944  normal  0.811433 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4251  periplasmic pilus chaperone  37.26 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.253121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3747  pili assembly chaperone  36.68 
 
 
234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.81685  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1695  twin-arginine translocation pathway signal  36.57 
 
 
257 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.734718  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1317  fimbral chaperone protein  38.81 
 
 
260 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.367695  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3975  putative chaperone protein EcpD  34.21 
 
 
247 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5934  pili assembly chaperone  34.68 
 
 
253 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2038  pili assembly chaperone: pili assembly chaperone  36.24 
 
 
248 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.361686  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0210  putative chaperone protein EcpD  39.07 
 
 
250 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.304462  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2694  pili assembly chaperone  36 
 
 
253 aa  141  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0316944  hitchhiker  0.00667169 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1364  pili assembly chaperone  36 
 
 
253 aa  141  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.353604  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0575  pili assembly chaperone  35.95 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1476  pili assembly chaperone  34.03 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.952607  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4023  pili assembly chaperone  37.29 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2229  chaperone protein PapD  34.21 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.482953  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1272  chaperone protein FimC  34.96 
 
 
225 aa  138  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.910323  normal  0.405441 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3033  Pili assembly chaperone, N-terminal  37.99 
 
 
243 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1890  pili assembly chaperone  34.08 
 
 
259 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000417223 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1015  chaperone CupB2  37.39 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.674844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11070  chaperone CupB2  34.71 
 
 
248 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.745503  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6637  Pili assembly chaperone, N-terminal  36.32 
 
 
250 aa  135  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480181  hitchhiker  0.00000000170705 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5937  pili assembly chaperone  37.75 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2873  pili assembly chaperone  36.61 
 
 
226 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0053  Pili assembly chaperone, N-terminal  34 
 
 
266 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.541811  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6668  Pili assembly chaperone, N-terminal  35.39 
 
 
244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0489694 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1818  pili assembly chaperone  38.84 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000389193 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0064  chaperone protein precursor  34 
 
 
266 aa  133  3e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00812776  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1054  pili assembly chaperone  34.06 
 
 
234 aa  132  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0368487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1676  fimbrial assembly chaperone protein  35.93 
 
 
245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.315033  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2659  fimbrial assembly chaperone protein  35.93 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0270298  normal  0.0110591 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1152  putative pili assembly chaperone protein  33.19 
 
 
282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4242  pili assembly chaperone protein  33.19 
 
 
243 aa  129  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0151  fimbrial assembly chaperone protein  35.68 
 
 
236 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1535  Pili assembly chaperone, N-terminal  35 
 
 
266 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0256445  normal  0.556062 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1787  pili assembly chaperone  35.5 
 
 
259 aa  128  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0172451  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0598  chaperone protein FimC  38.21 
 
 
230 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.417884  normal  0.056011 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1548  Pili assembly chaperone, N-terminal  36.86 
 
 
248 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0264488  normal  0.907271 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0591  chaperone protein FimC  38.21 
 
 
230 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00455551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0594  chaperone protein FimC  38.21 
 
 
230 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.152719 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0655  chaperone protein FimC  38.21 
 
 
237 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0590  chaperone protein FimC  37.74 
 
 
230 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0318933 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4095  long polar fimbrial operon protein LpfB  34.68 
 
 
243 aa  125  6e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0502  pili assembly chaperone  33.05 
 
 
243 aa  125  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0112394  hitchhiker  0.00160128 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4043  pili assembly chaperone  33.05 
 
 
243 aa  125  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127913  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0170  pili assembly chaperone  33.05 
 
 
243 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.978477  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2236  pili assembly chaperone  31.96 
 
 
233 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.918746  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2832  pili assembly chaperone  34.55 
 
 
252 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0615  chaperone protein PapD  35.71 
 
 
239 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1525  pili assembly chaperone  35.8 
 
 
248 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0116  fimbrial chaperone protein ecpD  35.75 
 
 
241 aa  122  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1666  pili assembly chaperone  34.63 
 
 
252 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.212595  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4194  long polar fimbrial operon protein LpfB  32.34 
 
 
243 aa  121  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0191  chaperone protein FimC  35.38 
 
 
227 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1500  pili assembly chaperone  33.65 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69936  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0200  chaperone protein FimC  35.38 
 
 
227 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.873819  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0208  chaperone protein FimC  35.38 
 
 
227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0192  chaperone protein FimC  35.38 
 
 
227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2119  periplasmic pilus chaperone family protein  35.59 
 
 
236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.423034 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1599  chaperone protein EcpD precursor  35 
 
 
240 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.307824  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0127  fimbrial assembly chaperone protein  35 
 
 
245 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0085  pili assembly chaperone  29.61 
 
 
234 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1665  periplasmic pilus chaperone family protein  35.59 
 
 
236 aa  119  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3625  pili assembly chaperone protein  33.76 
 
 
231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0251  fimbrial chaperone protein  33.64 
 
 
239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0319296  hitchhiker  0.0000992715 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0696  pili assembly chaperone  33.64 
 
 
239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>