125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0347 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0347  protein of unknown function DUF971  100 
 
 
138 aa  284  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.288464 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0332  protein of unknown function DUF971  95.65 
 
 
138 aa  275  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.591786  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0457  hypothetical protein  92.03 
 
 
138 aa  263  4e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.82157 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2736  hypothetical protein  72.46 
 
 
138 aa  209  9e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0298076 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0370  hypothetical protein  72.46 
 
 
138 aa  209  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.040295  normal  0.643412 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0859  hypothetical protein  67.65 
 
 
137 aa  200  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.114116 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0430  hypothetical protein  74.22 
 
 
138 aa  199  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0623601  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0780  hypothetical protein  66.42 
 
 
137 aa  198  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1290  hypothetical protein  68.15 
 
 
137 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5462  hypothetical protein  65.94 
 
 
140 aa  195  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271725  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1315  hypothetical protein  66.18 
 
 
138 aa  194  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.1813  hitchhiker  0.00777852 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0795  protein of unknown function DUF971  67.65 
 
 
138 aa  193  8.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.8673  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0866  hypothetical protein  67.65 
 
 
138 aa  192  9e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.214574  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4130  protein of unknown function DUF971  65.93 
 
 
137 aa  190  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178996  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4051  hypothetical protein  63.77 
 
 
137 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.642298 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3645  hypothetical protein  67.97 
 
 
140 aa  180  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.785691  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0648  protein of unknown function DUF971  62.32 
 
 
137 aa  179  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887571 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6060  hypothetical protein  61.15 
 
 
137 aa  178  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0566  hypothetical protein  61.15 
 
 
137 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946647  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2784  hypothetical protein  61.15 
 
 
137 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.652126  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2651  hypothetical protein  61.15 
 
 
137 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.624861  normal  0.511328 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0373  hypothetical protein  60.87 
 
 
137 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.426487 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2121  hypothetical protein  60.43 
 
 
137 aa  176  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.59794  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2733  hypothetical protein  60.43 
 
 
137 aa  176  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.964648  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2761  hypothetical protein  61.54 
 
 
137 aa  176  8e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.255112  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2317  hypothetical protein  61.54 
 
 
137 aa  176  8e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.615217  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0666  hypothetical protein  61.54 
 
 
137 aa  176  8e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0682  hypothetical protein  61.54 
 
 
137 aa  176  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2397  hypothetical protein  61.54 
 
 
137 aa  176  8e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2760  hypothetical protein  60.43 
 
 
137 aa  176  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3513  hypothetical protein  66.4 
 
 
135 aa  175  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164721 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1603  protein of unknown function DUF971  62.99 
 
 
132 aa  174  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0552  hypothetical protein  59.23 
 
 
137 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0220  protein of unknown function DUF971  57.14 
 
 
140 aa  166  8e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.635086  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1898  hypothetical protein  60.8 
 
 
128 aa  165  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.32912  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4118  hypothetical protein  55 
 
 
140 aa  163  6.9999999999999995e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2270  hypothetical protein  59.2 
 
 
139 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.647055  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0104  protein of unknown function DUF971  59.83 
 
 
121 aa  157  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0699  hypothetical protein  60.98 
 
 
124 aa  156  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0147  hypothetical protein  61.29 
 
 
132 aa  154  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.793552 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0058  protein of unknown function DUF971  62.5 
 
 
121 aa  152  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.563148  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2016  hypothetical protein  59.48 
 
 
121 aa  147  6e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.485395  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2342  hypothetical protein  57.26 
 
 
144 aa  143  7.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2126  hypothetical protein  59.13 
 
 
120 aa  138  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0403  hypothetical protein  59.65 
 
 
130 aa  138  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.337193  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0068  hypothetical protein  59.13 
 
 
123 aa  137  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4130  hypothetical protein  52.94 
 
 
127 aa  135  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631548 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2230  hypothetical protein  53.98 
 
 
119 aa  135  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0959  hypothetical protein  53.1 
 
 
119 aa  134  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.145353  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0949  hypothetical protein  53.1 
 
 
119 aa  134  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1309  hypothetical protein  54.78 
 
 
122 aa  131  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159335  hitchhiker  0.00415423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0395  hypothetical protein  54.31 
 
 
125 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.185206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2699  heat shock protein DnaJ  55.56 
 
 
134 aa  129  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00021338 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3899  hypothetical protein  51.69 
 
 
140 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.491521 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45400  hypothetical protein  54.87 
 
 
124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.40933  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2649  hypothetical protein  50 
 
 
142 aa  124  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.265334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6713  protein of unknown function DUF971  50.85 
 
 
124 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.919555  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2876  protein of unknown function DUF971  50 
 
 
142 aa  124  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2773  protein of unknown function DUF971  50 
 
 
142 aa  123  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174226  normal  0.0905596 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1325  protein of unknown function DUF971  48.65 
 
 
140 aa  122  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.887374  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1557  hypothetical protein  48.67 
 
 
117 aa  123  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.147587  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0373  hypothetical protein  50.85 
 
 
131 aa  122  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3523  hypothetical protein  44.19 
 
 
128 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0432  hypothetical protein  44.19 
 
 
128 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.620375 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3701  hypothetical protein  44.19 
 
 
128 aa  122  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0531  hypothetical protein  51.3 
 
 
123 aa  122  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4164  hypothetical protein  44.19 
 
 
128 aa  121  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5052  hypothetical protein  51.33 
 
 
125 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0598  hypothetical protein  49.57 
 
 
127 aa  120  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.302332  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0461  hypothetical protein  43.41 
 
 
128 aa  120  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2024  protein of unknown function DUF971  52.63 
 
 
124 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.09777  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5002  hypothetical protein  50.44 
 
 
125 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0471  protein of unknown function DUF971  43.41 
 
 
128 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3869  hypothetical protein  43.41 
 
 
128 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4876  hypothetical protein  50.44 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0440599  normal  0.136179 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0445  hypothetical protein  43.41 
 
 
128 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6196  hypothetical protein  49.17 
 
 
124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.710102  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5142  hypothetical protein  50.44 
 
 
128 aa  118  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1784  hypothetical protein  46.09 
 
 
126 aa  118  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.56936  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0527  hypothetical protein  41.86 
 
 
128 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0393  hypothetical protein  48.67 
 
 
123 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1580  hypothetical protein  50.44 
 
 
124 aa  115  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.253463  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2246  protein of unknown function DUF971  50 
 
 
125 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3363  hypothetical protein  49.12 
 
 
127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0429  hypothetical protein  44.35 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1386  hypothetical protein  51.38 
 
 
124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66800  hypothetical protein  51.33 
 
 
123 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0462  hypothetical protein  48.67 
 
 
125 aa  114  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2940  hypothetical protein  54.84 
 
 
100 aa  113  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2074  hypothetical protein  50.44 
 
 
121 aa  113  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.555272  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5792  hypothetical protein  50.44 
 
 
123 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648081  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3766  hypothetical protein  41.54 
 
 
128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000239528  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4431  hypothetical protein  45.69 
 
 
131 aa  108  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.690938  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1054  protein of unknown function DUF971  45.13 
 
 
132 aa  107  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109891 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3783  hypothetical protein  43.59 
 
 
131 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0528  hypothetical protein  45.3 
 
 
130 aa  106  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1632  hypothetical protein  43.75 
 
 
135 aa  95.9  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0464057  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0852  hypothetical protein  52.38 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0978  protein of unknown function DUF971  52.38 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.039823 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4371  hypothetical protein  33.7 
 
 
125 aa  63.5  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.854444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>