26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2109 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2109  phage major tail protein, TP901-1 family  100 
 
 
135 aa  270  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000411275  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1983  gene transfer agent (GTA) orf  88.15 
 
 
135 aa  246  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.516459 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3465  Phage major tail protein, TP901-1  85.93 
 
 
135 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0406458  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1419  Phage major tail protein, TP901-1  83.7 
 
 
135 aa  234  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1816  Phage major tail protein, TP901-1  85.82 
 
 
135 aa  232  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0067398  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1174  Phage major tail protein, TP901-1  82.22 
 
 
135 aa  227  4e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3161  TP901-1 family phage major tail protein  72.59 
 
 
135 aa  210  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.272123  normal  0.0134128 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1345  hypothetical protein  65.15 
 
 
136 aa  182  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00292894  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0911  TP901-1 family phage major tail protein  66.18 
 
 
137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.594868 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1699  phage major tail protein, TP901-1 family  61.65 
 
 
136 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0600382  normal  0.311621 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1421  phage major tail protein, TP901-1 family  62.41 
 
 
136 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.997697  normal  0.225019 
 
 
-
 
NC_004310  BR0594  hypothetical protein  59.4 
 
 
137 aa  167  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4972  TP901-1 family phage major tail protein  61.03 
 
 
136 aa  161  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392569  hitchhiker  0.0000970804 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1425  TP901-1 family phage major tail protein  58.65 
 
 
136 aa  159  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0384204  normal  0.214257 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1065  Phage major tail protein, TP901-1  58.09 
 
 
137 aa  158  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1639  Phage major tail protein, TP901-1  55.47 
 
 
137 aa  155  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2894  TP901-1 family phage major tail protein  55.07 
 
 
137 aa  153  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.232162 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1082  TP901-1 family phage major tail protein  53.28 
 
 
137 aa  148  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.085931 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2170  hypothetical protein  51.82 
 
 
137 aa  146  9e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2473  hypothetical protein  52.94 
 
 
137 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181779  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1137  TP901-1 family phage major tail protein  52.21 
 
 
137 aa  142  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3910  TP901-1 family phage major tail protein  54.35 
 
 
138 aa  140  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.69911  normal  0.119703 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0926  TP901-1 family phage major tail protein  46.38 
 
 
138 aa  134  6.0000000000000005e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.419609 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3125  Phage major tail protein, TP901-1  39.85 
 
 
135 aa  96.7  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1995  Phage major tail protein, TP901-1  38.35 
 
 
135 aa  94  7e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0543379  hitchhiker  0.00425281 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1649  phage major tail protein, TP901-1  28.24 
 
 
136 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.70666  normal  0.500579 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>