196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0005 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0005    100 
 
 		 216 bp  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0003  DNA gyrase subunit B  99.54 
 
 		 2529 bp  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0003  DNA gyrase subunit B  99.54 
 
 		 2529 bp  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0003  DNA gyrase subunit B  89.05 
 
 		 2526 bp  234  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3440  DNA gyrase subunit B  85.35 
 
 		 2529 bp  163  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.683175  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0003  DNA gyrase subunit B  85.64 
 
 		 2556 bp  159  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0003  DNA gyrase subunit B  86.54 
 
 		 2502 bp  143  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0003  DNA gyrase, B subunit  84.04 
 
 		 2595 bp  135  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000665074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0003  DNA gyrase, B subunit  85.44 
 
 		 2625 bp  131  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202809  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0003  DNA gyrase, B subunit  83.33 
 
 		 2607 bp  123  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0003  DNA gyrase subunit B  82.44 
 
 		 2526 bp  121  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150441  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0003  DNA gyrase subunit B  83.24 
 
 		 2472 bp  121  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0003  DNA gyrase, B subunit  88.89 
 
 		 2607 bp  119  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4146  DNA gyrase subunit B  96.97 
 
 		 2607 bp  115  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.66151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0003  DNA gyrase, B subunit  100 
 
 		 2580 bp  113  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.202279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0003  DNA gyrase subunit B  84.67 
 
 		 2505 bp  105  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0123108  hitchhiker  0.00974324 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0003  DNA gyrase subunit B  81.34 
 
 		 2634 bp  105  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03480  DNA gyrase subunit B  96.49 
 
 		 2445 bp  97.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0157  DNA gyrase subunit B  93.75 
 
 		 2493 bp  95.6  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374605  normal  0.0722836 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0004  DNA gyrase subunit B  96.36 
 
 		 2409 bp  93.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0416  DNA gyrase subunit B  96.23 
 
 		 2439 bp  89.7  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00050  DNA gyrase subunit B  93.33 
 
 		 1947 bp  87.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000300089  hitchhiker  0.00265407 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0003  DNA gyrase, B subunit  85.44 
 
 		 2613 bp  85.7  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.41249  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0004  DNA gyrase subunit B  89.19 
 
 		 2421 bp  83.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0004  DNA gyrase subunit B  80.68 
 
 		 2418 bp  79.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1873  DNA gyrase, B subunit  90.62 
 
 		 2442 bp  79.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0004  DNA gyrase subunit B  91.53 
 
 		 2418 bp  77.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2083  DNA gyrase, B subunit  95.74 
 
 		 2397 bp  77.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0006  DNA gyrase, B subunit  92.59 
 
 		 1974 bp  75.8  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0640432  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0005  DNA gyrase, B subunit  92.59 
 
 		 2406 bp  75.8  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3310  DNA gyrase subunit B  92.59 
 
 		 2508 bp  75.8  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0928  DNA topoisomerase IV subunit B  94 
 
 		 1983 bp  75.8  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.449359  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1014  DNA topoisomerase IV subunit B  94 
 
 		 1983 bp  75.8  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2802  DNA gyrase subunit B  92.59 
 
 		 2481 bp  75.8  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3220  DNA gyrase subunit B  94 
 
 		 2436 bp  75.8  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0004  DNA gyrase subunit B  92.45 
 
 		 2412 bp  73.8  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2927  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  90.16 
 
 		 1932 bp  73.8  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.192259 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00040  DNA gyrase subunit B  90.16 
 
 		 2421 bp  73.8  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0004  DNA gyrase subunit B  90.16 
 
 		 2388 bp  73.8  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0004  DNA gyrase subunit B  92.45 
 
 		 2418 bp  73.8  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0004  DNA gyrase, B subunit  90.16 
 
 		 2388 bp  73.8  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0004  DNA gyrase, B subunit  90.16 
 
 		 2388 bp  73.8  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  90 
 
 		 2388 bp  71.9  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0004  DNA gyrase subunit B  91.07 
 
 		 2415 bp  71.9  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.873229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5127  DNA gyrase subunit B  91.07 
 
 		 2418 bp  71.9  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.271851 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0004  DNA gyrase subunit B  89.06 
 
 		 2412 bp  71.9  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.428577  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2555  DNA gyrase subunit B  80.92 
 
 		 2475 bp  71.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00050  DNA gyrase subunit B  90 
 
 		 2421 bp  71.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0003  DNA gyrase subunit B  80.92 
 
 		 2475 bp  71.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0016  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  90 
 
 		 2418 bp  71.9  0.00000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.976365  hitchhiker  0.00112252 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4209  DNA gyrase subunit B  91.07 
 
 		 2415 bp  71.9  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00242077  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3912  DNA gyrase subunit B  91.07 
 
 		 2415 bp  71.9  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.139583  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0004  DNA gyrase, B subunit  92.16 
 
 		 2433 bp  69.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0003  DNA gyrase subunit B  93.62 
 
 		 2475 bp  69.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0004  DNA gyrase, subunit B  85.06 
 
 		 2418 bp  69.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0900  DNA topoisomerase IV subunit B  92.16 
 
 		 1986 bp  69.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.573565  normal  0.687535 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0005  DNA gyrase, B subunit  93.62 
 
 		 2397 bp  69.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0007  DNA gyrase, B subunit  92 
 
 		 2445 bp  67.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000127648 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  90.74 
 
 		 1887 bp  67.9  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0005  DNA gyrase subunit B  86.49 
 
 		 2415 bp  67.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.645478  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0006  DNA gyrase subunit B  90.74 
 
 		 2436 bp  67.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000311968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0004  DNA gyrase subunit B  88.52 
 
 		 2418 bp  65.9  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  90.57 
 
 		 1947 bp  65.9  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000466462  hitchhiker  0.000000932752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0006  DNA gyrase subunit B  88.52 
 
 		 2421 bp  65.9  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0006  DNA gyrase subunit B  88.52 
 
 		 2136 bp  65.9  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685499  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0139  DNA gyrase subunit B  90.57 
 
 		 2424 bp  65.9  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837084  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0004  DNA gyrase subunit B  88.52 
 
 		 2421 bp  65.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03582  DNA gyrase subunit B  89.29 
 
 		 2415 bp  63.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0004  DNA gyrase, B subunit  89.29 
 
 		 2415 bp  63.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0004  DNA gyrase, B subunit  91.67 
 
 		 2388 bp  63.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.904157 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1346  DNA gyrase subunit B  91.67 
 
 		 2436 bp  63.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.427072  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03526  hypothetical protein  89.29 
 
 		 2415 bp  63.9  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0004  DNA gyrase subunit B  88.33 
 
 		 2427 bp  63.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00999238  normal  0.275353 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0130  DNA gyrase, B subunit  88.33 
 
 		 1911 bp  63.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.95821  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4119  DNA gyrase, B subunit  89.29 
 
 		 2625 bp  63.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0784571  normal  0.168166 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0335  DNA gyrase, B subunit  88.33 
 
 		 1938 bp  63.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.457317 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0015  DNA gyrase subunit B  91.67 
 
 		 2436 bp  63.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0035  DNA gyrase subunit B  93.18 
 
 		 2415 bp  63.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.373833  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3241  DNA gyrase subunit B  79.06 
 
 		 2469 bp  61.9  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2642  DNA topoisomerase IV subunit B  90.2 
 
 		 1971 bp  61.9  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482586  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0003  DNA gyrase subunit B  91.49 
 
 		 2475 bp  61.9  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.538686 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0007  DNA gyrase subunit B  91.49 
 
 		 2418 bp  61.9  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.197226  normal  0.376081 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0005  DNA gyrase, B subunit  89.09 
 
 		 1911 bp  61.9  0.00000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0004  DNA gyrase, B subunit  89.09 
 
 		 2391 bp  61.9  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.783567 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0829  DNA topoisomerase IV subunit B  90.2 
 
 		 1986 bp  61.9  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.849515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  89.09 
 
 		 1950 bp  61.9  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0003  DNA gyrase subunit B  97.06 
 
 		 2469 bp  60  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0925325  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2635  DNA topoisomerase IV subunit B  90 
 
 		 1977 bp  60  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0299  DNA gyrase subunit B  97.06 
 
 		 2469 bp  60  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.281677  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0003  DNA gyrase subunit B  84.15 
 
 		 2472 bp  60  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211892  hitchhiker  0.00365115 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0004  DNA gyrase subunit B  88.89 
 
 		 2415 bp  60  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0014  DNA gyrase subunit B  88.89 
 
 		 2403 bp  60  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2559  DNA topoisomerase IV subunit B  90 
 
 		 1980 bp  60  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2235  DNA gyrase subunit B  97.06 
 
 		 2469 bp  60  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0087  DNA gyrase subunit B  97.06 
 
 		 2469 bp  60  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0101  DNA gyrase subunit B  97.06 
 
 		 2469 bp  60  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0003  DNA gyrase subunit B  97.06 
 
 		 2469 bp  60  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4174  DNA gyrase subunit B  88.89 
 
 		 2415 bp  60  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.274174  normal  0.0336166 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5085  DNA topoisomerase IV subunit B  90 
 
 		 1983 bp  60  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0556284  normal  0.0388476 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4150  DNA gyrase subunit B  88.89 
 
 		 2415 bp  60  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0128391  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>