More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0580 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0580  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 
333 aa  692    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.174594  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0093  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.68 
 
 
333 aa  540  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.403582 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3558  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.68 
 
 
333 aa  540  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.437109  normal  0.427053 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3271  polysaccharide biosynthesis protein  74.92 
 
 
331 aa  531  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1302  polysaccharide biosynthesis protein  75.23 
 
 
331 aa  531  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.112616  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1318  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.69 
 
 
332 aa  528  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.914837  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3560  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.3 
 
 
331 aa  528  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.423862 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2629  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.08 
 
 
331 aa  530  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1396  polysaccharide biosynthesis protein CapD  76.54 
 
 
331 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709485  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2967  polysaccharide biosynthesis protein CapD  76.54 
 
 
331 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0609  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  73.87 
 
 
333 aa  522  1e-147  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.812779  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1286  polysaccharide biosynthesis protein CapD  73.72 
 
 
331 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02896  polysaccharide biosynthesis protein  72.56 
 
 
332 aa  509  1e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1193  polysaccharide biosynthesis protein CapD  70.09 
 
 
333 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.965289  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0643  Short-chain dehydrogenase/reductase  70.34 
 
 
333 aa  497  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132994  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3080  polysaccharide biosynthesis protein CapD  67.78 
 
 
332 aa  478  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1485  polysaccharide biosynthesis protein  67.59 
 
 
334 aa  475  1e-133  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.317262  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1298  UDP-GlcNAc C6-dehydratase/C4-reductase  66.36 
 
 
335 aa  476  1e-133  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1518  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.27 
 
 
333 aa  477  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.280588  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1310  polysaccharide biosynthesis protein  66.87 
 
 
334 aa  475  1e-133  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.573218  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3011  polysaccharide biosynthesis protein CapD  70.06 
 
 
331 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3711  polysaccharide biosynthesis protein CapD  65.65 
 
 
333 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.724189  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0560  polysaccharide biosynthesis protein  68.03 
 
 
328 aa  467  1.0000000000000001e-131  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0429  polysaccharide biosynthesis protein  67.59 
 
 
334 aa  469  1.0000000000000001e-131  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  67.08 
 
 
333 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.122561  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2208  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  66.77 
 
 
329 aa  456  1e-127  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0535487  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1633  FlmA  64.89 
 
 
331 aa  444  1e-123  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4634  polysaccharide biosynthesis protein CapD  58.84 
 
 
344 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2409  polysaccharide biosynthesis protein CapD  58.07 
 
 
344 aa  394  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.551754  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2766  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase; UDP-4-dehydro-6-deoxy-2-acetamido-D-glucose 4-reductase  60.3 
 
 
338 aa  382  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.881567  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1957  polysaccharide biosynthesis protein CapD  57.31 
 
 
357 aa  383  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.540068  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4262  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  60.18 
 
 
338 aa  381  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.404826 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1142  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  58.01 
 
 
356 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0458  polysaccharide biosynthesis protein CapD  58.01 
 
 
342 aa  369  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2421  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.01 
 
 
340 aa  370  1e-101  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.746498  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  56.5 
 
 
337 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00862014 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2092  polysaccharide biosynthesis protein  56.19 
 
 
337 aa  362  5.0000000000000005e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0653  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.57 
 
 
332 aa  362  6e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0235558  normal  0.660633 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13073  capsular polysaccharide biosynthesis protein  56.8 
 
 
336 aa  361  1e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1778  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.46 
 
 
350 aa  359  4e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2322  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.68 
 
 
332 aa  358  6e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0743791 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01570  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  52.73 
 
 
327 aa  357  1.9999999999999998e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0782999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1199  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.1 
 
 
327 aa  355  5e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.530201 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3032  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  52.57 
 
 
332 aa  350  3e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3947  polysaccharide biosynthesis protein CapD  55.86 
 
 
340 aa  349  5e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.689942  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0778  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.44 
 
 
325 aa  348  5e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.8 
 
 
326 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.196445  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0101  capsular polysaccharide biosynthesis protein  54.24 
 
 
339 aa  323  3e-87  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0202415  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0146  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.54 
 
 
329 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000000342824 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1591  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.41 
 
 
344 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0428  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.3 
 
 
343 aa  258  1e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0374599  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3851  FlmA  47.74 
 
 
328 aa  257  2e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.08 
 
 
328 aa  257  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1447  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  47.74 
 
 
328 aa  256  3e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000193449 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0144  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.73 
 
 
342 aa  253  3e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0139  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.73 
 
 
342 aa  253  3e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3221  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.03 
 
 
335 aa  252  8.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0227  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.88 
 
 
337 aa  252  8.000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.377971  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2246  polysaccharide biosynthesis domain-containing protein  47.99 
 
 
336 aa  250  2e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2232  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.34 
 
 
332 aa  249  6e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3511  UDP-glucose 4-epimerase  42.64 
 
 
336 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000024389 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1872  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.74 
 
 
336 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0528646  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1660  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.87 
 
 
350 aa  240  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1283  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.63 
 
 
350 aa  239  4e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1373  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.85 
 
 
344 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45387  hitchhiker  0.00458395 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.03 
 
 
336 aa  238  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0201234  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1621  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.52 
 
 
338 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1302  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.59 
 
 
355 aa  236  4e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.454328  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3715  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.4 
 
 
344 aa  235  7e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.722931  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0147  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.5 
 
 
340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.886918  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3026  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.45 
 
 
350 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0501  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.92 
 
 
330 aa  232  5e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.153832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0789  fused dTDP-4-dehydrorhamnose reductase and 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.1 
 
 
345 aa  231  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468733  hitchhiker  0.00205032 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.97 
 
 
336 aa  230  2e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000749249  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0726  polysaccharide biosynthesis domain-containing protein  44.44 
 
 
337 aa  230  2e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.8 
 
 
348 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1672  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.56 
 
 
346 aa  229  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.25 
 
 
345 aa  228  8e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0141626  normal  0.282035 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1718  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.53 
 
 
341 aa  228  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.910405  hitchhiker  0.0000000304233 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1109  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.27 
 
 
341 aa  228  1e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5444  FlmA  40.18 
 
 
345 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0748  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.97 
 
 
336 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.64 
 
 
340 aa  228  1e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1980  polysaccharide biosynthesis protein  38.39 
 
 
344 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2741  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.64 
 
 
355 aa  223  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1471  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.42 
 
 
341 aa  223  4e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4310  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.27 
 
 
344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3033  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.74 
 
 
340 aa  220  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4586  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.44 
 
 
348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.789975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4753  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.02 
 
 
345 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.447789  normal  0.0884742 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2184  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.3 
 
 
404 aa  209  7e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0558  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.93 
 
 
340 aa  206  4e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.201229  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18620  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  39.73 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436748  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0020  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.75 
 
 
353 aa  196  5.000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.8 
 
 
335 aa  192  5e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000592797 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0761  UDP-glucose 4-epimerase  38.25 
 
 
348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.1 
 
 
607 aa  172  5e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.46 
 
 
614 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.34 
 
 
680 aa  163  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3656  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.65 
 
 
652 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>