More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0721 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0677  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 
154 aa  310  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.726709  normal  0.692453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0721  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 
154 aa  310  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.121751 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0728  transcriptional regulator NrdR  97.26 
 
 
149 aa  290  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.443303 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0789  transcriptional regulator NrdR  81.17 
 
 
154 aa  260  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861935  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2681  transcriptional regulator NrdR  80.52 
 
 
155 aa  260  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0280  transcriptional regulator NrdR  70.07 
 
 
148 aa  220  4.9999999999999996e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2045  transcriptional regulator NrdR  67.35 
 
 
149 aa  209  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0709551  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1659  transcriptional regulator NrdR  67.35 
 
 
149 aa  209  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114327  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2659  transcriptional regulator NrdR  64.63 
 
 
149 aa  208  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0802189  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3101  ATP-cone domain protein  65.99 
 
 
147 aa  206  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202897  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2993  transcriptional regulator NrdR  65.99 
 
 
149 aa  206  8e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.701897  normal  0.27543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2875  transcriptional regulator NrdR  65.31 
 
 
149 aa  206  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.591342  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2908  transcriptional regulator NrdR  64.19 
 
 
149 aa  204  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0801227  normal  0.0399759 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0308  transcriptional regulator NrdR  69.39 
 
 
148 aa  202  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.816835  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4956  transcriptional regulator NrdR  63.27 
 
 
151 aa  198  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2939  transcriptional regulator NrdR  60.54 
 
 
147 aa  196  9e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.634156 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2928  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 
147 aa  194  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0604  transcriptional regulator NrdR  59.09 
 
 
154 aa  194  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4247  transcriptional regulator NrdR  63.27 
 
 
149 aa  193  8.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.372453  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3913  transcriptional regulator NrdR  65.07 
 
 
160 aa  191  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275077  normal  0.0858388 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2448  transcriptional regulator NrdR  62.91 
 
 
164 aa  191  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2074  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0835  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3248  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3233  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464565  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1380  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1941  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0766  transcriptional regulator NrdR  65.75 
 
 
160 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.248117 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2669  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3195  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  187  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0701  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  186  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0684  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  186  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.701389  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2580  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  186  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0776  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.327359  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0807  transcriptional regulator NrdR  64.38 
 
 
159 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102565  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1550  transcriptional regulator NrdR  62.59 
 
 
170 aa  184  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3896  transcriptional regulator NrdR  63.7 
 
 
159 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0324  transcriptional regulator NrdR  63.7 
 
 
159 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1916  transcriptional regulator NrdR  56.94 
 
 
148 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109588  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0005  transcriptional regulator NrdR  56.49 
 
 
159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1558  ATP-cone domain protein  55.86 
 
 
172 aa  169  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.609001  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1659  transcriptional regulator NrdR  55.17 
 
 
165 aa  166  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.242165  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2166  transcriptional regulator NrdR  58.78 
 
 
158 aa  166  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.13572  normal  0.0195727 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2586  transcriptional regulator NrdR  55.41 
 
 
161 aa  166  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4051  ATP-cone domain-containing protein  50 
 
 
170 aa  165  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3858  transcriptional regulator NrdR  53.38 
 
 
155 aa  165  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0842  ATP-cone domain-containing protein  52.98 
 
 
172 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0689  hypothetical protein  53.38 
 
 
154 aa  164  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1044  transcriptional regulator NrdR  52.7 
 
 
175 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4463  transcriptional regulator NrdR  52.7 
 
 
154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06700  transcriptional regulator NrdR  52.03 
 
 
154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11380  transcriptional regulator NrdR  52.7 
 
 
154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.165423  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0374  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 
151 aa  162  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.233344  normal  0.151767 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5020  transcriptional regulator NrdR  50.65 
 
 
154 aa  161  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.582624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0566  transcriptional regulator NrdR  52.03 
 
 
154 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0576  transcriptional regulator NrdR  51.02 
 
 
173 aa  160  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0559  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 
154 aa  160  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0513  transcriptional regulator NrdR  51.35 
 
 
154 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.579451  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0548  transcriptional regulator NrdR  51.35 
 
 
154 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1401  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 
154 aa  158  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.124878  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1862  transcriptional regulator NrdR  54.29 
 
 
149 aa  158  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00283574  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0989  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 
152 aa  157  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.38462  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004266  ribonucleotide reductase transcriptional regulator NrdR  52.86 
 
 
149 aa  157  6e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000298691  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1536  ribonucleotide reductase regulator NrdR-like protein  49.33 
 
 
161 aa  155  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000992096  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2184  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 
150 aa  155  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132804  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1748  transcriptional regulator NrdR  51.43 
 
 
150 aa  154  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0805744  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2779  transcriptional regulator NrdR  49.31 
 
 
149 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392187  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3251  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 
152 aa  154  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0356  transcriptional regulator NrdR  47.33 
 
 
159 aa  154  5.0000000000000005e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000016324  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0921  transcriptional regulator NrdR  50.71 
 
 
149 aa  153  7e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1210  transcriptional regulator NrdR  49.31 
 
 
149 aa  153  8e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3161  transcriptional regulator NrdR  49.31 
 
 
149 aa  153  8e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.769122  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3304  transcriptional regulator NrdR  49.31 
 
 
149 aa  153  8e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.311833  hitchhiker  0.000761879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3160  transcriptional regulator NrdR  49.31 
 
 
149 aa  153  8e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.166441  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1381  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 
149 aa  153  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00201754  hitchhiker  0.0000201211 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0578  transcriptional regulator NrdR  51.41 
 
 
157 aa  152  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0279  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 
174 aa  152  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00520187  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1579  transcriptional regulator NrdR  51.41 
 
 
157 aa  152  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000136219  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3459  transcriptional regulator NrdR  48.28 
 
 
156 aa  152  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.007384 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1597  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 
150 aa  152  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000000794729  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1849  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 
177 aa  152  2e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1272  transcriptional regulator NrdR  49.31 
 
 
149 aa  152  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00612779  hitchhiker  0.000000016525 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1910  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 
181 aa  152  2e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.658817  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3470  transcriptional regulator NrdR  47.92 
 
 
149 aa  152  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2386  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 
153 aa  152  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000689968 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0901  transcriptional regulator NrdR  48.28 
 
 
155 aa  152  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1003  transcriptional regulator NrdR  51.02 
 
 
156 aa  152  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000818068  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1584  transcriptional regulator NrdR  51.35 
 
 
150 aa  152  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1095  transcriptional regulator NrdR  47.92 
 
 
149 aa  152  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.287796  normal  0.608767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1161  transcriptional regulator NrdR  47.92 
 
 
149 aa  152  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.860678  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1095  transcriptional regulator NrdR  47.92 
 
 
149 aa  152  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146085  normal  0.938869 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1444  transcriptional regulator NrdR  47.74 
 
 
157 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2743  transcriptional regulator NrdR  49.29 
 
 
156 aa  151  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02986  transcriptional regulator NrdR  49.29 
 
 
149 aa  151  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000784776  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00361  hypothetical protein  52.14 
 
 
149 aa  150  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.489757  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3196  ATP-cone domain protein  52.14 
 
 
149 aa  150  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.226098  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0444  transcriptional regulator NrdR  52.14 
 
 
149 aa  150  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3220  transcriptional regulator NrdR  52.14 
 
 
149 aa  150  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108908 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0449  transcriptional regulator NrdR  52.14 
 
 
149 aa  150  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2732  transcriptional regulator NrdR  48.65 
 
 
162 aa  151  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>