73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4009 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4009  hypothetical protein  100 
 
 
512 aa  1054    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000517991  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0068  hypothetical protein  64.36 
 
 
464 aa  360  5e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00010049  hitchhiker  0.00158155 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1133  Restriction endonuclease, type II, Eco29kI  50.97 
 
 
207 aa  197  5.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0067  hypothetical protein  61.78 
 
 
204 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000131857  hitchhiker  0.00106792 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1530  restriction endonuclease R.NgoMIII  54.27 
 
 
209 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000268327  unclonable  0.000000000126614 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0535  hypothetical protein  49.03 
 
 
201 aa  140  6e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0863902  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2870  NgoMIIIM  44.72 
 
 
215 aa  110  6e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000652337  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4397  hypothetical protein  33.21 
 
 
475 aa  88.6  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.050702 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1872  hypothetical protein  29.26 
 
 
433 aa  84  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.682405  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0325  hypothetical protein  27.54 
 
 
431 aa  83.2  0.000000000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.103576  hitchhiker  0.00000188519 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1233  hypothetical protein  30.71 
 
 
438 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241867  normal  0.73055 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0536  hypothetical protein  39.67 
 
 
304 aa  79.3  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347384  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5607  modification methylase, putative  23.67 
 
 
430 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0295584  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1303  adenine-specific DNA methylase  28.88 
 
 
418 aa  77  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404813  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3799  putative RNA methylase  29.66 
 
 
393 aa  72.4  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2284  hypothetical protein  29.55 
 
 
450 aa  70.9  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1122  DNA methyltransferase  25.37 
 
 
416 aa  68.6  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.909173  normal  0.0173084 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4223  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.9 
 
 
947 aa  68.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1833  hypothetical protein  27.27 
 
 
444 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0958  hypothetical protein  24.46 
 
 
408 aa  63.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00607753 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0227  adenine-specific DNA modification methyltransferase  22.83 
 
 
877 aa  62.4  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0765559  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4448  glycosyl transferase, group 1  64.44 
 
 
428 aa  61.2  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5606  modification methylase, putative  24.69 
 
 
438 aa  60.5  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0166814  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6814  hypothetical protein  28.75 
 
 
433 aa  59.7  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.823873  normal  0.941535 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1658  adenine-specific DNA methylase  23.4 
 
 
416 aa  58.5  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000448906  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0931  adenine-specific DNA methylase  25.41 
 
 
412 aa  57.8  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.316794  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00410  adenine-specific DNA modification methyltransferase  21.51 
 
 
412 aa  57  0.0000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4359  hypothetical protein  43.75 
 
 
425 aa  57.4  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000708265  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1426  hypothetical protein  27.64 
 
 
432 aa  56.6  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1306  hypothetical protein  24.67 
 
 
414 aa  54.7  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000125163  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3939  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.01 
 
 
633 aa  53.5  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0329  hypothetical protein  24.54 
 
 
417 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0410  glycosyl transferase family protein  50 
 
 
825 aa  51.6  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3012  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  39.13 
 
 
477 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  41.46 
 
 
372 aa  51.2  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.316349  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1917  putative modification methylase  27.43 
 
 
482 aa  50.1  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0419467  hitchhiker  0.0000000000400101 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1242  modification methylase  43.75 
 
 
441 aa  49.7  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00503065  hitchhiker  0.00000000592753 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1000  DNA methyltransferase  26.15 
 
 
472 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3603  adenine-specific DNA methylase  36.9 
 
 
453 aa  49.7  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3691  hypothetical protein  23.53 
 
 
313 aa  49.7  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.0109558 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0684  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.51 
 
 
528 aa  49.3  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0953  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  46.55 
 
 
372 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.752338  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2466  DNA methylase N-4/N-6  37.84 
 
 
311 aa  48.9  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4787  hypothetical protein  30.12 
 
 
441 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1918  putative modification methylase  20.25 
 
 
353 aa  49.3  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00266275  hitchhiker  0.00000000000360377 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0382  protein of unknown function DUF1156  31.94 
 
 
894 aa  48.5  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.41417  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2450  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.15 
 
 
368 aa  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3347  adenine-specific DNA methylase  26.92 
 
 
878 aa  48.5  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1266  hypothetical protein  36.36 
 
 
1382 aa  48.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.146647 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0038  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  42.37 
 
 
257 aa  47.8  0.0005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1939  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  43.08 
 
 
375 aa  47.8  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000888828  hitchhiker  0.0000001156 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2825  DNA methylase N-4/N-6  36.96 
 
 
373 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0642  hypothetical protein  27.73 
 
 
435 aa  47  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1717  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  19.08 
 
 
739 aa  47  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.0000410476  hitchhiker  0.00177802 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0407  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  36.99 
 
 
476 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2305  DNA methylase N-4/N-6  41.94 
 
 
304 aa  46.2  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1725  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.77 
 
 
524 aa  46.6  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110429  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3368  glycosyl transferase family protein  60.53 
 
 
679 aa  46.2  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00886374 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0591  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.29 
 
 
308 aa  45.8  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000342774  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3423  hypothetical protein  30.63 
 
 
256 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.29 
 
 
308 aa  45.8  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000183696  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0894  hypothetical protein  31.86 
 
 
445 aa  45.1  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.118931  hitchhiker  0.00000342492 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2226  hypothetical protein  44.68 
 
 
467 aa  45.1  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.113996  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3922  hypothetical protein  31.76 
 
 
439 aa  44.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0070396  normal  0.271721 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3873  hypothetical protein  31.76 
 
 
439 aa  44.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2761  adenine-specific DNA methylase  34.78 
 
 
892 aa  44.7  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4038  putative RNA methylase  27.35 
 
 
483 aa  44.7  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3275  adenine-specific DNA methylase  40.68 
 
 
596 aa  44.7  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.762851  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0374  hypothetical protein  32.65 
 
 
146 aa  44.7  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000208638  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0913  site-specific DNA-methyltransferase  57.58 
 
 
173 aa  44.3  0.006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0114  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  41.38 
 
 
353 aa  44.3  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1948  hypothetical protein  36 
 
 
731 aa  44.3  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.156697  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3798  putative RNA methylase  32.31 
 
 
495 aa  43.5  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>