32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0062 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0062  Excinuclease ABC C subunit domain protein  100 
 
 		 78 aa  164  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.330089  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0402  excinuclease ABC subunit C  78.21 
 
 		 78 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4364  putative excinuclease ABC protein, C subunit  66.67 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0179482 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1816  excinuclease ABC, C subunit-like protein  53.85 
 
 		 79 aa  93.6  9e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2985  Excinuclease ABC C subunit domain protein  56.25 
 
 		 80 aa  91.3  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00056528  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1935  excinuclease ABC subunit C  54.43 
 
 		 113 aa  89  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.517176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0107  hypothetical protein  54.43 
 
 		 83 aa  81.6  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.629422 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1944  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.87 
 
 		 84 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.752306 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0254  excinuclease ABC subunit C  40.58 
 
 		 107 aa  52  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.166444  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  41.79 
 
 		 97 aa  47  0.00009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  41.79 
 
 		 96 aa  47  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2479  excinuclease ABC subunit C  35.62 
 
 		 92 aa  45.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1593  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.71 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.758459 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2482  excinuclease ABC subunit C  35.62 
 
 		 92 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2483  excinuclease ABC subunit C  35.62 
 
 		 92 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2484  excinuclease ABC subunit C  35.62 
 
 		 92 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2485  excinuclease ABC subunit C  35.62 
 
 		 92 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2486  excinuclease ABC subunit C  35.62 
 
 		 92 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2480  excinuclease ABC subunit C  35.62 
 
 		 92 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.14 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0782  hypothetical protein  36.99 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  37.5 
 
 		 100 aa  43.5  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0210  hypothetical protein  32.89 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.101895  normal  0.644199 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0811  hypothetical protein  36.99 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0181  excinuclease ABC, C subunit domain protein  33.87 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.191258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1867  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.89 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000216284  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0671  Excinuclease ABC C subunit domain protein  28.36 
 
 		 84 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.807628  normal  0.146567 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2481  hypothetical protein  34.25 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.71 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000359134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3661  excinuclease ABC subunit C  30 
 
 		 101 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.902012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2011  endonuclease  35.38 
 
 		 98 aa  40  0.01  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000274341  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  34.85 
 
 		 120 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>