More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3962 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1467  dihydroxy-acid dehydratase  67.46 
 
 		 593 aa  803    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.454096  normal  0.61506 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07358  hypothetical dihydroxy-acid dehydratase (Eurofung)  64.7 
 
 		 651 aa  802    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.259255 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2457  dihydroxy-acid dehydratase  65.21 
 
 		 593 aa  791    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000103031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3551  dihydroxy-acid dehydratase  87.67 
 
 		 607 aa  1096    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.347944  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0940  dihydroxy-acid dehydratase  75.34 
 
 		 601 aa  932    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0234508  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04770  dihydroxy-acid dehydratase, putative  64.09 
 
 		 636 aa  770    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3617  dihydroxy-acid dehydratase  68.82 
 
 		 599 aa  811    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.886843 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0087  dihydroxy-acid dehydratase  70.52 
 
 		 593 aa  862    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3116  dihydroxy-acid dehydratase  66.95 
 
 		 595 aa  831    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0176  dihydroxy-acid dehydratase  66.67 
 
 		 593 aa  802    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3962  dihydroxy-acid dehydratase  100 
 
 		 602 aa  1240    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4003  dihydroxy-acid dehydratase  63.82 
 
 		 597 aa  796    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1421  dihydroxy-acid dehydratase  76.14 
 
 		 601 aa  933    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2095  dihydroxy-acid dehydratase  92.03 
 
 		 602 aa  1149    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00682042 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0987  dihydroxy-acid dehydratase  66.05 
 
 		 617 aa  793    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.076567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6168  dihydroxy-acid dehydratase  67.28 
 
 		 598 aa  831    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.017336 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3648  dihydroxy-acid dehydratase  88.51 
 
 		 599 aa  1102    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.458648 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0882  dihydroxy-acid dehydratase  75.67 
 
 		 601 aa  936    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1359  dihydroxy-acid dehydratase  67 
 
 		 594 aa  843    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188319  normal  0.638946 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2488  dihydroxy-acid dehydratase  65.6 
 
 		 592 aa  799    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3324  dihydroxy-acid dehydratase  92.36 
 
 		 602 aa  1158    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1145  dihydroxy-acid dehydratase  68.07 
 
 		 600 aa  852    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4194  dihydroxy-acid dehydratase  67.51 
 
 		 594 aa  811    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1998  dihydroxy-acid dehydratase  80.03 
 
 		 604 aa  974    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.701695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4082  dihydroxy-acid dehydratase  67.51 
 
 		 594 aa  811    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6461  dihydroxy-acid dehydratase  67.73 
 
 		 593 aa  838    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.319967  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6403  dihydroxy-acid dehydratase  67.28 
 
 		 595 aa  847    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4493  dihydroxy-acid dehydratase  63.85 
 
 		 586 aa  766    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2875  dihydroxy-acid dehydratase  77.5 
 
 		 599 aa  944    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.284792  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1326  dihydroxy-acid dehydratase  72.3 
 
 		 599 aa  867    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0214365  normal  0.115869 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1675  dihydroxy-acid dehydratase  74.42 
 
 		 603 aa  908    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.75973  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3613  dihydroxy-acid dehydratase  73.7 
 
 		 600 aa  900    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.772791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4584  dihydroxy-acid dehydratase  67.06 
 
 		 593 aa  802    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6696  dihydroxy-acid dehydratase  67.73 
 
 		 593 aa  838    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3694  dihydroxy-acid dehydratase  66.61 
 
 		 598 aa  842    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1810  dihydroxy-acid dehydratase  66.5 
 
 		 593 aa  799    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.360755 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6298  dihydroxy-acid dehydratase  67.56 
 
 		 593 aa  837    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3350  dihydroxy-acid dehydratase  64.21 
 
 		 594 aa  784    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907345  hitchhiker  0.00746579 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2904  dihydroxy-acid dehydratase  73.73 
 
 		 601 aa  849    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.795928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0861  dihydroxy-acid dehydratase  64.08 
 
 		 594 aa  803    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.159597 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0754  dihydroxy-acid dehydratase  63.18 
 
 		 593 aa  759    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4905  dihydroxy-acid dehydratase  74.09 
 
 		 603 aa  901    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.751996  hitchhiker  0.00289636 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0940  dihydroxy-acid dehydratase  65.82 
 
 		 592 aa  799    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3093  dihydroxy-acid dehydratase  63.88 
 
 		 594 aa  780    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0227397 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4105  dihydroxy-acid dehydratase  47.57 
 
 		 586 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000339797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49250  dihydroxy-acid dehydratase  46.64 
 
 		 578 aa  482  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4479  dihydroxy-acid dehydratase  46.5 
 
 		 577 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.261735  unclonable  0.00000211782 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1995  dihydroxy-acid dehydratase  46.17 
 
 		 577 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308211  normal  0.747676 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4478  dihydroxy-acid dehydratase  47.51 
 
 		 581 aa  480  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.724246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3963  dihydroxy-acid dehydratase  45.55 
 
 		 577 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3451  dihydroxy-acid dehydratase  45.85 
 
 		 570 aa  478  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0456  dihydroxy-acid dehydratase  46.31 
 
 		 579 aa  478  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0842  dihydroxy-acid dehydratase  46.13 
 
 		 581 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569101  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2062  dihydroxy-acid dehydratase  45.91 
 
 		 577 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000158328  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3227  dihydroxy-acid dehydratase  45.97 
 
 		 578 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.473897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1983  dihydroxy-acid dehydratase  47.05 
 
 		 577 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000233691  normal  0.0422763 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1991  dihydroxy-acid dehydratase  47.05 
 
 		 577 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0134932  unclonable  0.0000282177 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3909  dihydroxy-acid dehydratase  44.79 
 
 		 569 aa  468  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.505507  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1051  dihydroxy-acid dehydratase  45.23 
 
 		 583 aa  467  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2144  dihydroxy-acid dehydratase  45.39 
 
 		 577 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00293618  normal  0.802543 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2070  dihydroxy-acid dehydratase  46.68 
 
 		 586 aa  463  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000109007  hitchhiker  0.0000050577 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4246  dihydroxy-acid dehydratase  45.75 
 
 		 582 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.704595 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2909  dihydroxy-acid dehydratase  45.16 
 
 		 579 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3005  dihydroxy-acid dehydratase  45.73 
 
 		 578 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2595  dihydroxy-acid dehydratase  45.73 
 
 		 578 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3170  dihydroxy-acid dehydratase  44.81 
 
 		 579 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3772  dihydroxy-acid dehydratase, putative  44.74 
 
 		 580 aa  455  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.204786  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1708  dihydroxy-acid dehydratase  44.91 
 
 		 580 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.343576 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3202  dihydroxy-acid dehydratase  45.41 
 
 		 583 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.165814 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4585  dihydroxy-acid dehydratase  45.07 
 
 		 583 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00139321 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1142  dihydroxy-acid dehydratase  44.71 
 
 		 581 aa  456  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4215  dihydroxy-acid dehydratase  44.41 
 
 		 580 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.64041 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3803  dihydroxy-acid dehydratase  44.04 
 
 		 580 aa  458  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.945237 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2248  dihydroxy-acid dehydratase  46.5 
 
 		 577 aa  458  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0766629  hitchhiker  0.00000565085 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5215  dihydroxy-acid dehydratase  44.9 
 
 		 583 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4925  dihydroxy-acid dehydratase  45.06 
 
 		 583 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.119091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5644  dihydroxy-acid dehydratase  44.9 
 
 		 583 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0213778  normal  0.124496 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5480  dihydroxy-acid dehydratase  45.06 
 
 		 583 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0215246 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2666  dihydroxy-acid dehydratase  44.26 
 
 		 579 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.37627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3081  dihydroxy-acid dehydratase  45.33 
 
 		 578 aa  451  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.126248 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0041  dihydroxy-acid dehydratase  44.89 
 
 		 583 aa  450  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6714  dihydroxy-acid dehydratase  44.17 
 
 		 577 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.790369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1632  dihydroxy-acid dehydratase  44.54 
 
 		 583 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.66884  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1022  dihydroxy-acid dehydratase  44.69 
 
 		 600 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2132  dihydroxy-acid dehydratase  44.7 
 
 		 578 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1829  Dihydroxy-acid dehydratase  44.05 
 
 		 568 aa  445  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.609352 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0740  dihydroxy-acid dehydratase  45.18 
 
 		 577 aa  444  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3689  dihydroxy-acid dehydratase  44.06 
 
 		 578 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4563  Dihydroxy-acid dehydratase  45.44 
 
 		 572 aa  435  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3532  dihydroxy-acid dehydratase  45.09 
 
 		 579 aa  433  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.172057 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0434  dihydroxy-acid dehydratase  43.45 
 
 		 574 aa  425  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.325257  normal  0.619807 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2315  Dihydroxy-acid dehydratase  42.51 
 
 		 570 aa  424  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.123092  normal  0.14422 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2442  Dihydroxy-acid dehydratase  44.44 
 
 		 569 aa  424  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1244  dihydroxy-acid dehydratase  46.75 
 
 		 569 aa  416  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.973257  normal  0.411371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3540  dihydroxy-acid dehydratase  42.78 
 
 		 569 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3487  dihydroxy-acid dehydratase  45.45 
 
 		 571 aa  411  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.87746 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4447  dihydroxy-acid dehydratase  40.27 
 
 		 586 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1288  dihydroxy-acid dehydratase  42.99 
 
 		 578 aa  402  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0135195 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4589  dihydroxy-acid dehydratase  40.55 
 
 		 579 aa  399  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0196  Dihydroxy-acid dehydratase  43.43 
 
 		 575 aa  395  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>