34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2511 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2511  FG-GAP repeat-containing protein  100 
 
 
785 aa  1565    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.377601  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2753  FG-GAP repeat-containing protein  80.74 
 
 
797 aa  1122    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0837  FG-GAP repeat protein  30.51 
 
 
895 aa  92  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6339  FG-GAP repeat protein  22 
 
 
406 aa  66.2  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0738  VCBS  32.39 
 
 
8871 aa  64.3  0.000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3793  FG-GAP repeat protein  25.27 
 
 
616 aa  59.3  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.361837  normal  0.627526 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4537  FG-GAP repeat-containing protein  21.91 
 
 
402 aa  59.3  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.578932 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2980  integrin-like protein  23.13 
 
 
1126 aa  57.4  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16679  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2050  FG-GAP repeat protein  22.94 
 
 
1437 aa  54.3  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2320  FG-GAP repeat-containing protein  25.12 
 
 
437 aa  53.9  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0600513  normal  0.0195588 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3417  esterase  27.72 
 
 
379 aa  53.9  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745885  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1928  FG-GAP repeat-containing protein  29.47 
 
 
872 aa  53.5  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1753  FG-GAP repeat-containing protein  21.77 
 
 
768 aa  54.3  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000543044  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0487  hypothetical protein  28.26 
 
 
438 aa  52.8  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153415 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1785  FG-GAP repeat protein  23.63 
 
 
413 aa  49.7  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.320028  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1819  PKD domain containing protein  25.64 
 
 
3197 aa  48.5  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1655  FG-GAP repeat-containing protein  25.56 
 
 
389 aa  48.5  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.418657  normal  0.573557 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0666  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  32.06 
 
 
891 aa  48.5  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0593  hypothetical protein  32.08 
 
 
435 aa  48.1  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2327  FG-GAP repeat-containing protein  25.79 
 
 
803 aa  48.1  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.50278  decreased coverage  0.00347389 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3594  integrin-like protein  25.57 
 
 
485 aa  48.1  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0727  Integrins alpha chain  25.41 
 
 
447 aa  47.4  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000587794  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2985  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.22 
 
 
620 aa  47  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0890  hypothetical protein  28.63 
 
 
646 aa  46.6  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1941  hypothetical protein  33.55 
 
 
758 aa  47  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  22.44 
 
 
2807 aa  45.8  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2431  FG-GAP repeat protein  24.6 
 
 
3197 aa  45.4  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3715  FG-GAP repeat-containing protein  22.28 
 
 
514 aa  45.4  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0123481  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3146  FG-GAP repeat protein  28.57 
 
 
1337 aa  45.1  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  23.8 
 
 
1019 aa  45.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3929  FG-GAP repeat protein  27.39 
 
 
407 aa  44.7  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3235  hypothetical protein  27.97 
 
 
433 aa  44.7  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.131653 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2527  FG-GAP repeat protein  22.27 
 
 
1433 aa  44.3  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000205902  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1597  hypothetical protein  28.8 
 
 
1289 aa  44.3  0.009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>