28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0066 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0066  outer membrane channel lipoprotein  100 
 
 		 54 aa  105  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  85.11 
 
 		 480 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0055  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  81.25 
 
 		 579 aa  80.5  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0058  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  81.25 
 
 		 579 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  63.83 
 
 		 488 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1747  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.45 
 
 		 496 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4161  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.45 
 
 		 498 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.309156 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3688  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.45 
 
 		 501 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235267  normal  0.483752 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0406  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  59.57 
 
 		 500 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5958  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  55.1 
 
 		 506 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.821949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.78 
 
 		 484 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7713  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.1 
 
 		 532 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2409  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.1 
 
 		 483 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0766  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.32 
 
 		 480 aa  50.4  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000618276  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0526  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.82 
 
 		 510 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1058  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.81 
 
 		 511 aa  44.7  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.712242  normal  0.943186 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.06 
 
 		 485 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1545  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.06 
 
 		 485 aa  43.5  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0688  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  56.82 
 
 		 505 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.13024 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.06 
 
 		 483 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4247  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.08 
 
 		 484 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0143571  normal  0.053898 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.06 
 
 		 486 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  51.06 
 
 		 486 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1555  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.75 
 
 		 515 aa  42.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000678777  hitchhiker  0.0000000215879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1880  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.75 
 
 		 515 aa  42.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1356  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  48.94 
 
 		 501 aa  42.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1614  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.06 
 
 		 487 aa  42  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0245631 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.75 
 
 		 481 aa  40.8  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>