More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5084 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0140  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  82.76 
 
 
435 aa  748    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.942085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4013  FAD dependent oxidoreductase  71.26 
 
 
435 aa  653    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5870  FixC protein  88.28 
 
 
435 aa  786    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100427  normal  0.798669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3575  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  74.71 
 
 
435 aa  689    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.120471  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0986  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  91.95 
 
 
435 aa  823    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.105953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4446  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  90.34 
 
 
435 aa  807    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0489  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  69.43 
 
 
433 aa  645    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.905872  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1090  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  92.87 
 
 
435 aa  824    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4927  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  70.11 
 
 
435 aa  642    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5084  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  100 
 
 
435 aa  899    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3614  FAD dependent oxidoreductase  78.39 
 
 
435 aa  707    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119671 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6230  FAD dependent oxidoreductase  71.72 
 
 
435 aa  634    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5046  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  67.36 
 
 
435 aa  617  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0113413  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2265  electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase  64.52 
 
 
433 aa  598  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00453186  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1553  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  63.53 
 
 
436 aa  590  1e-167  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.457963  normal  0.229666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10540  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase, FixC  63.95 
 
 
432 aa  551  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.106956  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1478  fixC protein  62.9 
 
 
432 aa  552  1e-156  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1194  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  62.9 
 
 
432 aa  552  1e-156  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0537689 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1370  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  59.63 
 
 
434 aa  543  1e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1434  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  59.35 
 
 
436 aa  526  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000988984  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7737  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  58.66 
 
 
436 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.393449  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2315  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  57.04 
 
 
436 aa  518  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0377746  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1540  FAD dependent oxidoreductase  50 
 
 
431 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1195  FAD dependent oxidoreductase  43.25 
 
 
438 aa  367  1e-100  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0060  FAD dependent oxidoreductase  47.81 
 
 
432 aa  365  1e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0012744 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1260  FAD dependent oxidoreductase  43.02 
 
 
438 aa  364  1e-99  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0958  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  46.31 
 
 
437 aa  351  1e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1937  Electron-transferring-flavoproteindehydrogenase  47.21 
 
 
431 aa  350  4e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2774  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  43.19 
 
 
430 aa  343  4e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.372841  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3598  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  44.93 
 
 
438 aa  330  2e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.293022  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0574  FAD dependent oxidoreductase  42.51 
 
 
429 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0313  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  42.12 
 
 
430 aa  315  8e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.800751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3232  FAD dependent oxidoreductase  40.72 
 
 
430 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4041  FAD dependent oxidoreductase  41.45 
 
 
429 aa  299  7e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4276  Electron-transferring-flavoproteindehydrogenase  39.91 
 
 
434 aa  297  3e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1027  FAD dependent oxidoreductase  39.86 
 
 
430 aa  296  4e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1397  hypothetical protein  40 
 
 
429 aa  295  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.222986  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3556  FAD dependent oxidoreductase  38.95 
 
 
432 aa  294  2e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1822  Electron-transferring-flavoproteindehydrogenase  37.59 
 
 
431 aa  292  1e-77  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.154  normal  0.170222 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3106  FAD dependent oxidoreductase  37.56 
 
 
472 aa  291  1e-77  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000790545 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4604  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  35.7 
 
 
432 aa  289  6e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0083  putative oxidoreductase FixC  38.07 
 
 
428 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.715205  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0086  putative oxidoreductase FixC  37.44 
 
 
428 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0083  putative oxidoreductase FixC  38.07 
 
 
428 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2679  FAD dependent oxidoreductase  39.9 
 
 
430 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.678719 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0087  putative oxidoreductase FixC  37.2 
 
 
428 aa  282  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.458255 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0084  putative oxidoreductase FixC  36.96 
 
 
428 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3927  FAD dependent oxidoreductase  38.12 
 
 
431 aa  280  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.610841 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0047  putative oxidoreductase FixC  38.44 
 
 
428 aa  279  9e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00047  predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)-binding domain  37.96 
 
 
428 aa  276  7e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3556  FAD dependent oxidoreductase  37.96 
 
 
428 aa  276  7e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0049  putative oxidoreductase FixC  37.96 
 
 
428 aa  276  7e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00046  hypothetical protein  37.96 
 
 
428 aa  276  7e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3612  putative oxidoreductase FixC  37.96 
 
 
428 aa  276  7e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0214955 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0047  putative oxidoreductase FixC  37.96 
 
 
428 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2416  hypothetical protein  38.78 
 
 
429 aa  273  6e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1496  hypothetical protein  39.02 
 
 
429 aa  273  6e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.403861 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0045  putative oxidoreductase FixC  37.71 
 
 
428 aa  272  7e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.820288  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1916  hypothetical protein  39.02 
 
 
429 aa  272  8.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01668  predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)-binding domain  38.78 
 
 
429 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01657  hypothetical protein  38.78 
 
 
429 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1943  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  38.78 
 
 
429 aa  270  4e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.633206  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1902  hypothetical protein  38.78 
 
 
429 aa  269  8.999999999999999e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1932  hypothetical protein  38.54 
 
 
429 aa  268  1e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0346212 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2124  hypothetical protein  37.76 
 
 
428 aa  268  2e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08770  flavin-dependent dehydrogenase  36.81 
 
 
437 aa  263  4.999999999999999e-69  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09250  flavin-dependent dehydrogenase  37.01 
 
 
442 aa  261  2e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.696714 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0129  FAD dependent oxidoreductase  35.63 
 
 
436 aa  259  6e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1843  Electron-transferring-flavoproteindehydrogenase  38.48 
 
 
431 aa  259  8e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.186881  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0479  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  37.78 
 
 
425 aa  256  6e-67  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000230935  decreased coverage  0.000263259 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1820  hypothetical protein  36.84 
 
 
428 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1992  hypothetical protein  36.84 
 
 
428 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.594962  normal  0.0242177 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27800  flavin-dependent dehydrogenase  36.98 
 
 
439 aa  256  7e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1448  hypothetical protein  36.84 
 
 
428 aa  256  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.161686 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1464  hypothetical protein  36.84 
 
 
428 aa  255  9e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.682941  normal  0.67626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1482  hypothetical protein  36.84 
 
 
428 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.839158  normal  0.0909638 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2198  FAD dependent oxidoreductase  40.05 
 
 
446 aa  251  2e-65  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00140  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  35.29 
 
 
388 aa  245  9e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1434  Electron-transferring-flavoproteindehydrogenase  35.73 
 
 
442 aa  242  1e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.84038  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3860  FAD dependent oxidoreductase  36.93 
 
 
438 aa  240  2.9999999999999997e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00230775  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0648  FAD dependent oxidoreductase  37.25 
 
 
424 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.567553  hitchhiker  0.0038978 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_2000  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  37.68 
 
 
426 aa  225  1e-57  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02611  predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)-binding domain  36.04 
 
 
423 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0922  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  36.04 
 
 
423 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.713397  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3068  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  36.04 
 
 
423 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2906  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  36.04 
 
 
423 aa  225  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02574  hypothetical protein  36.04 
 
 
423 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4021  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  34.02 
 
 
423 aa  224  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0946  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  36.04 
 
 
423 aa  223  4e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2895  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  35.53 
 
 
423 aa  219  5e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3107  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  35.64 
 
 
422 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.916046  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2369  FAD dependent oxidoreductase  36.19 
 
 
424 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2135  FAD dependent oxidoreductase  37.53 
 
 
424 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0590  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  30.92 
 
 
407 aa  182  7e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00186747  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0636  glucose-inhibited division protein A  35.05 
 
 
395 aa  172  1e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.779451  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0333  FAD dependent oxidoreductase  34.08 
 
 
401 aa  166  1.0000000000000001e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.882916  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1249  FAD dependent oxidoreductase  36.09 
 
 
387 aa  142  9e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1221  electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase  28.17 
 
 
541 aa  139  7e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.022805  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1266  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  28.17 
 
 
541 aa  139  8.999999999999999e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.863142  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2615  FAD dependent oxidoreductase  34.08 
 
 
553 aa  138  2e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.489125  normal  0.819562 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>