More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4054 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4054  Peptidoglycan glycosyltransferase  100 
 
 
584 aa  1191    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00208935  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3479  Peptidoglycan glycosyltransferase  56.11 
 
 
599 aa  643    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1045  penicillin-binding protein, transpeptidase  77.37 
 
 
579 aa  942    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1850  peptidoglycan glycosyltransferase  61.9 
 
 
614 aa  726    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.635866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1988  peptidoglycan glycosyltransferase  88.01 
 
 
584 aa  1062    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.391079  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2188  peptidoglycan glycosyltransferase  84.74 
 
 
582 aa  999    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.322833  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3400  peptidoglycan glycosyltransferase  89.38 
 
 
584 aa  1093    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210929  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1273  peptidoglycan glycosyltransferase  76.32 
 
 
585 aa  948    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.912676  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6180  division-specific transpeptidase, penicillin-binding protein  75.86 
 
 
582 aa  927    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0686  peptidoglycan glycosyltransferase  54.66 
 
 
614 aa  638    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.163701 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5102  Peptidoglycan glycosyltransferase  53.87 
 
 
625 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4639  peptidoglycan glycosyltransferase  53.87 
 
 
625 aa  585  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0570885 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5178  Peptidoglycan glycosyltransferase  53.69 
 
 
602 aa  588  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5469  penicillin-binding protein transpeptidase  51.7 
 
 
595 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00596521  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2013  penicillin-binding protein, transpeptidase  51.74 
 
 
574 aa  570  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.744065  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2363  peptidoglycan glycosyltransferase  51.1 
 
 
630 aa  568  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0360882 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0261  peptidoglycan glycosyltransferase  51.64 
 
 
600 aa  560  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.942723  normal  0.0319626 
 
 
-
 
NC_004310  BR1437  penicillin-binding protein  50.28 
 
 
607 aa  554  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.735736  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1394  penicillin-binding protein  50.28 
 
 
607 aa  553  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.665563  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1738  peptidoglycan glycosyltransferase  49.53 
 
 
594 aa  551  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.429704  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0953  putative penicillin binding protein  47.65 
 
 
572 aa  522  1e-147  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.729723  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5367  peptidoglycan glycosyltransferase  50.19 
 
 
577 aa  521  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.590235  normal  0.451655 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2088  peptidoglycan glycosyltransferase  47.38 
 
 
582 aa  518  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301383 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2860  Peptidoglycan glycosyltransferase  45.69 
 
 
586 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.49605  normal  0.0126787 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2415  peptidoglycan glycosyltransferase  47.36 
 
 
587 aa  505  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2600  Peptidoglycan glycosyltransferase  45.32 
 
 
586 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0595508  normal  0.773053 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2897  penicillin binding protein 2  44.04 
 
 
583 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9532  penicillin-binding protein  42.63 
 
 
585 aa  464  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110863  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0956  peptidoglycan glycosyltransferase  41.03 
 
 
599 aa  411  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.582613  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2084  peptidoglycan glycosyltransferase  40.87 
 
 
584 aa  401  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.765677  normal  0.258337 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3176  Peptidoglycan glycosyltransferase  39.79 
 
 
682 aa  382  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.82825  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1273  penicillin-binding protein  37.65 
 
 
515 aa  361  2e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.603055  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2017  peptidoglycan glycosyltransferase  35.26 
 
 
593 aa  354  2e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.631285 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3953  peptidoglycan glycosyltransferase  38.7 
 
 
579 aa  344  2e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.34165  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3673  peptidoglycan glycosyltransferase  37.55 
 
 
584 aa  337  2.9999999999999997e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165211  normal  0.119703 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2767  peptidoglycan glycosyltransferase  34.84 
 
 
593 aa  328  1.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29633  normal  0.967196 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2472  peptidoglycan synthetase ftsI precursor  36.96 
 
 
597 aa  325  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.431937  normal  0.436915 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2098  cell division protein FtsI/penicillin-binding protein 2  35.42 
 
 
597 aa  323  7e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00289647  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0774  peptidoglycan glycosyltransferase  35.42 
 
 
597 aa  323  7e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0631389  normal  0.746379 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0585  peptidoglycan glycosyltransferase  33.74 
 
 
601 aa  319  7e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821878  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1887  peptidoglycan glycosyltransferase  36.21 
 
 
562 aa  319  1e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0305107 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0685  peptidoglycan glycosyltransferase  34.86 
 
 
597 aa  318  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.146126  normal  0.329198 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1127  peptidoglycan glycosyltransferase  35.27 
 
 
581 aa  307  3e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.322887  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0057  peptidoglycan glycosyltransferase  35.35 
 
 
696 aa  304  3.0000000000000004e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2241  peptidoglycan glycosyltransferase  33.89 
 
 
646 aa  291  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.480711  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0676  Peptidoglycan glycosyltransferase  31.67 
 
 
662 aa  248  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.832446  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0406  penicillin-binding protein, transpeptidase  33.13 
 
 
657 aa  241  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3295  peptidoglycan glycosyltransferase  30.48 
 
 
657 aa  237  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2208  peptidoglycan synthetase  30.46 
 
 
656 aa  237  4e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0485  penicillin-binding protein transpeptidase  31.23 
 
 
660 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0502  Peptidoglycan glycosyltransferase  31.07 
 
 
654 aa  232  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.734645 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3075  penicillin-binding protein  31.4 
 
 
657 aa  226  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.274173  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1974  peptidoglycan glycosyltransferase  30.68 
 
 
613 aa  224  4e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3465  penicillin-binding protein, transpeptidase  29.81 
 
 
703 aa  223  7e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00575858 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2053  peptidoglycan glycosyltransferase  30.68 
 
 
613 aa  223  8e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.830537  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04372  peptidoglycan synthetase FtsI  31.05 
 
 
622 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0763  Peptidoglycan glycosyltransferase  30.36 
 
 
570 aa  220  6e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2620  peptidoglycan glycosyltransferase  29.74 
 
 
587 aa  220  7e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000128115 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1015  stage V sporulation protein D  31.18 
 
 
646 aa  220  7e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0597  Peptidoglycan glycosyltransferase  30.99 
 
 
614 aa  219  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2275  peptidoglycan synthetase FtsI  30.1 
 
 
583 aa  218  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.482519 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3980  peptidoglycan glycosyltransferase  30.15 
 
 
657 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0516  peptidoglycan glycosyltransferase  30.11 
 
 
614 aa  216  9e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.316691 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0820  peptidoglycan glycosyltransferase  29.01 
 
 
705 aa  215  1.9999999999999998e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0213  penicillin-binding protein  30.2 
 
 
594 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.885893  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1442  stage V sporulation protein D  28.87 
 
 
740 aa  214  3.9999999999999995e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.542093  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0735  peptidoglycan glycosyltransferase  29.61 
 
 
690 aa  214  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0180376  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0961  Peptidoglycan glycosyltransferase  29.5 
 
 
654 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0171125 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1197  penicillin-binding protein  30.02 
 
 
596 aa  213  7e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113554  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1712  putative penicillin-binding protein  30.02 
 
 
594 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1625  penicillin-binding protein  30.02 
 
 
594 aa  213  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0044  penicillin-binding protein  30.02 
 
 
594 aa  213  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1056  penicillin-binding protein  30.02 
 
 
594 aa  213  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.300075  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1212  penicillin-binding protein  30.02 
 
 
594 aa  213  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0373  penicillin-binding protein  30.02 
 
 
594 aa  213  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1887  stage V sporulation protein D  29.46 
 
 
644 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2793  peptidoglycan glycosyltransferase  28.37 
 
 
586 aa  211  2e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.121115  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3459  peptidoglycan glycosyltransferase  31.5 
 
 
578 aa  211  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0440693 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2500  peptidoglycan glycosyltransferase  31.91 
 
 
587 aa  211  3e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1069  peptidoglycan synthetase FtsI  29.23 
 
 
577 aa  211  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00861821  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3504  peptidoglycan synthetase FtsI  30.51 
 
 
582 aa  210  5e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.152932 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0113  peptidoglycan synthetase FtsI  30.21 
 
 
577 aa  210  7e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.483173  normal  0.0772929 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0759  peptidoglycan glycosyltransferase  28.96 
 
 
631 aa  209  8e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3431  peptidoglycan glycosyltransferase  29.36 
 
 
580 aa  209  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1107  Peptidoglycan glycosyltransferase  28.37 
 
 
710 aa  208  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3433  Peptidoglycan glycosyltransferase  29.55 
 
 
588 aa  208  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.378657  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3423  peptidoglycan glycosyltransferase  29.1 
 
 
578 aa  208  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.890377  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2207  Peptidoglycan glycosyltransferase  29.62 
 
 
571 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.345655  normal  0.115802 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2867  peptidoglycan glycosyltransferase  30.03 
 
 
570 aa  207  5e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2730  Peptidoglycan glycosyltransferase  27.73 
 
 
595 aa  206  7e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2565  stage V sporulation protein D  30 
 
 
638 aa  206  1e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.18233  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1789  Peptidoglycan glycosyltransferase  31.09 
 
 
561 aa  205  2e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.816247  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1788  peptidoglycan synthetase FtsI  28.79 
 
 
631 aa  205  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.399225 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3635  peptidoglycan glycosyltransferase  28.84 
 
 
729 aa  205  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.707022 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3095  Peptidoglycan glycosyltransferase  28.12 
 
 
595 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1036  peptidoglycan glycosyltransferase  28.6 
 
 
675 aa  204  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3742  stage V sporulation protein D  30.88 
 
 
638 aa  204  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1464  peptidoglycan glycosyltransferase  28.9 
 
 
582 aa  204  5e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.923848  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4378  peptidoglycan glycosyltransferase  30.67 
 
 
618 aa  203  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3766  sporulation specific penicillin-binding protein  30.47 
 
 
638 aa  203  7e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>