More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0342 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0342  dihydrodipicolinate reductase  100 
 
 
271 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111037  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0435  dihydrodipicolinate reductase  85.24 
 
 
271 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0385  dihydrodipicolinate reductase  84.87 
 
 
271 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0158  dihydrodipicolinate reductase  78.23 
 
 
289 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0335  dihydrodipicolinate reductase  81.92 
 
 
271 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332149  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0201  dihydrodipicolinate reductase  75.37 
 
 
288 aa  412  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.599241 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0197  dihydrodipicolinate reductase  74.91 
 
 
272 aa  408  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0359  dihydrodipicolinate reductase  65.68 
 
 
300 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0679708  normal  0.40157 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2730  dihydrodipicolinate reductase  61.05 
 
 
267 aa  315  7e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.202172  normal  0.320113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2507  dihydrodipicolinate reductase  61.05 
 
 
267 aa  315  7e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0837257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0132  dihydrodipicolinate reductase  61.34 
 
 
271 aa  314  8e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.517798 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2435  dihydrodipicolinate reductase  60.67 
 
 
267 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2959  dihydrodipicolinate reductase  59.63 
 
 
272 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3571  dihydrodipicolinate reductase  60.82 
 
 
271 aa  310  2e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0114  dihydrodipicolinate reductase  57.74 
 
 
265 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.878152 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0989  dihydrodipicolinate reductase  58.21 
 
 
279 aa  297  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0445  dihydrodipicolinate reductase  57.74 
 
 
265 aa  295  7e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1051  dihydrodipicolinate reductase  57.52 
 
 
268 aa  291  8e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.799147  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3592  dihydrodipicolinate reductase  57.99 
 
 
277 aa  289  3e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.515534  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1330  dihydrodipicolinate reductase  57.36 
 
 
277 aa  288  8e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1051  dihydrodipicolinate reductase  55.6 
 
 
268 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0214787  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0237  dihydrodipicolinate reductase  55.64 
 
 
270 aa  284  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2066  dihydrodipicolinate reductase  58.49 
 
 
265 aa  283  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.531421  normal  0.010267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4441  dihydrodipicolinate reductase  57.14 
 
 
274 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.8646 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4127  dihydrodipicolinate reductase  56.77 
 
 
274 aa  278  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3371  dihydrodipicolinate reductase  55.22 
 
 
272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0087  dihydrodipicolinate reductase  51.71 
 
 
269 aa  263  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.549  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4037  dihydrodipicolinate reductase  50.75 
 
 
269 aa  257  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3040  dihydrodipicolinate reductase  50.57 
 
 
269 aa  255  5e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.787809 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0070  dihydrodipicolinate reductase  47.19 
 
 
273 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2767  dihydrodipicolinate reductase  51.33 
 
 
269 aa  245  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1105  dihydrodipicolinate reductase  50.95 
 
 
269 aa  244  8e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.32812  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0154  dihydrodipicolinate reductase  52.45 
 
 
265 aa  244  9e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2925  dihydrodipicolinate reductase  51.71 
 
 
269 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.058747  normal  0.091459 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1564  dihydrodipicolinate reductase  49.06 
 
 
268 aa  243  3e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.525131  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0069  dihydrodipicolinate reductase  46.44 
 
 
273 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.364097  normal  0.409733 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0553  dihydrodipicolinate reductase  46.67 
 
 
273 aa  242  6e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0069  dihydrodipicolinate reductase  46.07 
 
 
273 aa  241  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0068  dihydrodipicolinate reductase  46.07 
 
 
273 aa  241  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0071  dihydrodipicolinate reductase  46.07 
 
 
273 aa  241  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4591  dihydrodipicolinate reductase  48.86 
 
 
267 aa  238  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.509503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4725  dihydrodipicolinate reductase  48.86 
 
 
267 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.111929  hitchhiker  0.00253408 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0590  dihydrodipicolinate reductase  46.3 
 
 
273 aa  238  6.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4193  dihydrodipicolinate reductase  49.24 
 
 
267 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3842  dihydrodipicolinate reductase  46.07 
 
 
273 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3649  dihydrodipicolinate reductase  45.93 
 
 
273 aa  237  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0785  dihydrodipicolinate reductase  46.52 
 
 
273 aa  237  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.425853  normal  0.321154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0936  dihydrodipicolinate reductase  47.39 
 
 
268 aa  237  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0707  dihydrodipicolinate reductase  48.48 
 
 
267 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.165217  hitchhiker  0.00943126 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3622  dihydrodipicolinate reductase  46.59 
 
 
267 aa  236  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0835  dihydrodipicolinate reductase  45.15 
 
 
270 aa  236  4e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0761651  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3455  dihydrodipicolinate reductase  46.15 
 
 
273 aa  235  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2798  dihydrodipicolinate reductase  46.64 
 
 
268 aa  235  5.0000000000000005e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.330088  normal  0.472003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4726  dihydrodipicolinate reductase  48.48 
 
 
267 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.699966  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0974  Dihydrodipicolinate reductase  48.29 
 
 
267 aa  235  6e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4553  dihydrodipicolinate reductase  47.94 
 
 
284 aa  234  9e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4503  dihydrodipicolinate reductase  49.24 
 
 
267 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3584  dihydrodipicolinate reductase  46.15 
 
 
273 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0231  dihydrodipicolinate reductase  46.64 
 
 
267 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0872  dihydrodipicolinate reductase  44.91 
 
 
266 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.11432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0712  dihydrodipicolinate reductase  45.69 
 
 
273 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.128624 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3360  dihydrodipicolinate reductase  46.04 
 
 
267 aa  233  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0188921  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0591  dihydrodipicolinate reductase  47.41 
 
 
273 aa  232  6e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0546  dihydrodipicolinate reductase  46.79 
 
 
265 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0735119  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0512  dihydrodipicolinate reductase  47.55 
 
 
268 aa  231  7.000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.548054 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1208  dihydrodipicolinate reductase  44.78 
 
 
268 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.290649  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42950  dihydrodipicolinate reductase  48.11 
 
 
267 aa  229  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5479  dihydrodipicolinate reductase  48.3 
 
 
268 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62940  dihydrodipicolinate reductase  48.3 
 
 
268 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0572  dihydrodipicolinate reductase  46.79 
 
 
265 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.260909 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2835  dihydrodipicolinate reductase  48.3 
 
 
265 aa  229  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3737  dihydrodipicolinate reductase  46.07 
 
 
265 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2643  dihydrodipicolinate reductase  45.15 
 
 
268 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2456  dihydrodipicolinate reductase  45.15 
 
 
268 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.660622  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0373  dihydrodipicolinate reductase  45.15 
 
 
268 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.935631  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1232  dihydrodipicolinate reductase  45.15 
 
 
268 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0476  dihydrodipicolinate reductase  46.74 
 
 
269 aa  229  5e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3455  dihydrodipicolinate reductase  45.15 
 
 
268 aa  228  6e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3418  dihydrodipicolinate reductase  45.15 
 
 
268 aa  228  6e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550053  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3270  dihydrodipicolinate reductase  45.08 
 
 
273 aa  228  8e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0253  dihydrodipicolinate reductase  47.01 
 
 
266 aa  228  8e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1125  dihydrodipicolinate reductase  50.19 
 
 
267 aa  228  9e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0713267  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2422  dihydrodipicolinate reductase  45.28 
 
 
267 aa  228  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000419858  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0584  dihydrodipicolinate reductase  43.54 
 
 
269 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0724522  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3062  dihydrodipicolinate reductase  43.77 
 
 
267 aa  228  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.304579  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2735  dihydrodipicolinate reductase  45.69 
 
 
265 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.932865 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0041  dihydrodipicolinate reductase  45.59 
 
 
275 aa  226  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.852498  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00911  dihydrodipicolinate reductase  44.4 
 
 
269 aa  227  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0765  dihydrodipicolinate reductase  46.42 
 
 
268 aa  226  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0122187  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2747  dihydrodipicolinate reductase  50.96 
 
 
241 aa  226  4e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.602014 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0168  dihydrodipicolinate reductase  46.07 
 
 
265 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.757429  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0033  dihydrodipicolinate reductase  44.81 
 
 
273 aa  226  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0029  dihydrodipicolinate reductase  44.81 
 
 
273 aa  226  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.732281  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0651  dihydrodipicolinate reductase  46.07 
 
 
265 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387515  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3922  dihydrodipicolinate reductase  45.08 
 
 
273 aa  226  4e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00035  dihydrodipicolinate reductase  44.81 
 
 
273 aa  225  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0945677  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3568  Dihydrodipicolinate reductase  44.81 
 
 
273 aa  225  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0221  dihydrodipicolinate reductase  45.08 
 
 
276 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00034  hypothetical protein  44.81 
 
 
273 aa  225  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0706545  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2505  dihydrodipicolinate reductase  45.11 
 
 
270 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.146607  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>