27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2060 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2060  DNA replication initiation ATPase  100 
 
 
203 aa  400  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1941  hypothetical protein  81.41 
 
 
200 aa  329  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0327741  normal  0.29252 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3518  hypothetical protein  80.9 
 
 
198 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48447  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2226  DNA replication initiation ATPase  76.63 
 
 
330 aa  280  9e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.000024836  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1776  hypothetical protein  72.13 
 
 
213 aa  257  9e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0182975  normal  0.0433353 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0072  hypothetical protein  62 
 
 
180 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0876  hypothetical protein  55.81 
 
 
268 aa  166  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.878861  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0874  hypothetical protein  51.27 
 
 
272 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0473235  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0505  hypothetical protein  52.27 
 
 
275 aa  159  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199064 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0573  hypothetical protein  52.66 
 
 
264 aa  158  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0572  hypothetical protein  52.66 
 
 
214 aa  157  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2687  hypothetical protein  50.64 
 
 
263 aa  154  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.304956  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0468  hypothetical protein  50.57 
 
 
280 aa  152  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.486566  normal  0.218243 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0434  hypothetical protein  49.43 
 
 
280 aa  151  8e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.953981 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4956  hypothetical protein  51.2 
 
 
282 aa  138  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000359557 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2225  hypothetical protein  44.3 
 
 
376 aa  122  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0551964  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1289  hypothetical protein  42.86 
 
 
283 aa  122  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1483  hypothetical protein  45.35 
 
 
378 aa  121  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6073  hypothetical protein  45.35 
 
 
378 aa  121  7e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1533  hypothetical protein  44.1 
 
 
379 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.796419 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1584  hypothetical protein  38.24 
 
 
374 aa  111  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.16808  normal  0.0492806 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1378  hypothetical protein  48.25 
 
 
384 aa  108  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.565066 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1710  hypothetical protein  43.07 
 
 
188 aa  99.8  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.385544  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1372  hypothetical protein  40.15 
 
 
348 aa  87.4  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.396707  normal  0.812901 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2069  hypothetical protein  39.85 
 
 
157 aa  84.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1204  hypothetical protein  44.53 
 
 
237 aa  82.4  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.843488 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0895  hypothetical protein  34.39 
 
 
237 aa  67.4  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0610672  normal  0.201664 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>