82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0542 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0542  TadE family protein  100 
 
 
157 aa  319  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0422176  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0649  putative transmembrane protein  56.76 
 
 
144 aa  147  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.695052  normal  0.246018 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5858  TadE family protein  48.94 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0252169  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3935  TadE family protein  46.15 
 
 
142 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0926444  normal  0.0826596 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3428  TadE family protein  45.45 
 
 
142 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.059057  normal  0.388912 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0329  TadE-like protein  43.57 
 
 
142 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1880  TadE family protein  43.57 
 
 
142 aa  103  9e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.717439  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0832  hypothetical protein  43.57 
 
 
142 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.384957  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1673  hypothetical protein  43.57 
 
 
142 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1892  TadE family protein  43.57 
 
 
142 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2049  hypothetical protein  43.57 
 
 
142 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2452  hypothetical protein  42.86 
 
 
142 aa  100  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2050  TadE-like protein  38.46 
 
 
142 aa  93.2  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0057795  normal  0.0460537 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0798  hypothetical protein  40.97 
 
 
156 aa  89  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1164  TadE family protein  34.33 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.167453  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1165  TadE family protein  33.09 
 
 
143 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0463265  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1495  TadE family protein  37.93 
 
 
160 aa  79.7  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0658  hypothetical protein  36.3 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0921771 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1749  Flp pilus assembly protein TadG  33.99 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1023  TadE family protein  34.06 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3005  TadE family protein  37.5 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3970  TadE family protein  37.5 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.043722  normal  0.677829 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2271  hypothetical protein  42.11 
 
 
180 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.58997  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2112  TadE family protein  36.04 
 
 
137 aa  55.1  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0638  TadE-like  33.02 
 
 
146 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3088  TadE family protein  43.06 
 
 
180 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5999  TadE family protein  36.27 
 
 
177 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.835378  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2320  TadE family protein  29.71 
 
 
144 aa  53.9  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2544  hypothetical protein  28.1 
 
 
155 aa  53.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6295  TadE family protein  36.27 
 
 
177 aa  53.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2635  TadE family protein  38.57 
 
 
148 aa  52.8  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.857387 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7198  TadE-like protein  37.5 
 
 
177 aa  51.6  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0214815  normal  0.436422 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4440  TadE family protein  36.94 
 
 
126 aa  52  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0344205 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6369  TadE family protein  36.54 
 
 
177 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.944894 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2917  TadE family protein  45.1 
 
 
136 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.354094  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6781  TadE family protein  36.54 
 
 
177 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0179995  normal  0.123574 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5495  TadE-like  36.54 
 
 
177 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0437869  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2654  TadE-like  34.07 
 
 
163 aa  51.2  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2829  TadE-like  34.82 
 
 
136 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.891584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1313  hypothetical protein  34.82 
 
 
722 aa  51.2  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1856  TadE family protein  28.78 
 
 
138 aa  49.3  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0164908  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0584  TadE family protein  36.23 
 
 
165 aa  48.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.45278 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2963  TadE family protein  42.42 
 
 
168 aa  48.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2929  TadE family protein  28.03 
 
 
129 aa  47.8  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.197954  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4374  hypothetical protein  38.05 
 
 
151 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1401  TadE family protein  29.93 
 
 
156 aa  47  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0415098  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2369  hypothetical protein  32.5 
 
 
163 aa  47  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00453138  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2369  hypothetical protein  37.25 
 
 
165 aa  47.4  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266179  normal  0.186835 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1651  TadE family protein  37.5 
 
 
165 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257032  normal  0.635162 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1766  TadE family protein  27.64 
 
 
155 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.586094  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2051  TadE family protein  30.71 
 
 
138 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3707  TadE-like  32.43 
 
 
176 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2800  putative transmembrane protein  33.87 
 
 
165 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1939  hypothetical protein  27.64 
 
 
155 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0225925  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1787  TadE family protein  27.64 
 
 
155 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.972115  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0115  hypothetical protein  27.64 
 
 
155 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.583483  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1780  TadE family protein  27.64 
 
 
155 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1050  TadE family protein  27.64 
 
 
155 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.10258  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7197  TadE-like protein  41.54 
 
 
147 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0163564  normal  0.273639 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1441  TadE family protein  35.59 
 
 
168 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.810829  normal  0.348575 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1024  TadE family protein  50 
 
 
145 aa  46.2  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0644  TadE-like protein  46.81 
 
 
176 aa  45.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.262205  normal  0.399069 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1838  TadE family protein  32.41 
 
 
132 aa  45.1  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2016  TadE family protein  37.25 
 
 
160 aa  43.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.631839  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2732  TadE family protein  34.55 
 
 
162 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0801  TadE family protein  35.05 
 
 
141 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3944  TadE family protein  39.13 
 
 
170 aa  43.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000125282  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6780  TadE family protein  42.19 
 
 
147 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0136653  normal  0.216151 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5494  TadE-like  42.19 
 
 
147 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0094498  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2705  TadE family protein  44 
 
 
154 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6368  TadE family protein  42.19 
 
 
147 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.902056 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0840  TadE family protein  26.42 
 
 
146 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1734  TadE family protein  33.33 
 
 
167 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104166  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5822  TadE family protein  32.43 
 
 
152 aa  43.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.943338  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6296  TadE family protein  38.98 
 
 
147 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2356  TadE-like  42.86 
 
 
145 aa  42  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4196  TadE family protein  27.66 
 
 
177 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.394929  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0797  TadE-like  43.75 
 
 
147 aa  41.2  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160626  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1039  TadE-like  32.73 
 
 
164 aa  41.6  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000150805  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5407  TadE-like  33.33 
 
 
154 aa  41.2  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1519  TadE family protein  32.73 
 
 
164 aa  41.6  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000188684  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0675  TadE family protein  33.82 
 
 
153 aa  41.2  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>