More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1650 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4064  Cl- channel, voltage gated  76.99 
 
 
602 aa  920    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1650  Chloride channel core  100 
 
 
604 aa  1194    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0490  voltage gated chloride channel family protein  42.93 
 
 
596 aa  421  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.889673  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2134  Chloride channel core  43.25 
 
 
596 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.262546  normal  0.105647 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2374  Chloride channel core  42.73 
 
 
596 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.124913  decreased coverage  0.00191401 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0604  chloride channel core  42.78 
 
 
597 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3883  chloride channel core  42.98 
 
 
603 aa  403  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2161  chloride channel protein  41.84 
 
 
594 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5810  Chloride channel core  44.48 
 
 
606 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.688487  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1483  Chloride channel core  42.71 
 
 
628 aa  376  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.216629 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3006  Chloride channel core  41.32 
 
 
614 aa  376  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0264261  normal  0.0792273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3994  chloride channel core  42.91 
 
 
643 aa  378  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0550665 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2859  Cl- channel, voltage-gated family protein  39.32 
 
 
606 aa  373  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2779  chloride channel core  40.27 
 
 
649 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.674097  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5245  chloride channel core  42.86 
 
 
606 aa  368  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  decreased coverage  0.00444672 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2902  Chloride channel core  41.14 
 
 
614 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.452389  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4075  chloride channel core  43.63 
 
 
587 aa  360  4e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.480414  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1634  Chloride channel core  42.01 
 
 
601 aa  360  6e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0200608 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0191  chloride channel core  40.97 
 
 
635 aa  359  7e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.66054  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2747  CLC-type chloride channel protein  39.39 
 
 
595 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.171436  normal  0.700779 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4838  chloride channel, core  40.77 
 
 
584 aa  313  4.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2309  Chloride channel core  41.94 
 
 
590 aa  303  4.0000000000000003e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0529111 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3739  chloride channel, core  39.21 
 
 
582 aa  298  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0107  CBS  41.1 
 
 
579 aa  293  7e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3482  Cl- channel, voltage-gated family protein  28.01 
 
 
582 aa  187  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0310  CBS  26.98 
 
 
615 aa  162  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2543  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  30.25 
 
 
591 aa  159  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.232119  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2794  chloride channel protein EriC  24.71 
 
 
608 aa  156  9e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000831422  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3470  Cl- channel, voltage gated  25.96 
 
 
613 aa  156  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1352  Cl- channel, voltage gated  27.94 
 
 
577 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3181  chloride channel core  27.92 
 
 
669 aa  150  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2363  chloride channel family protein, putative  24.47 
 
 
614 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.325858  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5033  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  25.98 
 
 
598 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1975  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.8 
 
 
591 aa  140  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224056  normal  0.0566649 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2293  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  27.55 
 
 
636 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4507  Cl- channel, voltage-gated family protein  26.08 
 
 
594 aa  139  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0041  Cl- channel, voltage-gated family protein  28.54 
 
 
587 aa  139  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0956  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  27.55 
 
 
579 aa  139  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.872651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2101  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  27.55 
 
 
579 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.516415  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1620  chloride channel protein EriC  25.95 
 
 
606 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2160  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  27.55 
 
 
579 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2283  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.02 
 
 
591 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1258  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.62 
 
 
577 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725584  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2291  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.6 
 
 
628 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.369864  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1522  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.64 
 
 
589 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.457794 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1658  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.43 
 
 
593 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1448  Chloride channel core  25.09 
 
 
627 aa  130  8.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.132053  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1979  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  29.73 
 
 
426 aa  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1658  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.43 
 
 
593 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1107  Chloride channel core  26.71 
 
 
470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6342  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  25.58 
 
 
589 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867968  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1750  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  25.58 
 
 
589 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1867  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  30.9 
 
 
414 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.396231  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1737  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  25.58 
 
 
589 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2221  putative chloride channel  26.74 
 
 
590 aa  128  3e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.247066  decreased coverage  0.00811968 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2285  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  33.73 
 
 
426 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.397915  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1246  Cl- channel, voltage-gated family protein  24.87 
 
 
620 aa  123  9e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1400  chloride channel, putative  23 
 
 
631 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0693  Cl- channel, voltage gated  29.07 
 
 
564 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0559233  hitchhiker  0.000374815 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2054  Cl- channel, voltage-gated family protein  33.42 
 
 
565 aa  122  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.345027 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2413  chloride channel core  28.66 
 
 
579 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2746  Cl- channel, voltage gated  30.54 
 
 
543 aa  121  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.43501  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1639  Cl- channel voltage-gated family protein  28.76 
 
 
597 aa  118  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1465  Cl- channel, voltage-gated family protein  23.75 
 
 
580 aa  118  3e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01992  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  31.7 
 
 
461 aa  118  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0919  chloride channel, putative  24.26 
 
 
624 aa  117  5e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.870319  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3504  chloride channel family protein  29.35 
 
 
602 aa  117  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1772  Cl- channel, voltage-gated family protein  30.08 
 
 
585 aa  117  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2495  Cl- channel voltage-gated family protein  26.52 
 
 
651 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.636545  normal  0.575116 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4402  Cl- channel, voltage-gated family protein  25.33 
 
 
598 aa  114  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0824696  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1184  Chloride channel core  24.74 
 
 
628 aa  114  5e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0945746  normal  0.895336 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3801  Chloride channel core  32.86 
 
 
464 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.101597 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2950  Cl- channel, voltage gated  24.26 
 
 
613 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.952562  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3914  Chloride channel core  32.86 
 
 
464 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1447  Cl- channel voltage-gated family protein  25 
 
 
598 aa  111  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000054528  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1130  Chloride channel core  22.95 
 
 
617 aa  112  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.711755  normal  0.273253 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5286  Chloride channel core  27.59 
 
 
431 aa  109  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1823  putative chloride channel  25.63 
 
 
593 aa  109  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.039576  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0433  Cl- channel, voltage-gated family protein  28.29 
 
 
575 aa  110  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.346865  normal  0.0128311 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0525  Cl- channel voltage-gated family protein  24.51 
 
 
579 aa  110  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1514  Chloride channel core  23.59 
 
 
627 aa  109  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1102  Cl- channel voltage-gated family protein  28.57 
 
 
584 aa  109  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0690  Cl- channel, voltage-gated family protein  24.07 
 
 
591 aa  109  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.441434  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2049  Chloride channel core  30.77 
 
 
596 aa  108  3e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.993111  normal  0.527331 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2412  putative chloride channel protein  30.29 
 
 
562 aa  108  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03983  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6434  Chloride channel core  27.09 
 
 
600 aa  106  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.741309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0552  Chloride channel core  23.31 
 
 
614 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.18832  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0367  Chloride channel core  27 
 
 
595 aa  105  3e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0455  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  25.34 
 
 
560 aa  105  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2501  Cl- channel, voltage gated  29.59 
 
 
626 aa  104  4e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.169723  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2944  Cl- channel, voltage-gated family protein  30.52 
 
 
526 aa  104  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0120087  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1084  Chloride channel core  25.04 
 
 
606 aa  103  9e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1534  Cl- channel, voltage gated  33.42 
 
 
527 aa  103  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.123029  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1059  Chloride channel core  26.44 
 
 
625 aa  102  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0832  chloride channel  25.94 
 
 
585 aa  102  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2526  Chloride channel core  26.87 
 
 
589 aa  102  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0757  Chloride channel core  29.47 
 
 
528 aa  101  4e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.937422  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2446  chloride channel core  23.85 
 
 
603 aa  101  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0516  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.92 
 
 
601 aa  99.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.132092  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2439  chloride channel core protein  26.68 
 
 
589 aa  99.8  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.590865  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>