172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2408 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2408  flavodoxin FldA  100 
 
 
160 aa  323  6e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226515  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0076  flavodoxin FldA  79.25 
 
 
160 aa  261  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.326568  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3173  flavodoxin FldA  76.88 
 
 
160 aa  257  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2656  flavodoxin FldA  68.55 
 
 
160 aa  229  9e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0832  flavodoxin FldA  71.07 
 
 
160 aa  229  9e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.274141  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0379  flavodoxin FldA  68.55 
 
 
160 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32110  flavodoxin FldA  64.15 
 
 
160 aa  215  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0164  flavodoxin FldA  44.44 
 
 
170 aa  150  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.243866  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1541  flavodoxin FldA  42.86 
 
 
170 aa  144  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.325329  normal  0.0252615 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0079  flavodoxin  42.77 
 
 
165 aa  137  6e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1724  ATPase  44.17 
 
 
194 aa  137  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01710  Flavodoxin, nifF  42.01 
 
 
180 aa  135  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2878  flavodoxin FldA  40.99 
 
 
169 aa  134  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0881  flavodoxin FldB  42.68 
 
 
172 aa  134  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3846  flavodoxin FldB  42.68 
 
 
172 aa  134  7.000000000000001e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.51056 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1269  flavodoxin FldA  47.5 
 
 
162 aa  133  9.999999999999999e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.829769  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0878  flavodoxin FldB  41.46 
 
 
172 aa  132  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.182784  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3536  flavodoxin  38.85 
 
 
164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000193054  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0798  flavodoxin  45.62 
 
 
168 aa  132  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1483  flavodoxin FldA  43.53 
 
 
177 aa  131  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.760542 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1685  flavodoxin FldA  42.59 
 
 
175 aa  130  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000671882  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0835  flavodoxin FldA  42.59 
 
 
175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1697  flavodoxin FldA  43.71 
 
 
178 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004124  flavodoxin 1  41.46 
 
 
177 aa  126  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000570149  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3893  flavodoxin FldB  39.63 
 
 
200 aa  126  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.410227  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2045  flavodoxin  41.61 
 
 
168 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000806437  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1701  flavodoxin FldA  41.36 
 
 
175 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000646735  hitchhiker  0.00968466 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2419  flavodoxin  40 
 
 
176 aa  125  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1917  flavodoxin FldA  41.36 
 
 
175 aa  125  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000679628  unclonable  0.00000189702 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1472  flavodoxin FldB  39.26 
 
 
176 aa  124  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2270  flavodoxin  40.12 
 
 
175 aa  124  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000283187  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2990  flavodoxin FldA  40.24 
 
 
175 aa  124  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000344079  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0321  flavodoxin FldA  40.24 
 
 
175 aa  124  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000460147  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3428  flavodoxin FldB  39.02 
 
 
172 aa  124  7e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0566  flavodoxin FldA  41.61 
 
 
215 aa  124  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.83272e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2901  flavodoxin FldA  40.24 
 
 
175 aa  124  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.63473e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0731  flavodoxin FldA  41.61 
 
 
215 aa  124  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.8987999999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0712  flavodoxin FldA  41.61 
 
 
215 aa  124  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000898248  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0110  flavodoxin FldA  44.59 
 
 
162 aa  123  9e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00641  flavodoxin 1  41.61 
 
 
176 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000985798  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2953  flavodoxin  41.61 
 
 
176 aa  123  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000283626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2972  flavodoxin FldA  41.61 
 
 
176 aa  123  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000017596  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00632  hypothetical protein  41.61 
 
 
176 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000788161  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0706  flavodoxin FldA  41.61 
 
 
176 aa  123  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000789352  normal  0.640878 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0779  flavodoxin FldA  41.61 
 
 
176 aa  123  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000185932  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1199  flavodoxin FldA  40.74 
 
 
176 aa  123  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000181933  hitchhiker  0.00018565 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01341  flavodoxin FldA  40.85 
 
 
177 aa  123  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1929  flavodoxin FldA  42.77 
 
 
163 aa  123  1e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.314871  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01086  flavodoxin FldA  41.36 
 
 
174 aa  122  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000199126  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1666  flavodoxin FldA  46.15 
 
 
171 aa  122  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.122613  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2051  flavodoxin FldA  40.74 
 
 
175 aa  122  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000064376  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1576  flavodoxin FldA  42.59 
 
 
174 aa  121  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0801  flavodoxin FldA  40.99 
 
 
209 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000015287  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0850  flavodoxin FldA  40.99 
 
 
209 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000167228  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0741  flavodoxin FldA  40.99 
 
 
209 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03642  flavodoxin FldB  38.69 
 
 
178 aa  121  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00831725  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3124  flavodoxin FldA  40.12 
 
 
175 aa  121  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000347924  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1877  flavodoxin FldA  38.89 
 
 
175 aa  121  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000140867  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0814  flavodoxin FldA  40.99 
 
 
176 aa  121  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000448874  normal  0.266215 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0753  flavodoxin FldA  40.99 
 
 
176 aa  121  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000155637  normal  0.213814 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0860  flavodoxin  40.37 
 
 
169 aa  120  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000640171  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1207  flavodoxin FldA  38.27 
 
 
175 aa  120  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000563354  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1996  flavodoxin FldB  39.63 
 
 
198 aa  120  7e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0510  flavodoxin FldA  39.05 
 
 
176 aa  120  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2337  flavodoxin  39.26 
 
 
176 aa  120  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000157919  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_002950  PG1858  flavodoxin FldA  37.27 
 
 
165 aa  120  9.999999999999999e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1573  flavodoxin FldA  44.17 
 
 
163 aa  119  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.698699  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2036  flavodoxin FldA  38.89 
 
 
175 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000119946  hitchhiker  0.000146054 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1939  flavodoxin FldA  38.89 
 
 
175 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000709985  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2139  flavodoxin FldA  38.89 
 
 
175 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000959174  decreased coverage  0.00000640703 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2877  flavodoxin  40 
 
 
178 aa  119  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.132846 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0642  flavodoxin FldB  39.63 
 
 
172 aa  120  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2243  flavodoxin FldA  38.27 
 
 
175 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000503169  decreased coverage  0.0000000000344478 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1384  flavodoxin FldA  43.56 
 
 
163 aa  119  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000670293  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0856  flavodoxin FldB  39.02 
 
 
172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4516  flavodoxin FldA  38.27 
 
 
175 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2230  flavodoxin FldA  38.27 
 
 
175 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000027082  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2141  flavodoxin FldA  38.27 
 
 
175 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000052046  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3303  flavodoxin FldB  38.41 
 
 
172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1237  flavodoxin  38.32 
 
 
179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241409  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2191  flavodoxin FldA  38.27 
 
 
175 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000015331  unclonable  0.00000416512 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1990  flavodoxin FldA  37.65 
 
 
175 aa  118  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683381  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3313  flavodoxin FldB  37.8 
 
 
173 aa  119  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2330  flavodoxin FldA  38.27 
 
 
175 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0561  flavodoxin FldB  40.24 
 
 
172 aa  118  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.81104  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4096  flavodoxin FldB  38.41 
 
 
172 aa  117  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0874  flavodoxin  40.12 
 
 
175 aa  117  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0268  flavodoxin FldA  42.33 
 
 
163 aa  116  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02727  flavodoxin 2  39.02 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.340872  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0797  flavodoxin  39.02 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02690  hypothetical protein  39.02 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391992  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4186  flavodoxin FldB  39.02 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0814  flavodoxin FldB  39.02 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.200628  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2151  flavodoxin FldA  39.88 
 
 
174 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3028  flavodoxin FldB  39.02 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3315  flavodoxin FldB  39.02 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0324  flavodoxin  38.12 
 
 
168 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2938  flavodoxin  37.65 
 
 
175 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0248882  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3054  flavodoxin FldB  39.02 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3221  flavodoxin FldB  39.02 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>