93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0553 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0553  protein of unknown function DUF477  100 
 
 		 174 aa  350  7e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.468513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0605  protein of unknown function DUF477  98.84 
 
 		 174 aa  343  5e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.406364  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0662  hypothetical protein  77.19 
 
 		 173 aa  272  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.505723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2628  hypothetical protein  61.11 
 
 		 167 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0663  hypothetical protein  59.04 
 
 		 178 aa  194  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1719  hypothetical protein  44.51 
 
 		 169 aa  136  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.912604 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4546  hypothetical protein  42.59 
 
 		 165 aa  134  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.059315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2692  hypothetical protein  43.21 
 
 		 165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1509  hypothetical protein  45.34 
 
 		 165 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.147456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0417  hypothetical protein  39.75 
 
 		 169 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3954  hypothetical protein  40.85 
 
 		 165 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.670415  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1904  hypothetical protein  38.22 
 
 		 165 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.199775 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3712  hypothetical protein  40.24 
 
 		 165 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1188  hypothetical protein  42.86 
 
 		 164 aa  114  8.999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1335  hypothetical protein  39.63 
 
 		 165 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.352128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2117  hypothetical protein  38.51 
 
 		 166 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.442514  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0314  hypothetical protein  38.51 
 
 		 183 aa  111  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.513308 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4855  protein of unknown function DUF477  39.76 
 
 		 174 aa  111  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3393  hypothetical protein  39.51 
 
 		 165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.391181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0309  protein of unknown function DUF477  38.51 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.137525  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0329  hypothetical protein  36.63 
 
 		 180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6687  hypothetical protein  40.13 
 
 		 165 aa  108  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0251309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1763  protein of unknown function DUF477  37.8 
 
 		 165 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.479141  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1697  protein of unknown function DUF477  36.42 
 
 		 166 aa  107  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5309  protein of unknown function DUF477  36.42 
 
 		 166 aa  107  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1072  hypothetical protein  39.26 
 
 		 173 aa  107  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0660  protein of unknown function DUF477  34.38 
 
 		 164 aa  106  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0379  hypothetical protein  40.54 
 
 		 190 aa  105  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0411  hypothetical protein  37.67 
 
 		 174 aa  103  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0188943 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0286  hypothetical protein  38.22 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.61862  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0600  hypothetical protein  41.01 
 
 		 191 aa  101  5e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0455  hypothetical protein  36.3 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2048  hypothetical protein  34.57 
 
 		 167 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422541  normal  0.953122 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3400  hypothetical protein  36.42 
 
 		 165 aa  99.8  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.358552  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0423  hypothetical protein  36.81 
 
 		 180 aa  99.8  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0104  hypothetical protein  35.33 
 
 		 173 aa  99.4  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.437005  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6200  hypothetical protein  35.8 
 
 		 168 aa  97.8  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0510  hypothetical protein  36.02 
 
 		 165 aa  93.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04651  hypothetical protein  34.53 
 
 		 143 aa  94  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.024621  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0328  hypothetical protein  36.02 
 
 		 165 aa  93.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0257  hypothetical protein  34.57 
 
 		 176 aa  93.2  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.607458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0315  hypothetical protein  36 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3372  hypothetical protein  35.33 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3042  hypothetical protein  35.33 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2234  hypothetical protein  35.33 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2050  hypothetical protein  35.33 
 
 		 166 aa  90.5  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.978311  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2521  protein of unknown function DUF477  34.76 
 
 		 178 aa  86.3  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2025  protein of unknown function DUF477  38.2 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.869796 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1402  protein of unknown function DUF477  32.39 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1822  protein of unknown function DUF477  35.79 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0121907  normal  0.874997 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0415  protein of unknown function DUF477  39.29 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2528  hypothetical protein  34.29 
 
 		 230 aa  62  0.000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0293183  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2362  protein of unknown function DUF477  36.26 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0549587  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2030  protein of unknown function DUF477  34.38 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4335  protein of unknown function DUF477  30.5 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.533336 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2020  hypothetical protein  34.88 
 
 		 216 aa  58.2  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000109583  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5848  protein of unknown function DUF477  28.37 
 
 		 144 aa  55.5  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.638132 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47050  hypothetical protein  34.51 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1820  hypothetical protein  32.56 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.311649  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1752  hypothetical protein  32.56 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3452  hypothetical protein  36.63 
 
 		 226 aa  54.3  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.562594  normal  0.0852747 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3991  hypothetical protein  35.23 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296881  normal  0.226333 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1373  hypothetical protein  32.65 
 
 		 211 aa  53.9  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000592916  hitchhiker  0.000147717 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0395  hypothetical protein  36.47 
 
 		 211 aa  53.5  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1479  hypothetical protein  34.69 
 
 		 208 aa  53.9  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0815961  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1796  protein of unknown function DUF477  30 
 
 		 215 aa  53.1  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0823313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2295  protein of unknown function DUF477  32.95 
 
 		 208 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00345747 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4748  hypothetical protein  33.66 
 
 		 231 aa  52  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0550887 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1231  protein of unknown function DUF477  36.23 
 
 		 202 aa  52  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0259656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4288  hypothetical protein  34.09 
 
 		 205 aa  52  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04775  hypothetical protein  29.01 
 
 		 145 aa  51.6  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.559491  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2018  hypothetical protein  31.82 
 
 		 208 aa  51.2  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2278  hypothetical protein  35.21 
 
 		 210 aa  50.4  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166997  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1300  hypothetical protein  35.37 
 
 		 205 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0959913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1771  hypothetical protein  32.18 
 
 		 251 aa  50.4  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3603  protein of unknown function DUF477  26.39 
 
 		 147 aa  50.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1083  hypothetical protein  32.56 
 
 		 213 aa  49.7  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2034  hypothetical protein  28.43 
 
 		 211 aa  48.1  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0989  hypothetical protein  41.11 
 
 		 228 aa  47.8  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2421  protein of unknown function DUF477  29 
 
 		 215 aa  47  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1232  protein of unknown function DUF477  33.82 
 
 		 236 aa  47  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0269196 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0813  hypothetical protein  29.89 
 
 		 205 aa  47  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1223  protein of unknown function DUF477  30.68 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1980  protein of unknown function DUF477  29.55 
 
 		 208 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.302172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3876  hypothetical protein  32.18 
 
 		 210 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.782004  normal  0.0344553 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1890  hypothetical protein  28.36 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0918  protein of unknown function DUF477  32.94 
 
 		 213 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0411456  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0914  protein of unknown function DUF477  32.94 
 
 		 213 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4319  hypothetical protein  35.37 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1404  hypothetical protein  35.37 
 
 		 205 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3480  hypothetical protein  30.99 
 
 		 202 aa  42.7  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.519696 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4407  hypothetical protein  34.15 
 
 		 205 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.809369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3228  hypothetical protein  32.43 
 
 		 213 aa  42.4  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>