31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0866 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0866  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 
328 aa  666    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00770341  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0626  uroporphyrinogen decarboxylase  86.32 
 
 
333 aa  573  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.464405  normal  0.107991 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5441  uroporphyrinogen decarboxylase  37.46 
 
 
334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104198  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2260  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  35.4 
 
 
330 aa  186  4e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000313707  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3790  hypothetical protein  27.95 
 
 
312 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0647935 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  25.29 
 
 
372 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0134  uroporphyrinogen-III decarboxylase  32.52 
 
 
343 aa  74.3  0.000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26140  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0135  uroporphyrinogen-III decarboxylase  20.06 
 
 
333 aa  66.2  0.0000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.41 
 
 
342 aa  62.8  0.000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  23.12 
 
 
363 aa  60.5  0.00000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0838  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.99 
 
 
342 aa  60.1  0.00000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  23.99 
 
 
357 aa  57.8  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  22.83 
 
 
363 aa  58.2  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3639  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.16 
 
 
339 aa  57.4  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.739876  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0808  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.64 
 
 
338 aa  56.6  0.0000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  24.64 
 
 
349 aa  55.8  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  22.54 
 
 
363 aa  55.8  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2100  methyltransferase MtaA/CmuA  24.93 
 
 
350 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1054  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.36 
 
 
339 aa  54.7  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1825  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.41 
 
 
342 aa  53.9  0.000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0841  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  19.94 
 
 
339 aa  52.4  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0419  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.41 
 
 
348 aa  50.8  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.919138  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  22.86 
 
 
375 aa  51.2  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2082  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.33 
 
 
344 aa  50.8  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0196  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  23.21 
 
 
335 aa  48.1  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.343296  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.08 
 
 
345 aa  48.5  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2102  methyltransferase MtaA/CmuA  21.25 
 
 
338 aa  47.8  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2358  hypothetical protein  18.31 
 
 
335 aa  47.4  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  23.93 
 
 
356 aa  46.6  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2989  uroporphyrinogen decarboxylase  33.33 
 
 
356 aa  45.4  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>