More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3005 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3005  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 		 160 aa  321  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2635  transcriptional regulator NrdR  94.38 
 
 		 160 aa  303  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.436717  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2672  transcriptional regulator NrdR  93.12 
 
 		 160 aa  298  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0812854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1815  transcriptional regulator NrdR  88.75 
 
 		 160 aa  286  7e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4648  transcriptional regulator NrdR  90.06 
 
 		 161 aa  286  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.183456 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1726  transcriptional regulator NrdR  88.12 
 
 		 160 aa  286  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.222643  normal  0.114234 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2660  transcriptional regulator NrdR  87.42 
 
 		 161 aa  282  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.258967  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4277  ATP-cone domain-containing protein  70.44 
 
 		 182 aa  232  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497117  normal  0.0160175 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3169  transcriptional regulator NrdR  69.43 
 
 		 185 aa  228  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.129734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3493  transcriptional regulator NrdR  71.81 
 
 		 185 aa  228  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.466621  normal  0.949601 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3364  transcriptional regulator NrdR  71.81 
 
 		 185 aa  228  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.864476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2909  ATP-cone domain-containing protein  75.68 
 
 		 162 aa  226  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000766609  hitchhiker  0.00220576 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3103  transcriptional regulator NrdR  71.14 
 
 		 186 aa  225  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00872195  normal  0.010624 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2109  ATP-cone domain protein  69.68 
 
 		 176 aa  222  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5296  transcriptional regulator NrdR  68.42 
 
 		 193 aa  223  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3957  ATP-cone domain-containing protein  69.59 
 
 		 177 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0864731 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1135  transcriptional regulator NrdR  70.39 
 
 		 154 aa  216  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516313  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0766  transcriptional regulator NrdR  66.89 
 
 		 158 aa  210  4.9999999999999996e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0759  transcriptional regulator NrdR  66.89 
 
 		 158 aa  210  4.9999999999999996e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2529  transcriptional regulator NrdR  66.22 
 
 		 158 aa  208  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0537327  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3046  transcriptional regulator NrdR  64.05 
 
 		 157 aa  206  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.212603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0817  transcriptional regulator NrdR  66.22 
 
 		 157 aa  204  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218804  normal  0.43356 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2122  transcriptional regulator NrdR  68.03 
 
 		 151 aa  204  6e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1612  transcriptional regulator NrdR  66.22 
 
 		 158 aa  202  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1826  transcriptional regulator NrdR  65.54 
 
 		 152 aa  200  6e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0898017  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1178  transcriptional regulator NrdR  64.86 
 
 		 158 aa  200  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.082767  normal  0.171861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1267  transcriptional regulator NrdR  64.86 
 
 		 158 aa  200  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0102239  normal  0.204854 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2136  transcriptional regulator NrdR  65.99 
 
 		 155 aa  198  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.826839  normal  0.972579 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0630  transcriptional regulator NrdR  62.67 
 
 		 160 aa  198  3e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.189278  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2257  transcriptional regulator NrdR  62.59 
 
 		 155 aa  192  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.382244 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3422  transcriptional regulator NrdR  62.59 
 
 		 156 aa  191  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.195421  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1562  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 154 aa  191  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.000599658  normal  0.0421133 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0843  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 155 aa  190  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.918743 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0394  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 155 aa  190  8e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.379881  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2047  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 155 aa  190  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.798764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0789  transcriptional regulator NrdR  63.12 
 
 		 155 aa  190  8e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0165247  normal  0.0364138 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3535  transcriptional regulator NrdR  63.89 
 
 		 178 aa  189  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1132  transcriptional regulator NrdR  58.39 
 
 		 154 aa  189  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.26106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1536  ribonucleotide reductase regulator NrdR-like protein  61.43 
 
 		 161 aa  188  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000992096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2242  transcriptional regulator NrdR  60.99 
 
 		 159 aa  182  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.279557  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0125  transcriptional regulator NrdR  50.67 
 
 		 153 aa  167  4e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.69395  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0185  transcriptional regulator NrdR  51.33 
 
 		 153 aa  161  3e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0352  transcriptional regulator NrdR  47.97 
 
 		 149 aa  155  2e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.57197  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2835  transcriptional regulator NrdR  49.67 
 
 		 155 aa  150  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0802183  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2927  transcriptional regulator NrdR  49.67 
 
 		 155 aa  150  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1003  transcriptional regulator NrdR  49.02 
 
 		 156 aa  150  5.9999999999999996e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000818068  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2743  transcriptional regulator NrdR  49.67 
 
 		 156 aa  150  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09190  ATP-cone domain protein  49.01 
 
 		 151 aa  149  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000241232  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0280  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 148 aa  148  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1244  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 154 aa  148  3e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000621144  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2665  transcriptional regulator NrdR  51.7 
 
 		 153 aa  147  6e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00143728  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1608  ATP-cone domain protein  48.61 
 
 		 148 aa  146  1.0000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000998314  hitchhiker  0.000000000000175991 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4090  ATP-cone domain protein  52.14 
 
 		 154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0793  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2448  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 164 aa  145  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0789  transcriptional regulator NrdR  46.1 
 
 		 154 aa  145  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861935  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2732  transcriptional regulator NrdR  48.34 
 
 		 162 aa  144  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0949  hypothetical protein  49.66 
 
 		 150 aa  144  5e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000456921  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2681  transcriptional regulator NrdR  48.65 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2074  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3248  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0835  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3233  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464565  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2669  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3195  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1941  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 159 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0921  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 149 aa  142  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1697  transcriptional regulator NrdR  46 
 
 		 150 aa  143  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0578  transcriptional regulator NrdR  50.71 
 
 		 157 aa  142  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004266  ribonucleotide reductase transcriptional regulator NrdR  50.71 
 
 		 149 aa  143  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000298691  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1579  transcriptional regulator NrdR  50.71 
 
 		 157 aa  142  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000136219  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0604  transcriptional regulator NrdR  47.97 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3913  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 160 aa  142  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275077  normal  0.0858388 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1418  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000085641  hitchhiker  0.00000000000128798 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2033  transcriptional regulator NrdR  50.75 
 
 		 150 aa  141  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3896  transcriptional regulator NrdR  49.68 
 
 		 159 aa  141  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0721  transcriptional regulator NrdR  45.95 
 
 		 154 aa  141  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.121751 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0677  transcriptional regulator NrdR  45.95 
 
 		 154 aa  141  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.726709  normal  0.692453 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1156  transcriptional regulator NrdR  47.37 
 
 		 153 aa  141  5e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2580  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 159 aa  140  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0807  transcriptional regulator NrdR  49.68 
 
 		 159 aa  140  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102565  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0776  transcriptional regulator NrdR  49.68 
 
 		 159 aa  140  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.327359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2386  transcriptional regulator NrdR  49.34 
 
 		 153 aa  140  6e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000689968 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0701  transcriptional regulator NrdR  51.7 
 
 		 159 aa  140  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0684  transcriptional regulator NrdR  51.7 
 
 		 159 aa  140  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.701389  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0177  ATP-cone domain-containing protein  44.08 
 
 		 152 aa  140  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0728  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 		 149 aa  140  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.443303 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1549  ATP-cone domain protein  49.67 
 
 		 163 aa  140  8e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000415369  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0794  transcriptional regulator NrdR  46.31 
 
 		 148 aa  140  8e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.610189  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0308  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 148 aa  140  9e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.816835  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06700  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 154 aa  139  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1444  transcriptional regulator NrdR  48 
 
 		 157 aa  140  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4247  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.372453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1380  transcriptional regulator NrdR  51.02 
 
 		 159 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2184  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 150 aa  139  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132804  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3025  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304834  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2045  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 149 aa  138  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0709551  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1659  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 149 aa  138  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0356  transcriptional regulator NrdR  45.27 
 
 		 159 aa  139  1.9999999999999998e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000016324  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1225  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.123121 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>