271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2962 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2962  large-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 
159 aa  320  7e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2641  large-conductance mechanosensitive channel  75.89 
 
 
143 aa  226  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00276841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1928  large-conductance mechanosensitive channel  73.53 
 
 
139 aa  211  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.425698 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2603  large-conductance mechanosensitive channel  75.18 
 
 
143 aa  207  5e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.240683  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4693  large-conductance mechanosensitive channel  75.91 
 
 
138 aa  206  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0941617 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2630  large conductance mechanosensitive channel protein  74.26 
 
 
138 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425108  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2261  large-conductance mechanosensitive channel  76.47 
 
 
139 aa  206  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0055  large conductance mechanosensitive channel protein  69.34 
 
 
140 aa  193  8.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.153997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0089  large conductance mechanosensitive channel protein  58.39 
 
 
142 aa  175  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3208  large conductance mechanosensitive channel protein  61.31 
 
 
141 aa  168  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0654251  normal  0.948556 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2607  large conductance mechanosensitive channel protein  62.5 
 
 
142 aa  159  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  0.681771 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0410  large-conductance mechanosensitive channel  59.85 
 
 
137 aa  159  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0253  large-conductance mechanosensitive channel  57.55 
 
 
145 aa  156  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410741  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0318  large-conductance mechanosensitive channel  58.39 
 
 
138 aa  155  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384644  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1030  large conductance mechanosensitive channel protein  60.29 
 
 
139 aa  155  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184236  normal  0.070135 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2802  large conductance mechanosensitive channel protein  61.03 
 
 
141 aa  155  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0334  large-conductance mechanosensitive channel  57.66 
 
 
138 aa  155  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0803754  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2579  large conductance mechanosensitive channel protein  61.03 
 
 
141 aa  155  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6045  large conductance mechanosensitive channel protein  53.68 
 
 
163 aa  154  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0292  large-conductance mechanosensitive channel  55.56 
 
 
138 aa  149  2e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0225  large-conductance mechanosensitive channel  56.12 
 
 
145 aa  147  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0929  large-conductance mechanosensitive channel  58.99 
 
 
140 aa  147  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0848  large-conductance mechanosensitive channel  56.93 
 
 
137 aa  147  7e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231503  normal  0.69291 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0622  large conductance mechanosensitive channel protein  58.4 
 
 
144 aa  147  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0820  large-conductance mechanosensitive channel  54.61 
 
 
151 aa  144  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.577469  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0166  large-conductance mechanosensitive channel  53.52 
 
 
142 aa  144  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.3696  normal  0.313526 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3652  large-conductance mechanosensitive channel  51.09 
 
 
134 aa  142  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.326365 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2379  large-conductance mechanosensitive channel  53.15 
 
 
146 aa  137  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.567154 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41090  large-conductance mechanosensitive channel  50.74 
 
 
136 aa  136  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.629414  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0724  large-conductance mechanosensitive channel  52.45 
 
 
146 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3231  large-conductance mechanosensitive channel  51.8 
 
 
144 aa  135  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4276  large-conductance mechanosensitive channel  48.61 
 
 
148 aa  134  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.348387  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2443  large-conductance mechanosensitive channel  52.41 
 
 
146 aa  134  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.954561  normal  0.582665 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1381  large conductance mechanosensitive channel protein  45.99 
 
 
132 aa  134  7.000000000000001e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61050  large-conductance mechanosensitive channel  50.74 
 
 
137 aa  133  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4887  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
154 aa  133  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5255  large-conductance mechanosensitive channel  50.74 
 
 
137 aa  133  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.861371  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0941  large conductance mechanosensitive channel protein  51.43 
 
 
137 aa  133  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.954406  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1538  large conductance mechanosensitive channel protein  49.64 
 
 
143 aa  132  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.580363  normal  0.302083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0712  large-conductance mechanosensitive channel  51.05 
 
 
142 aa  133  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.23692 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4641  large conductance mechanosensitive channel protein  47.92 
 
 
148 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2963  large conductance mechanosensitive channel protein  52.86 
 
 
142 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3207  large-conductance mechanosensitive channel  51.41 
 
 
142 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3339  large-conductance mechanosensitive channel  48.53 
 
 
136 aa  132  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0611  large-conductance mechanosensitive channel  48.91 
 
 
137 aa  131  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0263138  normal  0.217178 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3886  large-conductance mechanosensitive channel  48.91 
 
 
137 aa  131  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00283568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0312  large-conductance mechanosensitive channel  49.26 
 
 
134 aa  131  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929299  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3793  large-conductance mechanosensitive channel  46.72 
 
 
137 aa  130  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.832034  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3722  large-conductance mechanosensitive channel  46.72 
 
 
137 aa  130  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.459106  hitchhiker  0.00604869 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4645  large-conductance mechanosensitive channel  48.53 
 
 
139 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0554  large-conductance mechanosensitive channel  48.18 
 
 
136 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000110723  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4639  large-conductance mechanosensitive channel  47.79 
 
 
139 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1187  large conductance mechanosensitive channel protein  50 
 
 
143 aa  129  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0521  large-conductance mechanosensitive channel  47.06 
 
 
136 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3511  large-conductance mechanosensitive channel  47.06 
 
 
136 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0520  large-conductance mechanosensitive channel  47.06 
 
 
136 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4507  large-conductance mechanosensitive channel  48.53 
 
 
139 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03141  large-conductance mechanosensitive channel  48.91 
 
 
136 aa  128  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0423  large conductance mechanosensitive channel protein  48.91 
 
 
136 aa  128  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2930  large-conductance mechanosensitive channel  49.64 
 
 
141 aa  128  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3972  large-conductance mechanosensitive channel  46.32 
 
 
137 aa  128  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0532201  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3774  large-conductance mechanosensitive channel  48.91 
 
 
136 aa  128  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0382022  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4613  large-conductance mechanosensitive channel  48.91 
 
 
136 aa  128  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000924287  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0423  large-conductance mechanosensitive channel  48.91 
 
 
136 aa  128  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465174  hitchhiker  0.0000168159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3484  large-conductance mechanosensitive channel  48.91 
 
 
136 aa  128  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.175922  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3586  large-conductance mechanosensitive channel  48.91 
 
 
136 aa  128  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.515412  normal  0.131611 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2860  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
142 aa  128  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.219386 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03092  hypothetical protein  48.91 
 
 
136 aa  128  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0352  large conductance mechanosensitive channel protein  47.45 
 
 
141 aa  128  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.559193  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0435  large conductance mechanosensitive channel protein  45.99 
 
 
135 aa  127  7.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0457  large-conductance mechanosensitive channel  45.95 
 
 
163 aa  127  9.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3677  large-conductance mechanosensitive channel  48.18 
 
 
136 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5504  large-conductance mechanosensitive channel  51.06 
 
 
142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.215904 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0037  large-conductance mechanosensitive channel  49.64 
 
 
131 aa  126  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1626  large conductance mechanosensitive channel protein  48.18 
 
 
134 aa  126  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000392194  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0712  large-conductance mechanosensitive channel  49.64 
 
 
142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.268263  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0751  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
142 aa  125  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0788  large-conductance mechanosensitive channel  50 
 
 
142 aa  125  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.112062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0522  large-conductance mechanosensitive channel  45.59 
 
 
136 aa  124  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3971  large-conductance mechanosensitive channel  45.59 
 
 
136 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3333  large-conductance mechanosensitive channel  47.48 
 
 
141 aa  124  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.662595  hitchhiker  0.000286923 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3789  large-conductance mechanosensitive channel  45.59 
 
 
136 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3845  large-conductance mechanosensitive channel  45.59 
 
 
136 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0480  large-conductance mechanosensitive channel  45.59 
 
 
136 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3672  large conductance mechanosensitive channel protein  49.64 
 
 
140 aa  124  7e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2455  large-conductance mechanosensitive channel  53.62 
 
 
141 aa  123  8.000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0437  large-conductance mechanosensitive channel  47.1 
 
 
133 aa  123  8.000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000628379  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3527  large conductance mechanosensitive channel protein  46.32 
 
 
143 aa  123  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1285  large-conductance mechanosensitive channel  46.43 
 
 
131 aa  123  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000347005  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3746  large conductance mechanosensitive channel protein  48.91 
 
 
140 aa  122  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2428  large conductance mechanosensitive channel protein  51.8 
 
 
142 aa  122  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0880  large-conductance mechanosensitive channel  45.7 
 
 
155 aa  121  5e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0911634  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0647  large conductance mechanosensitive channel protein  48.57 
 
 
144 aa  121  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.409185  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1242  large conductance mechanosensitive channel protein  47.79 
 
 
134 aa  120  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335343  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3094  large-conductance mechanosensitive channel  51.08 
 
 
144 aa  120  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.350384  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1961  mechanosensitive channel  49.29 
 
 
141 aa  120  6e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.171648 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1343  large conductance mechanosensitive channel protein  51.35 
 
 
152 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.954232  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3697  large-conductance mechanosensitive channel  52.14 
 
 
143 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2265  large conductance mechanosensitive channel protein  47.89 
 
 
145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.898824  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2162  large-conductance mechanosensitive channel  46.43 
 
 
126 aa  118  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>