More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3816 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3816  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
257 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.971563  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0646  alpha/beta hydrolase fold protein  53.91 
 
 
265 aa  271  9e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2868  alpha/beta hydrolase fold protein  53.49 
 
 
265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0147271  normal  0.0470272 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5901  alpha/beta hydrolase fold protein  45.82 
 
 
273 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3496  alpha/beta hydrolase fold protein  34.24 
 
 
267 aa  131  9e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.094698 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4750  alpha/beta hydrolase fold protein  31.89 
 
 
268 aa  122  7e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0581  alpha/beta hydrolase fold protein  29.5 
 
 
275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1010  alpha/beta hydrolase fold protein  32.03 
 
 
257 aa  112  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0862  alpha/beta hydrolase fold protein  36.63 
 
 
298 aa  105  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4600  alpha/beta hydrolase fold protein  31.28 
 
 
286 aa  99  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.413191  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3024  alpha/beta hydrolase fold protein  29.46 
 
 
273 aa  97.1  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  hitchhiker  0.00214769 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0847  alpha/beta hydrolase fold protein  29.62 
 
 
404 aa  94.7  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.135304  normal  0.159023 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2945  alpha/beta hydrolase fold  29.62 
 
 
290 aa  91.3  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0379  alpha/beta hydrolase fold protein  30.47 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.158315  decreased coverage  0.007429 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3372  alpha/beta hydrolase fold protein  28.52 
 
 
287 aa  83.2  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000420005  normal  0.0275463 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3664  alpha/beta hydrolase fold protein  27.51 
 
 
350 aa  71.6  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  44.21 
 
 
370 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.82 
 
 
372 aa  70.1  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2479  alpha/beta hydrolase fold  37.89 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1353  alpha/beta hydrolase fold  28.04 
 
 
339 aa  69.7  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.687878  normal  0.202512 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12729  hydrolase  25.37 
 
 
341 aa  68.6  0.00000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5552  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.71 
 
 
370 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.077135  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3452  alpha/beta hydrolase fold  22.98 
 
 
311 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.156566  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0993  alpha/beta hydrolase fold  28.06 
 
 
345 aa  66.2  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87511  unclonable  0.000000000579867 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  29 
 
 
315 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1402  alpha/beta hydrolase fold protein  26.36 
 
 
298 aa  65.5  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0653602  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4681  alpha/beta hydrolase fold protein  25.57 
 
 
333 aa  65.5  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  24.71 
 
 
287 aa  65.1  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3235  alpha/beta hydrolase fold  23.25 
 
 
316 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.423188  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0174  cyclic nucleotide-binding protein  26.24 
 
 
456 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000271627  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3515  alpha/beta hydrolase fold protein  25.37 
 
 
293 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  25.27 
 
 
314 aa  64.3  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0415  alpha/beta hydrolase fold protein  20.45 
 
 
253 aa  63.5  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1620  alpha/beta hydrolase fold  27.44 
 
 
303 aa  63.2  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4115  alpha/beta hydrolase fold  39.36 
 
 
280 aa  62.8  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1824  alpha/beta hydrolase fold protein  26.64 
 
 
309 aa  62  0.000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1079  alpha/beta hydrolase fold  24.05 
 
 
283 aa  62  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.622662  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6084  hydrolase  36.05 
 
 
278 aa  62  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.83 
 
 
371 aa  61.6  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.04 
 
 
370 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0396  alpha/beta hydrolase fold protein  40.86 
 
 
255 aa  61.2  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.075233 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  25.91 
 
 
316 aa  60.8  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0475  alpha/beta hydrolase fold protein  25.49 
 
 
290 aa  60.5  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  26.47 
 
 
265 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3655  alpha/beta hydrolase fold  25.09 
 
 
312 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1770  alpha/beta hydrolase fold  23.57 
 
 
323 aa  60.1  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00973065  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5227  alpha/beta hydrolase fold protein  31.07 
 
 
233 aa  60.1  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.968895  normal  0.10834 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1586  alpha/beta hydrolase fold  26.19 
 
 
252 aa  60.1  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.869545 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1459  alpha/beta hydrolase fold  24.9 
 
 
276 aa  60.1  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2613  alpha/beta hydrolase  27.27 
 
 
270 aa  59.7  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.101876  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  37.93 
 
 
370 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4089  hydrolase, alpha/beta fold family  34.41 
 
 
262 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.05653  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0314  alpha/beta hydrolase fold  26.54 
 
 
303 aa  59.3  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000332733  normal  0.010488 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1778  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
366 aa  59.3  0.00000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0401666  normal  0.253947 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3504  magnesium-chelatase 30 kDa subunit  37.37 
 
 
302 aa  59.3  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.477882 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3012  alpha/beta hydrolase fold protein  23.85 
 
 
257 aa  58.9  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  40.22 
 
 
370 aa  58.9  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  35.56 
 
 
371 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  35.96 
 
 
371 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  38.37 
 
 
368 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4433  alpha/beta hydrolase fold  36.46 
 
 
275 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2054  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
252 aa  58.2  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0866141  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  36.78 
 
 
370 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0350  alpha/beta hydrolase fold protein  27.88 
 
 
308 aa  58.5  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.931364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  38.37 
 
 
368 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3000  alpha/beta hydrolase fold  24.6 
 
 
253 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4206  alpha/beta hydrolase fold  36.46 
 
 
275 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.381827  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3406  alpha/beta fold family hydrolase  23.35 
 
 
257 aa  58.2  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.470635 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  38.37 
 
 
368 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3291  alpha/beta hydrolase fold protein  25 
 
 
296 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4272  alpha/beta hydrolase fold  36.46 
 
 
275 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.328456  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1310  alpha/beta hydrolase fold protein  25.1 
 
 
301 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1287  alpha/beta hydrolase fold protein  35.71 
 
 
255 aa  57.8  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00130508  normal  0.0205637 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  37.89 
 
 
370 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0558  alpha/beta hydrolase fold  26.42 
 
 
338 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1935  alpha/beta hydrolase  36.46 
 
 
268 aa  57.8  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  34.44 
 
 
371 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2097  alpha/beta hydrolase fold  29.62 
 
 
281 aa  57.4  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.421865  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0074  alpha/beta hydrolase fold  23.4 
 
 
275 aa  57.4  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0732  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  31.91 
 
 
346 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1168  alpha/beta hydrolase fold protein  38.64 
 
 
271 aa  57.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.375352  normal  0.0130652 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  34.44 
 
 
371 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  36.17 
 
 
299 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1260  alpha/beta hydrolase fold  23.36 
 
 
304 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.0170464 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0225  alpha/beta hydrolase fold  33.72 
 
 
260 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4279  alpha/beta hydrolase fold  22.62 
 
 
290 aa  57  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0429244  normal  0.222336 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1078  alpha/beta hydrolase fold protein  21.46 
 
 
253 aa  56.6  0.0000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  34.04 
 
 
372 aa  56.6  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5584  alpha/beta hydrolase fold  39.08 
 
 
281 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.554679  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  25.77 
 
 
295 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2122  alpha/beta hydrolase fold  23.28 
 
 
249 aa  56.6  0.0000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.237751 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2696  alpha/beta hydrolase fold  33.05 
 
 
312 aa  56.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1786  cyclic nucleotide-binding protein  29.07 
 
 
462 aa  56.2  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355982 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2404  alpha/beta hydrolase fold  34.83 
 
 
301 aa  56.2  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367269 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0820  alpha/beta hydrolase fold protein  31.2 
 
 
255 aa  56.2  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2333  alpha/beta fold family hydrolase  35.51 
 
 
280 aa  55.8  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6445  alpha/beta hydrolase fold protein  36.36 
 
 
340 aa  55.8  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.668195  normal  0.673954 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5337  alpha/beta hydrolase fold protein  31.68 
 
 
264 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0345321  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1720  thioesterase, menaquinone synthesis protein  39.53 
 
 
265 aa  55.8  0.0000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.48 
 
 
374 aa  55.5  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>