More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4008 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4008  hypothetical protein  100 
 
 		 335 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.829805  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3355  hypothetical protein  62.16 
 
 		 337 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00368888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2035  hypothetical protein  67.46 
 
 		 334 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.553728 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3356  hypothetical protein  61.02 
 
 		 328 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.135205  hitchhiker  0.00401595 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1498  hypothetical protein  56.16 
 
 		 351 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3797  hypothetical protein  56.15 
 
 		 315 aa  348  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3267  hypothetical protein  55.83 
 
 		 328 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.405324 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0552  hypothetical protein  51.86 
 
 		 332 aa  330  2e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1624  hypothetical protein  52.03 
 
 		 331 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1697  hypothetical protein  52.03 
 
 		 331 aa  326  3e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2249  hypothetical protein  52.7 
 
 		 331 aa  322  5e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3851  hypothetical protein  50 
 
 		 352 aa  292  6e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1516  hypothetical protein  46.94 
 
 		 323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1320  hypothetical protein  46.94 
 
 		 323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal  0.337446 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0579  hypothetical protein  41.84 
 
 		 330 aa  262  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2138  hypothetical protein  43.62 
 
 		 331 aa  259  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.104945  decreased coverage  0.00594387 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3900  extra-cytoplasmic solute receptor  42.18 
 
 		 398 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.264332  normal  0.374616 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1244  hypothetical protein  42.86 
 
 		 330 aa  257  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.275742  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1330  hypothetical protein  44.56 
 
 		 328 aa  253  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4104  hypothetical protein  44.56 
 
 		 325 aa  252  8.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.513428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0115  hypothetical protein  39.66 
 
 		 335 aa  249  6e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.370387 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4800  hypothetical protein  42.09 
 
 		 358 aa  248  8e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.308675  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2566  hypothetical protein  41.5 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.270371  normal  0.120506 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3168  hypothetical protein  44.56 
 
 		 327 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.398802  normal  0.905339 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3459  hypothetical protein  43.88 
 
 		 327 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0172723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0133  hypothetical protein  39.66 
 
 		 335 aa  242  5e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4457  hypothetical protein  39.38 
 
 		 323 aa  242  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0502897  normal  0.32716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0201  hypothetical protein  39.32 
 
 		 335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3423  hypothetical protein  43.24 
 
 		 325 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124175  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2029  hypothetical protein  40.68 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4404  hypothetical protein  43.05 
 
 		 324 aa  238  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241057  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3442  hypothetical protein  40.94 
 
 		 324 aa  235  8e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0502272 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0130  hypothetical protein  40.74 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.090251 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0166  hypothetical protein  39.39 
 
 		 328 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0970  hypothetical protein  40.56 
 
 		 337 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0597  hypothetical protein  39.74 
 
 		 328 aa  228  9e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3614  hypothetical protein  39.74 
 
 		 329 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.200616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5015  hypothetical protein  37.58 
 
 		 324 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.525082  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4597  hypothetical protein  40.41 
 
 		 329 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.658248 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6193  hypothetical protein  40.91 
 
 		 328 aa  226  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.943735  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1645  hypothetical protein  40.07 
 
 		 325 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0780  hypothetical protein  38.41 
 
 		 330 aa  219  5e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  39.66 
 
 		 331 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  37.07 
 
 		 339 aa  217  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3143  hypothetical protein  40.6 
 
 		 323 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.618772  hitchhiker  0.000811526 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  37.5 
 
 		 328 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  36.15 
 
 		 333 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  39 
 
 		 326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  37.76 
 
 		 328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3721  extra-cytoplasmic solute receptor  37.07 
 
 		 345 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.31096 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  36.81 
 
 		 327 aa  212  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  36.7 
 
 		 328 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  34.92 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  34.92 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  36.7 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  35.79 
 
 		 335 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  37.37 
 
 		 344 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3558  hypothetical protein  37.67 
 
 		 327 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1607  hypothetical protein  37.07 
 
 		 333 aa  209  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  38.67 
 
 		 358 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2796  hypothetical protein  38.85 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.309219  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0488  hypothetical protein  36.12 
 
 		 328 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  35.56 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  37.76 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3789  extra-cytoplasmic solute receptor  38.87 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  38.78 
 
 		 324 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1152  hypothetical protein  36.67 
 
 		 329 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2106  hypothetical protein  39.39 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4458  hypothetical protein  37.29 
 
 		 332 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.60746  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3530  hypothetical protein  35.2 
 
 		 331 aa  206  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175021  hitchhiker  0.00737093 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0709  hypothetical protein  36.49 
 
 		 328 aa  206  7e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.802476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1438  hypothetical protein  37.63 
 
 		 330 aa  205  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  38.64 
 
 		 327 aa  205  9e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0801  hypothetical protein  38.78 
 
 		 323 aa  205  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  37.16 
 
 		 330 aa  205  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5709  hypothetical protein  35.4 
 
 		 327 aa  205  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.21123  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0080  hypothetical protein  37.63 
 
 		 343 aa  204  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.141434 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  37.07 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4073  extra-cytoplasmic solute receptor  36.7 
 
 		 332 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000509768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  34.69 
 
 		 331 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  37.41 
 
 		 698 aa  203  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0463  hypothetical protein  34.78 
 
 		 329 aa  203  4e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.474593  normal  0.230992 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2597  hypothetical protein  36.63 
 
 		 331 aa  203  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0909173  normal  0.221055 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2898  hypothetical protein  37.58 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000220815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0454  hypothetical protein  34.78 
 
 		 329 aa  202  5e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.746083  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4972  hypothetical protein  37.76 
 
 		 328 aa  202  7e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345918  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3508  hypothetical protein  35.51 
 
 		 320 aa  202  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2092  twin-arginine translocation pathway signal  36.45 
 
 		 331 aa  202  9e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.061194  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0646  hypothetical protein  36.14 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  34.24 
 
 		 325 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  35.25 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3883  hypothetical protein  36.33 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2753  hypothetical protein  36.36 
 
 		 327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0378897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  34.7 
 
 		 318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3250  hypothetical protein  36.82 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.268792 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3265  hypothetical protein  35.93 
 
 		 323 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  38.26 
 
 		 328 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3671  extra-cytoplasmic solute receptor  35.12 
 
 		 334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  37.46 
 
 		 349 aa  199  5e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0060  hypothetical protein  35.81 
 
 		 322 aa  199  7e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>