54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2182 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2182  protein of unknown function DUF1044  100 
 
 
124 aa  248  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.455247  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0155  hypothetical protein  56.1 
 
 
129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.77632  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4707  hypothetical protein  42.62 
 
 
123 aa  98.6  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.226186 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1844  protein of unknown function DUF1044  40.83 
 
 
126 aa  95.9  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0793  hypothetical protein  40.98 
 
 
125 aa  94.7  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3645  hypothetical protein  41.32 
 
 
125 aa  94.7  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.801747  hitchhiker  0.0000000000510649 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0922  hypothetical protein  40.34 
 
 
127 aa  93.2  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0400088  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4183  hypothetical protein  38.33 
 
 
128 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1535  hypothetical protein  36.59 
 
 
144 aa  90.9  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.823036 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0165  protein of unknown function DUF1044  39.67 
 
 
124 aa  90.5  7e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.322066  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2626  hypothetical protein  39.83 
 
 
127 aa  90.1  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0597535 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1245  hypothetical protein  39.17 
 
 
127 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3429  hypothetical protein  37.5 
 
 
129 aa  89  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00012204 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0057  hypothetical protein  36.67 
 
 
121 aa  88.2  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000330788  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0025  hypothetical protein  35.83 
 
 
121 aa  87.8  5e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.292513  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1817  hypothetical protein  39.17 
 
 
172 aa  86.7  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000610999  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0762  hypothetical protein  38.14 
 
 
128 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00073  hypothetical protein  40.35 
 
 
116 aa  84  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1812  hypothetical protein  46.07 
 
 
103 aa  81.3  0.000000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4311  protein of unknown function DUF1044  43.69 
 
 
131 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0427223  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0894  hypothetical protein  36.72 
 
 
128 aa  77  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.383433  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2808  hypothetical protein  36.72 
 
 
128 aa  77  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0861  hypothetical protein  36.72 
 
 
128 aa  77  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0851  hypothetical protein  33.06 
 
 
129 aa  73.6  0.0000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.152374  normal  0.80225 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0987  hypothetical protein  35.94 
 
 
128 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.469409 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1231  hypothetical protein  35.4 
 
 
128 aa  73.2  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0639  protein of unknown function DUF1044  35.4 
 
 
129 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.12836  normal  0.215056 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1618  hypothetical protein  34.43 
 
 
126 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2086  hypothetical protein  39.33 
 
 
102 aa  70.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.984543  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0470  hypothetical protein  36.97 
 
 
125 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.542672  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4308  hypothetical protein  33.06 
 
 
132 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00337964  normal  0.132689 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0053a  hypothetical protein  35.9 
 
 
83 aa  58.5  0.00000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0293608  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2545  protein of unknown function DUF1044  34.48 
 
 
122 aa  58.2  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4003  putative cytoplasmic protein  30 
 
 
119 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4057  putative cytoplasmic protein  30 
 
 
119 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.197527  normal  0.223407 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3985  putative cytoplasmic protein  30 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4026  hypothetical protein  30.51 
 
 
117 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.686403 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3695  protein of unknown function DUF1044  30.83 
 
 
119 aa  54.7  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.477088  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4108  hypothetical protein  30 
 
 
134 aa  54.7  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6332  hypothetical protein  34.75 
 
 
121 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1502  hypothetical protein  28.57 
 
 
133 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.24964  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4173  hypothetical protein  29.17 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723164  normal  0.992967 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1781  protein of unknown function DUF1044  28.57 
 
 
133 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.245203 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5090  hypothetical protein  29.66 
 
 
117 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0267211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3171  RelE-like cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  35.71 
 
 
111 aa  50.4  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00104102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3030  hypothetical protein  32.52 
 
 
121 aa  47.8  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2893  hypothetical protein  32.52 
 
 
121 aa  47  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0124  hypothetical protein  34.38 
 
 
121 aa  46.2  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3003  hypothetical protein  31.67 
 
 
121 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1496  hypothetical protein  28.92 
 
 
89 aa  45.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.244659 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2983  hypothetical protein  30.83 
 
 
121 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2369  hypothetical protein  30.83 
 
 
121 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2678  hypothetical protein  37.78 
 
 
110 aa  42.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116837  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1721  hypothetical protein  29.35 
 
 
119 aa  40  0.01  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>