133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3857 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3857  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 614 aa  1228    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000427762  unclonable  0.0000151298 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0561  amino acid permease-associated region  91.04 
 
 		 614 aa  1108    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0441544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1201  amino acid permease-associated region  62.94 
 
 		 615 aa  738    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0215506 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1191  amino acid permease-associated region  50.55 
 
 		 627 aa  607  9.999999999999999e-173  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000300657  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4342  amino acid permease-associated region  51.62 
 
 		 611 aa  581  1e-164  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.676732  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0032  hypothetical protein  47.8 
 
 		 693 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2022  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  47.09 
 
 		 781 aa  538  1e-151  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8083  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4627  amino acid permease  46.12 
 
 		 608 aa  536  1e-151  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.486141  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2069  hypothetical protein  50.24 
 
 		 672 aa  531  1e-149  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000284344  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1880  hypothetical protein  46.68 
 
 		 608 aa  524  1e-147  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000195786  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3464  hypothetical protein  46.52 
 
 		 608 aa  523  1e-147  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000852812  decreased coverage  4.4181400000000004e-23 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1112  hypothetical protein  48.14 
 
 		 612 aa  520  1e-146  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0727554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1068  hypothetical protein  46.77 
 
 		 611 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1324  hypothetical protein  46.43 
 
 		 668 aa  502  1e-141  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.112475  normal  0.347698 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1921  hypothetical protein  46.68 
 
 		 608 aa  502  1e-141  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0058200000000004e-24 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1697  amino acid permease  46.52 
 
 		 608 aa  497  1e-139  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000377076  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1740  amino acid permease  46.35 
 
 		 608 aa  497  1e-139  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000902487  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1994  hypothetical protein  46.35 
 
 		 608 aa  496  1e-139  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000355688  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1966  hypothetical protein  46.19 
 
 		 608 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000121839  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1113  hypothetical protein  43.58 
 
 		 608 aa  492  1e-137  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4526  amino acid transporter  45.02 
 
 		 655 aa  489  1e-137  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0966094  normal  0.421958 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1210  amino acid permease  45.63 
 
 		 585 aa  490  1e-137  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.177071  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1714  putative aminoacid/polyamine transporter, permease protein  44.74 
 
 		 683 aa  487  1e-136  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.553207  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1878  amino acid transporter  43.82 
 
 		 677 aa  484  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.148156  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1642  putative transporter  43.21 
 
 		 654 aa  485  1e-135  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.05725  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5190  hypothetical protein  43.5 
 
 		 731 aa  483  1e-135  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.01905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2187  amino acid permease-associated region  44.57 
 
 		 664 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798252 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2018  hypothetical protein  41.68 
 
 		 609 aa  477  1e-133  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0010431  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2198  amino acid permease-associated region  44.41 
 
 		 664 aa  477  1e-133  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2244  amino acid permease-associated region  44.41 
 
 		 664 aa  477  1e-133  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1522  hypothetical protein  45.17 
 
 		 674 aa  475  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579036  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1635  putative transporter  42.9 
 
 		 658 aa  475  1e-133  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000053335 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2466  hypothetical protein  40.9 
 
 		 609 aa  473  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000341492  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2515  hypothetical protein  40.9 
 
 		 609 aa  473  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000264968  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2258  amino acid transporter  43.94 
 
 		 672 aa  474  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.186562  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3755  amino acid transporter  45.01 
 
 		 682 aa  474  1e-132  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000328435  normal  0.279832 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1487  hypothetical protein  44.3 
 
 		 696 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.479036  normal  0.671369 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1397  hypothetical protein  44.34 
 
 		 674 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2284  hypothetical protein  43.53 
 
 		 681 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.225884 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3408  amino acid permease-associated region  44.22 
 
 		 750 aa  465  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.492526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1452  hypothetical protein  44.62 
 
 		 691 aa  463  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.000394394  normal  0.0118097 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1709  hypothetical protein  44.13 
 
 		 667 aa  462  1e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.71467  normal  0.0434218 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2474  amino acid permease-associated region  43.38 
 
 		 664 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0436881  normal  0.698819 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12705  alanine, valine and leucine rich integral membrane protein  44.3 
 
 		 657 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1601  amino acid transporter  41.51 
 
 		 636 aa  460  9.999999999999999e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.654948  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2243  amino acid transporter-like protein  40.93 
 
 		 629 aa  461  9.999999999999999e-129  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1974  amino acid transporter-like protein  40.65 
 
 		 629 aa  457  1e-127  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2902  putative transporter  41 
 
 		 685 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6758  hypothetical protein  43.63 
 
 		 704 aa  454  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0797924 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0699  amino acid transporter-like protein  41.02 
 
 		 627 aa  453  1.0000000000000001e-126  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000494308  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3926  amino acid permease-associated region  43.76 
 
 		 664 aa  449  1e-125  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.036267  normal  0.618812 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16180  hypothetical protein  41.88 
 
 		 672 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1503  amino acid transporter  40.68 
 
 		 614 aa  441  9.999999999999999e-123  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0415343  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1943  putative transporter  43.32 
 
 		 678 aa  442  9.999999999999999e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630635  normal  0.0235121 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1190  amino acid permease-associated region  43.23 
 
 		 653 aa  438  1e-121  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000537417  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1404  amino acid permease  41.12 
 
 		 678 aa  435  1e-120  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.943899 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21241  amino acid transporter  43.67 
 
 		 615 aa  430  1e-119  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.97289 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1916  hypothetical protein  42.57 
 
 		 667 aa  414  1e-114  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.635201  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1563  putative transporter  41.99 
 
 		 677 aa  415  1e-114  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.117047  normal  0.694586 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1638  amino acid transporter  39 
 
 		 615 aa  412  1e-113  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0357  amino acid permease-associated region  40.23 
 
 		 612 aa  411  1e-113  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000770343  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0002  hypothetical protein  42.13 
 
 		 622 aa  411  1e-113  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000285538  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1791  amino acid transporter  41.06 
 
 		 614 aa  394  1e-108  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0243869  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1922  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  40.4 
 
 		 777 aa  362  9e-99  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1194  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  39 
 
 		 774 aa  359  9.999999999999999e-98  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.701127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4183  putative aminoacid/polyamine transporter, permease protein  38.18 
 
 		 647 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1503  putative aminoacid/polyamine transporter, permease protein  38.32 
 
 		 619 aa  338  9.999999999999999e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7673  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  35.13 
 
 		 815 aa  325  2e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803412  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1747  hypothetical protein  50 
 
 		 365 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.119292  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1443  amino acid permease-associated region  43.39 
 
 		 470 aa  264  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.839992  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13060  amino acid transporter  31.5 
 
 		 650 aa  214  3.9999999999999995e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0101784  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1726  amino acid permease, C-terminal  42.8 
 
 		 272 aa  193  8e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0922786  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1725  amino acid permease, central region  48.62 
 
 		 253 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.759722  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2571  amino acid transporter-like  30.98 
 
 		 656 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.715012 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3101  amino acid transporter-like protein  32.26 
 
 		 685 aa  181  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2448  amino acid permease-associated region  29.75 
 
 		 713 aa  178  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0321394 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2826  hypothetical protein  29.75 
 
 		 713 aa  178  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1593  amino acid transporter-like protein  28.31 
 
 		 657 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0942  amino acid transporter-like protein  31.5 
 
 		 680 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.589203  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3262  amino acid permease-associated region  28.71 
 
 		 657 aa  159  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0945  amino acid transporter-like protein  30.92 
 
 		 680 aa  158  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1748  hypothetical protein  37.61 
 
 		 218 aa  142  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0151353  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0024  lysine-specific permease  29.96 
 
 		 647 aa  140  7.999999999999999e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1995  hypothetical protein  29.96 
 
 		 647 aa  140  7.999999999999999e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1041  amino acid permease-associated region  32.73 
 
 		 657 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1038  amino acid permease-associated region  32.73 
 
 		 657 aa  117  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0979  amino acid permease-associated region  32.28 
 
 		 655 aa  103  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.696975  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1724  amino acid permease, N-terminal  45 
 
 		 101 aa  90.5  8e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0530  amino acid permease-associated region  24.04 
 
 		 443 aa  63.5  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0587  amino acid permease-associated region  24.04 
 
 		 443 aa  62  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0535  amino acid permease-associated region  23.69 
 
 		 443 aa  62  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3809  amino acid permease-associated region  23.69 
 
 		 443 aa  60.8  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4081  amino acid permease  24.74 
 
 		 443 aa  59.3  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0509  amino acid permease-associated region  23.69 
 
 		 443 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  23.69 
 
 		 443 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1760  amino acid permease-associated region  23.34 
 
 		 456 aa  56.2  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  23.69 
 
 		 443 aa  55.5  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  23.69 
 
 		 443 aa  55.5  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1196  amino acid permease-associated region  24.06 
 
 		 455 aa  55.5  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2033  amino acid permease-associated region  23.34 
 
 		 459 aa  55.5  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>