More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3638 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3638  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 503 aa  951    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0500  secretion protein HlyD family protein  73.16 
 
 		 502 aa  640    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1544  secretion protein HlyD family protein  40.97 
 
 		 504 aa  246  9.999999999999999e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.7 
 
 		 608 aa  239  8e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3213  multidrug resistance efflux pump-like protein  42.04 
 
 		 502 aa  233  5e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2709  multidrug resistance efflux pump-like protein  39.57 
 
 		 501 aa  228  3e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.64951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  37.04 
 
 		 621 aa  206  8e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2731  secretion protein HlyD family protein  41 
 
 		 497 aa  194  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0355  secretion protein HlyD family protein  37.5 
 
 		 520 aa  171  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000356343  hitchhiker  0.000000558214 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  38.14 
 
 		 621 aa  166  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1602  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 641 aa  148  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0268  RND family efflux transporter MFP subunit  40.31 
 
 		 587 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0795166 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  40.22 
 
 		 586 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117926 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2438  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.24 
 
 		 586 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.2 
 
 		 509 aa  110  7.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4169  secretion protein HlyD family protein  36.86 
 
 		 477 aa  94.4  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00575947  hitchhiker  0.00428587 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 631 aa  89.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.68 
 
 		 504 aa  81.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2104  secretion protein HlyD family protein  31.69 
 
 		 541 aa  77  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4302  secretion protein HlyD family protein  36.29 
 
 		 477 aa  76.3  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.358477  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0177  secretion protein HlyD family protein  27.79 
 
 		 514 aa  73.2  0.000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.624945  normal  0.250507 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4357  H+transporting two-sector ATPase delta/epsilon subunit  28.54 
 
 		 514 aa  73.2  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0535  hypothetical protein  42.22 
 
 		 222 aa  72.4  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  24.51 
 
 		 517 aa  71.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 500 aa  72  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1441  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 634 aa  71.2  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2093  ABC exporter membrane fusion protein, DevB family  25.33 
 
 		 428 aa  70.1  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000985853 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0010  ABC exporter membrane fusion protein, DevB family  25.49 
 
 		 439 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.860595 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  28.34 
 
 		 422 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3151  secretion protein HlyD family protein  28.23 
 
 		 533 aa  67.4  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2026  secretion protein HlyD family protein  29.15 
 
 		 401 aa  66.6  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705126  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2825  RND family efflux transporter subunit MFP  30.17 
 
 		 500 aa  66.2  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.708608  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 467 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  26.53 
 
 		 607 aa  64.7  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0790  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.34 
 
 		 521 aa  64.3  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5521  secretion protein HlyD family protein  38.83 
 
 		 468 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0734962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2735  secretion protein HlyD family protein  29.76 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.479552 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  27.73 
 
 		 411 aa  64.3  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1382  secretion protein HlyD family protein  30.71 
 
 		 340 aa  63.9  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.396008  hitchhiker  0.000481704 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  31.34 
 
 		 350 aa  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  30.63 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  31.08 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  31.08 
 
 		 387 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  31.71 
 
 		 343 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  29.82 
 
 		 348 aa  63.5  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  31.71 
 
 		 343 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  31.71 
 
 		 343 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  31.71 
 
 		 343 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  31.71 
 
 		 343 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  31.71 
 
 		 343 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  31.71 
 
 		 343 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 		 377 aa  62  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  31.86 
 
 		 344 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7064  hypothetical protein  33.33 
 
 		 340 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.333673  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6154  secretion protein HlyD family protein  32.26 
 
 		 470 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.18096 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1283  secretion protein HlyD  32.26 
 
 		 475 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277079  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6548  secretion protein HlyD family protein  32.26 
 
 		 475 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 		 432 aa  62  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0508  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 		 444 aa  61.6  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000010598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  31.22 
 
 		 343 aa  62  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.08 
 
 		 419 aa  61.2  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  30.42 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  31.86 
 
 		 355 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1902  secretion protein HlyD  26.97 
 
 		 395 aa  60.5  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0432629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2316  secretion protein HlyD family protein  27.39 
 
 		 533 aa  60.8  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  26.91 
 
 		 467 aa  59.7  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.92 
 
 		 481 aa  59.7  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 399 aa  59.3  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.09 
 
 		 466 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1100  secretion protein HlyD family protein  34.82 
 
 		 443 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0175972 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  31.53 
 
 		 404 aa  58.5  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.73 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  35.71 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2861  secretion protein HlyD  33.91 
 
 		 489 aa  58.2  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4410  secretion protein HlyD family protein  26.89 
 
 		 370 aa  58.5  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1327  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  27.8 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0719402  normal  0.0222089 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1008  secretion protein HlyD  26.91 
 
 		 463 aa  58.5  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.387294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  32.95 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 496 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 466 aa  58.5  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1719  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 517 aa  58.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0477  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  29.85 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1765  secretion protein HlyD family protein  33.72 
 
 		 541 aa  57.4  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.186436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 		 516 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.42 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.94 
 
 		 496 aa  57.4  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 429 aa  57.4  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  25.83 
 
 		 510 aa  57  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0621  secretion protein HlyD  27.8 
 
 		 710 aa  56.6  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.749458  normal  0.582939 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0460  hypothetical protein  29.13 
 
 		 513 aa  56.6  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.761759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0094  secretion protein HlyD family protein  30.77 
 
 		 328 aa  56.6  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6561  secretion protein HlyD family protein  31.46 
 
 		 397 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0560581  normal  0.0514365 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  30.9 
 
 		 405 aa  56.6  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0212  secretion protein HlyD family protein  28.63 
 
 		 536 aa  56.2  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  33.09 
 
 		 449 aa  56.6  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21240  multidrug resistance efflux pump  27.63 
 
 		 536 aa  56.2  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>