157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2383 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2383  tricarballylate dehydrogenase  100 
 
 		 434 aa  861    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2323  tricarballylate dehydrogenase  71.3 
 
 		 432 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3175  tricarballylate dehydrogenase  61.15 
 
 		 441 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1893  tricarballylate dehydrogenase  55.2 
 
 		 457 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.291034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2722  tricarballylate dehydrogenase  42.13 
 
 		 468 aa  352  8e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8556  tricarballylate dehydrogenase  42.26 
 
 		 462 aa  349  5e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.819008  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2274  tricarballylate dehydrogenase  42.42 
 
 		 465 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579032  normal  0.274442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3133  tricarballylate dehydrogenase  41.05 
 
 		 476 aa  335  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.615879  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2502  tricarballylate dehydrogenase  41.05 
 
 		 472 aa  332  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927489  normal  0.370831 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4210  tricarballylate dehydrogenase  40.87 
 
 		 477 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6301  tricarballylate dehydrogenase  41.83 
 
 		 468 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6017  tricarballylate dehydrogenase  41.32 
 
 		 469 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0738  tricarballylate dehydrogenase  38.78 
 
 		 467 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0182155  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0811  tricarballylate dehydrogenase  38.78 
 
 		 467 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.329314  normal  0.994664 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0847  tricarballylate dehydrogenase  38.78 
 
 		 467 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.530072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0798  tricarballylate dehydrogenase  38.56 
 
 		 467 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0750  tricarballylate dehydrogenase  38.56 
 
 		 467 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0900786  normal  0.301353 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2086  tricarballylate dehydrogenase  40.09 
 
 		 471 aa  313  3.9999999999999997e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.32911  normal  0.0400814 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0639  tricarballylate dehydrogenase  39.96 
 
 		 479 aa  311  1e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5626  tricarballylate dehydrogenase  39.52 
 
 		 469 aa  311  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5148  tricarballylate dehydrogenase  40.27 
 
 		 469 aa  311  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226548  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3488  tricarballylate dehydrogenase  39.22 
 
 		 486 aa  311  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0794  tricarballylate dehydrogenase  39.87 
 
 		 474 aa  308  9e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6134  tricarballylate dehydrogenase  39.08 
 
 		 469 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5878  tricarballylate dehydrogenase  38.21 
 
 		 469 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3815  tricarballylate dehydrogenase  39.52 
 
 		 469 aa  302  7.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.990462 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4211  tricarballylate dehydrogenase  39.78 
 
 		 470 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3415  tricarballylate dehydrogenase  39.56 
 
 		 479 aa  299  7e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4070  tricarballylate dehydrogenase  38.9 
 
 		 479 aa  295  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3858  tricarballylate dehydrogenase  38.2 
 
 		 474 aa  293  4e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000815395 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2986  tricarballylate dehydrogenase  41.65 
 
 		 477 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0071938  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3056  tricarballylate dehydrogenase  28.3 
 
 		 482 aa  146  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1064  tricarballylate dehydrogenase  27.43 
 
 		 505 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02608  conserved hypothetical protein  28.34 
 
 		 508 aa  143  6e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.262389 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2834  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  28.48 
 
 		 488 aa  138  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3133  tricarballylate dehydrogenase  29.13 
 
 		 524 aa  133  5e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.262589  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0283  tricarballylate dehydrogenase  27.29 
 
 		 493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06133  conserved hypothetical protein  26.11 
 
 		 530 aa  107  5e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1003  putative succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit  25.06 
 
 		 485 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415422  normal  0.433093 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6400  tricarballylate dehydrogenase  27.07 
 
 		 502 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.479436  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5093  tricarballylate dehydrogenase  26.58 
 
 		 498 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2808  tricarballylate dehydrogenase  26.23 
 
 		 503 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0200  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.9 
 
 		 488 aa  84  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0208  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  22.71 
 
 		 534 aa  83.2  0.000000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000177  normal  0.616185 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3299  flavocytochrome c  22.1 
 
 		 597 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0378  flavocytochrome c  24.74 
 
 		 591 aa  75.9  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000382997  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2586  flavocytochrome c  25.97 
 
 		 588 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3541  flavocytochrome c  24.77 
 
 		 589 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000144139  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3387  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  21.71 
 
 		 557 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0694  fumarate reductase, flavoprotein subunit precursor  24.32 
 
 		 584 aa  72  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1226  fumarate reductase flavoprotein subunit  21.4 
 
 		 502 aa  68.6  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00121043  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0913  flavocytochrome c  27 
 
 		 483 aa  68.9  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.387235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1530  flavocytochrome c  24.79 
 
 		 464 aa  67.8  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000593943  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3597  flavocytochrome c  24.1 
 
 		 591 aa  65.1  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0138  flavocytochrome c  22.12 
 
 		 608 aa  65.1  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000254788  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4036  flavocytochrome c  24.74 
 
 		 598 aa  64.3  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3181  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  21.73 
 
 		 555 aa  63.9  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.449651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3690  flavocytochrome c  24.5 
 
 		 583 aa  63.5  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3768  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  23.8 
 
 		 460 aa  62.4  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0611  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  25.06 
 
 		 593 aa  62.4  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.755689 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4127  flavocytochrome c  25.05 
 
 		 598 aa  62.8  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.431024 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13640  flavocytochrome c  24.05 
 
 		 650 aa  62.4  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3776  flavocytochrome c  22.77 
 
 		 596 aa  62.4  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235124 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0722  flavocytochrome c  23.44 
 
 		 596 aa  62.4  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3960  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  22.48 
 
 		 577 aa  60.8  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000052594  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3625  flavocytochrome c  25.69 
 
 		 596 aa  60.1  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2466  flavocytochrome c  23.21 
 
 		 599 aa  60.1  0.00000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2354  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  21.78 
 
 		 551 aa  60.1  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30250  putative FAD-binding dehydrogenase  27.52 
 
 		 572 aa  59.7  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0098  fumarate reductase, flavoprotein subunit  24.35 
 
 		 465 aa  58.2  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3488  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.15 
 
 		 491 aa  58.5  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4077  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.36 
 
 		 491 aa  57.8  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2893  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  21.81 
 
 		 576 aa  57.4  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3877  succinate dehydrogenase  23.39 
 
 		 596 aa  57.4  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2787  twin-arginine translocation pathway signal  22.64 
 
 		 553 aa  57  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0203  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  23.63 
 
 		 470 aa  57  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1421  fumarate reductase flavoprotein subunit  25.06 
 
 		 589 aa  57  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1445  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  22.65 
 
 		 493 aa  55.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000784469 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1095  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  25.85 
 
 		 482 aa  55.8  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4061  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  23.22 
 
 		 476 aa  56.2  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3358  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.87 
 
 		 564 aa  55.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1037  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.51 
 
 		 463 aa  54.7  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.192722  normal  0.0849595 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3782  FMN-binding domain protein  22.52 
 
 		 715 aa  53.9  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00440346  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13560  succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein subunit  22.1 
 
 		 549 aa  53.9  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2894  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  26.47 
 
 		 529 aa  53.5  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0165292  hitchhiker  0.000448653 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3243  putative FAD-binding dehydrogenase  25.41 
 
 		 570 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.650049 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3112  flavocytochrome c  22.94 
 
 		 596 aa  53.5  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541974 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3126  flavocytochrome c  24.12 
 
 		 925 aa  52.8  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2203  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  23.29 
 
 		 519 aa  53.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_10064  predicted protein  25.25 
 
 		 561 aa  52.8  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.14351 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0124  Succinate dehydrogenase  23.87 
 
 		 497 aa  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3318  flavocytochrome c  24.39 
 
 		 596 aa  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.5959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4092  hypothetical protein  31.88 
 
 		 582 aa  51.6  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0167446 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3694  twin-arginine translocation pathway signal  21.21 
 
 		 559 aa  51.6  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3215  flavocytochrome c  24.61 
 
 		 596 aa  50.4  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0905  flavocytochrome c  23.78 
 
 		 597 aa  50.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.604755  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0325  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  29.49 
 
 		 550 aa  50.4  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.681292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2146  putative FAD-binding dehydrogenase  25.54 
 
 		 570 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6873  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  25.38 
 
 		 569 aa  50.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.901911  normal  0.6243 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0808  flavocytochrome c  24 
 
 		 596 aa  50.4  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.587828  normal  0.0624147 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>