28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3023 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_2152  hypothetical protein  80.9 
 
 
513 aa  807    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0167915  hitchhiker  0.00298164 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3023  hypothetical protein  100 
 
 
516 aa  1036    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698448  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1250  hypothetical protein  46.97 
 
 
504 aa  364  2e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1476  hypothetical protein  31.03 
 
 
496 aa  199  7e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1712  beta-lactamase  27.59 
 
 
576 aa  72  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0280  Beta-lactamase  25.95 
 
 
353 aa  64.7  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3212  beta-lactamase  24.91 
 
 
304 aa  58.5  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184009 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2379  VanW family protein  32.32 
 
 
675 aa  57.8  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.548137 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3104  beta-lactamase  20.93 
 
 
292 aa  56.2  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0156614  normal  0.401813 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2755  VanW family protein  29.19 
 
 
670 aa  55.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251322  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2092  penicillin-binding protein, transpeptidase  22.92 
 
 
424 aa  51.2  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00783255  hitchhiker  0.00000266476 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4223  beta-lactamase  24.03 
 
 
508 aa  49.7  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0316  beta-lactamase  26.36 
 
 
315 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00360568 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4774  beta-lactamase  22.07 
 
 
442 aa  47.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167145 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3361  beta-lactamase  40.43 
 
 
282 aa  47.8  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282427 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4151  beta-lactamase  23.41 
 
 
300 aa  47.4  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.433565 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3133  beta-lactamase  37.5 
 
 
283 aa  47  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1408  penicillin-binding protein, transpeptidase  23.77 
 
 
504 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1300  VanW family protein  19.38 
 
 
491 aa  45.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00126458  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3334  Beta-lactamase  24.57 
 
 
349 aa  45.8  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3876  beta-lactamase  22.76 
 
 
468 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0589748 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4437  VanW family protein  30.48 
 
 
503 aa  45.1  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2055  peptidoglycan-binding LysM  25.42 
 
 
333 aa  45.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000227262  normal  0.0328069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6176  beta-lactamase  23.22 
 
 
286 aa  45.1  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0566092 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6965  VanW family protein  35.48 
 
 
892 aa  44.3  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3134  PT repeat-containing protein  46.77 
 
 
371 aa  43.9  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1099  VanW family protein  25.74 
 
 
458 aa  43.5  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0429527  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  35.59 
 
 
662 aa  43.5  0.009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>