More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0856 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4634  major facilitator transporter  80.38 
 
 
471 aa  698    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0775  major facilitator transporter  81.45 
 
 
470 aa  680    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.589082  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0856  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
471 aa  901    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3597  major facilitator superfamily MFS_1  42.63 
 
 
488 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3275  major facilitator superfamily MFS_1  43.2 
 
 
467 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3555  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.91 
 
 
583 aa  275  2.0000000000000002e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4810  major facilitator transporter  40.65 
 
 
555 aa  261  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.502996 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7521  major facilitator superfamily MFS_1  37.53 
 
 
492 aa  259  5.0000000000000005e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6286  major facilitator transporter  38.03 
 
 
493 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2726  major facilitator transporter  36.11 
 
 
484 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2796  major facilitator superfamily protein  39.68 
 
 
493 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.252662  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6454  major facilitator transporter  37.32 
 
 
493 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6689  major facilitator transporter  37.32 
 
 
493 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2493  major facilitator superfamily MFS_1  38.67 
 
 
484 aa  251  2e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.15789  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0738  major facilitator superfamily transporter  36.27 
 
 
488 aa  251  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6465  transporter  39.11 
 
 
484 aa  250  3e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265131  normal  0.0861324 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5751  major facilitator transporter  38.39 
 
 
486 aa  250  4e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5462  major facilitator superfamily MFS_1  36.34 
 
 
528 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.432135  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4015  major facilitator superfamily MFS_1  40.38 
 
 
492 aa  247  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7831  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.05 
 
 
502 aa  246  4e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0429863 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7777  transporter  37.65 
 
 
480 aa  245  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1498  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  38.82 
 
 
481 aa  243  5e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.270463  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1147  major facilitator superfamily drug efflux transporter  37.04 
 
 
516 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.777739  normal  0.947879 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2136  major facilitator superfamily MFS_1  36.59 
 
 
488 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1270  major facilitator transporter  37.35 
 
 
494 aa  236  7e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1465  major facilitator transporter  38.25 
 
 
473 aa  235  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1118  major facilitator transporter  37.84 
 
 
471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.951863  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2166  major facilitator superfamily MFS_1  37.67 
 
 
485 aa  231  2e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0144549  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2303  major facilitator superfamily MFS_1  35.45 
 
 
518 aa  231  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5344  membrane efflux protein  43.02 
 
 
503 aa  229  9e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.755998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2173  major facilitator superfamily MFS_1  36.15 
 
 
477 aa  227  4e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2963  major facilitator transporter  39.06 
 
 
512 aa  226  9e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0316634  hitchhiker  0.000555172 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0748  major facilitator transporter  33.56 
 
 
480 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8291  major facilitator superfamily MFS_1  33.65 
 
 
480 aa  224  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3421  major facilitator superfamily MFS_1  37.84 
 
 
488 aa  224  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2823  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.24 
 
 
564 aa  223  6e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2459  major facilitator superfamily MFS_1  36.36 
 
 
516 aa  222  9e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6497  major facilitator superfamily MFS_1  35.5 
 
 
630 aa  221  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1308  major facilitator superfamily MFS_1  36.93 
 
 
459 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.845167 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3075  major facilitator superfamily MFS_1  36.86 
 
 
509 aa  220  5e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5108  major facilitator superfamily MFS_1  37.39 
 
 
480 aa  218  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.099358 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3500  major facilitator superfamily MFS_1  35.7 
 
 
513 aa  219  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.021178 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2644  major facilitator superfamily MFS_1  36 
 
 
484 aa  216  7e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.94873  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3574  major facilitator transporter  35.22 
 
 
514 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.839837  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4793  major facilitator transporter  35.22 
 
 
514 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5489  major facilitator transporter  35.22 
 
 
486 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.157895 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0918  major facilitator transporter  37.65 
 
 
486 aa  210  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1430  major facilitator transporter  36.63 
 
 
480 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4699  major facilitator transporter  37.44 
 
 
486 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4177  major facilitator transporter  37.44 
 
 
486 aa  209  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1114  major facilitator transporter  37.97 
 
 
486 aa  208  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.90955  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3532  major facilitator superfamily MFS_1  34.71 
 
 
480 aa  206  7e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.602824 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2572  major facilitator superfamily MFS_1  40.66 
 
 
505 aa  206  8e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000778794  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3808  major facilitator transporter  36.94 
 
 
487 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.49982  hitchhiker  0.00947833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1265  major facilitator superfamily MFS_1  32.99 
 
 
524 aa  204  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5456  major facilitator transporter  34.81 
 
 
505 aa  200  3.9999999999999996e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.247953  normal  0.756284 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1413  major facilitator transporter  33.56 
 
 
479 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1065  major facilitator transporter  32.23 
 
 
475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.741114 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3267  major facilitator superfamily MFS_1  37.89 
 
 
471 aa  198  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.533145  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5808  putative transmembrane protein  34.13 
 
 
483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.44132 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4014  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.4 
 
 
504 aa  194  3e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.223084 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10400  arabinose efflux permease family protein  35.48 
 
 
489 aa  192  7e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0449426 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4474  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.25 
 
 
627 aa  193  7e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.137997  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4129  MFS family transporter  37.35 
 
 
480 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47900  putative MFS transporter  36.64 
 
 
480 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00274323  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2596  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.62 
 
 
527 aa  191  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312555  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2788  major facilitator superfamily MFS_1  33.73 
 
 
487 aa  190  4e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103583  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1888  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.18 
 
 
505 aa  190  5e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.170605  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5462  major facilitator superfamily MFS_1  33.73 
 
 
491 aa  188  1e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4340  major facilitator transporter  31.98 
 
 
480 aa  186  6e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.199167  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3405  major facilitator transporter  30.9 
 
 
471 aa  186  9e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00287902  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7047  putative transmembrane efflux protein  35.39 
 
 
492 aa  182  8.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0500177  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3947  transporter  38.02 
 
 
478 aa  182  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000887257  normal  0.0113093 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2551  major facilitator superfamily MFS_1  36.78 
 
 
477 aa  182  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15790  arabinose efflux permease family protein  33.19 
 
 
481 aa  181  2e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.267513  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2717  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.96 
 
 
509 aa  182  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00105313 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4349  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.84 
 
 
493 aa  180  4e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1372  major facilitator transporter  31.79 
 
 
479 aa  180  4e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0033883 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4177  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.74 
 
 
522 aa  181  4e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2701  major facilitator superfamily MFS_1  38.25 
 
 
503 aa  180  4.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.417248  normal  0.482514 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3894  major facilitator superfamily MFS_1  35.75 
 
 
490 aa  180  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.925451  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0952  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.79 
 
 
540 aa  179  1e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3984  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.61 
 
 
646 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.086459  normal  0.10455 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3970  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.61 
 
 
646 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3005  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.02 
 
 
512 aa  178  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216237  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4044  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.61 
 
 
646 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2393  major facilitator transporter  34.33 
 
 
481 aa  178  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.74684  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26870  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.62 
 
 
534 aa  178  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.287743  normal  0.830336 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2256  major facilitator superfamily MFS_1  35.68 
 
 
504 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0958  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  31.9 
 
 
511 aa  175  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.026733  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02580  arabinose efflux permease family protein  31.63 
 
 
476 aa  174  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6960  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.89 
 
 
528 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148929  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2221  EmrB/QacA family drug resistance transporter  30.88 
 
 
609 aa  170  4e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.667625  normal  0.81194 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2447  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.41 
 
 
488 aa  171  4e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0196  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.79 
 
 
532 aa  169  1e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.904476  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4328  major facilitator transporter  37.5 
 
 
482 aa  168  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21380  arabinose efflux permease family protein  33.41 
 
 
481 aa  168  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000069815 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1720  major facilitator transporter  35.06 
 
 
473 aa  167  5e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.50289  normal  0.409594 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4875  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.91 
 
 
579 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11276  drug-transport integral membrane protein  30.86 
 
 
579 aa  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.201451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>