62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0644 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  87.64 
 
 		 2016 bp  1647    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  89.29 
 
 		 2016 bp  1861    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  86.5 
 
 		 2016 bp  1507    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0644    100 
 
 		 5236 bp  10380    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.129883 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0645  transposase Tn3 family protein  100 
 
 		 2913 bp  5775    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0794164 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  83.76 
 
 		 2016 bp  864    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  82.05 
 
 		 2013 bp  523  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  81.91 
 
 		 2013 bp  490  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  81.91 
 
 		 2013 bp  490  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1491  transposase Tn3  80.56 
 
 		 2916 bp  406  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.200798  normal  0.0754586 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4288  transposase Tn3 family protein  80.56 
 
 		 2916 bp  406  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6491  transposase Tn3  80.56 
 
 		 2916 bp  406  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114145  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5122    80.56 
 
 		 2232 bp  406  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.28474  normal  0.0365145 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5146  transposase Tn3 family protein  80.56 
 
 		 2916 bp  406  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.427024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1544  transposase Tn3  80.56 
 
 		 2916 bp  406  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.121615  normal  0.953447 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1506  transposase Tn3  80.56 
 
 		 2916 bp  406  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0432891  hitchhiker  0.006326 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6338    80.56 
 
 		 2430 bp  406  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000307887  hitchhiker  0.0000155177 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2155    80.56 
 
 		 2742 bp  406  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327212  normal  0.0658188 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5786  transposase Tn3 family protein  80.56 
 
 		 2301 bp  406  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2241  transposase Tn3 family protein  80.56 
 
 		 2916 bp  406  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.86312  normal  0.995044 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3044  transposase Tn3 family protein  80.46 
 
 		 2916 bp  398  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3007  transposase Tn3 family protein  80.46 
 
 		 2916 bp  398  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3084    80.46 
 
 		 2557 bp  398  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.827703  normal  0.713199 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4228  transposase Tn3 family protein  80.46 
 
 		 2916 bp  398  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.260644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1202  transposase Tn3  80.46 
 
 		 2916 bp  398  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.773919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1179  transposase  80.46 
 
 		 2916 bp  398  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  83.96 
 
 		 2031 bp  319  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  83.96 
 
 		 2031 bp  319  4.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  82.34 
 
 		 2013 bp  313  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0489  TnpA family transposase  78.58 
 
 		 2910 bp  309  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0418  TnpA family transposase  78.58 
 
 		 2910 bp  309  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.524573  normal  0.229677 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0454  TnpA family transposase  78.58 
 
 		 2910 bp  309  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0069  TnpA family transposase  78.58 
 
 		 2841 bp  309  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.724381  hitchhiker  0.00503767 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0570  TnpA family transposase  78.58 
 
 		 2841 bp  309  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0569559 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4279  transposase Tn3 family protein  80.11 
 
 		 2400 bp  230  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0330145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0096    83.33 
 
 		 588 bp  218  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6617  transposase Tn3 family protein  79.63 
 
 		 1902 bp  198  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  80.41 
 
 		 2001 bp  186  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  79.12 
 
 		 2013 bp  178  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  81.56 
 
 		 2043 bp  167  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27190  DNA topoisomerase III  80.74 
 
 		 1953 bp  135  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3624  DNA topoisomerase III  84.73 
 
 		 1959 bp  101  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203006  normal  0.930533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1814  DNA topoisomerase III  79.74 
 
 		 1962 bp  99.6  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230615  normal  0.182925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4019  DNA topoisomerase III  79.14 
 
 		 1962 bp  99.6  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6455  hypothetical protein  80.77 
 
 		 354 bp  95.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2244  DNA topoisomerase III  79.28 
 
 		 1971 bp  85.7  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.275193  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3423  DNA topoisomerase III  85.05 
 
 		 1965 bp  85.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0101    80.3 
 
 		 309 bp  85.7  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2478  DNA topoisomerase III  81.7 
 
 		 1989 bp  81.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2923  DNA topoisomerase III  92.59 
 
 		 1965 bp  75.8  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3364  DNA topoisomerase III  93.33 
 
 		 1944 bp  65.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3295  DNA topoisomerase III  90.38 
 
 		 1968 bp  63.9  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.17428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5784  IS1071, transposase  87.1 
 
 		 744 bp  60  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1473  DNA topoisomerase III  81.58 
 
 		 2022 bp  60  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3001  DNA topoisomerase III  91.11 
 
 		 1968 bp  58  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514044  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0032  DNA topoisomerase III  100 
 
 		 2727 bp  52  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1853  transposase Tn3 family protein  89.13 
 
 		 2289 bp  52  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.713988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5545  transposase Tn3  94.12 
 
 		 2538 bp  52  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.288068 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1612  DNA topoisomerase III  85.48 
 
 		 2043 bp  52  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1425  DNA topoisomerase III  90.24 
 
 		 2052 bp  50.1  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.771336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1738  DNA topoisomerase III  90.24 
 
 		 2100 bp  50.1  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5683  transposase Tn3 family protein  87.76 
 
 		 2940 bp  50.1  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.145306  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>