More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0040 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0040  ABC transporter related  100 
 
 
550 aa  1098    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0353  ABC transporter related  36.78 
 
 
575 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1641  ABC transporter, transmembrane region, type 1  37.4 
 
 
574 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2748  cysteine ABC transporter permease/ATP-binding protein CydD  38.32 
 
 
552 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.507813  normal  0.959426 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0188  ABC transporter related  36.15 
 
 
611 aa  312  1e-83  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.55078  normal  0.567105 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0190  ABC transporter related  35.26 
 
 
608 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0603074  normal  0.304644 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2097  ABC transporter related  35.05 
 
 
636 aa  304  3.0000000000000004e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0822  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD  37.15 
 
 
579 aa  303  8.000000000000001e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00702953  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2510  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  33.27 
 
 
577 aa  301  2e-80  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00122809  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1312  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD  34.03 
 
 
589 aa  299  8e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000743018  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0340  ABC transporter related  34.48 
 
 
580 aa  298  2e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0473  ATPase  37.99 
 
 
588 aa  296  7e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0716  ATPase  36.02 
 
 
582 aa  294  3e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0698  ABC transporter, transmembrane region, type 1  36.38 
 
 
579 aa  293  7e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.717868  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1388  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD  36.63 
 
 
577 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.96198  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1109  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD  36.63 
 
 
585 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1292  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD  34.5 
 
 
590 aa  290  5.0000000000000004e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0216  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  33.21 
 
 
575 aa  288  2e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1665  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD  34.43 
 
 
578 aa  286  7e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0230718  normal  0.637803 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0193  ABC transporter related  38.12 
 
 
629 aa  283  4.0000000000000003e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.639764  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0215  multidrug resistance protein 1  32.85 
 
 
575 aa  283  8.000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1962  ABC efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  35.27 
 
 
1201 aa  279  8e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072256  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3493  ABC transporter related  36.36 
 
 
1179 aa  279  9e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0352  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC- E) family, permease/ATP-binding protein CydD  36.72 
 
 
553 aa  278  2e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1786  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD  33.13 
 
 
580 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.540323  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3278  ABC transporter, transmembrane region, type 1  37.17 
 
 
579 aa  274  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0272  ABC transporter related  32.48 
 
 
578 aa  272  1e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.933843  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0636  ABC transporter, ATP-binding protein  36.06 
 
 
604 aa  267  4e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0195026  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10350  cysteine export CydDC family ABC transporter permease subunit/ATP-binding protein CydC  33.94 
 
 
1205 aa  266  5e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.247589  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0797  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  34.12 
 
 
632 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4285  ABC transporter related  36.17 
 
 
1179 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4081  ABC transporter, transmembrane region, type 1  36.17 
 
 
1179 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3442  cysteine ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.64 
 
 
1179 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.507362  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2746  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  32.85 
 
 
627 aa  259  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0546982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4342  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  31.73 
 
 
639 aa  257  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180584  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4490  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  32.04 
 
 
641 aa  256  9e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01535  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.49 
 
 
583 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0041  ABC transporter, transmembrane region, type 1  34.96 
 
 
594 aa  254  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0191  ABC transporter related  32.48 
 
 
579 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.059505  normal  0.523004 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0507  cysteine ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.55 
 
 
561 aa  254  3e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0332  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  37.26 
 
 
586 aa  254  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0989  lipid A ABC exporter family, fused ATPase and inner membrane subunits  33.94 
 
 
634 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2302  ABC transporter related protein  32.39 
 
 
582 aa  254  4.0000000000000004e-66  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1432  ABC transporter related protein  31.71 
 
 
661 aa  253  5.000000000000001e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.590543  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0767  ABC transporter CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family permease/ATP-binding protein CydD  35.17 
 
 
559 aa  253  9.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190762  normal  0.0958953 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  33.09 
 
 
609 aa  252  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2559  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  31.67 
 
 
606 aa  251  2e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4432  ABC transporter related  32.93 
 
 
601 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3174  ABC transporter related  33.33 
 
 
601 aa  250  4e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1896  ABC transporter related  33.26 
 
 
572 aa  250  5e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.332587  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2944  ABC transporter related  33.33 
 
 
601 aa  250  5e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  32.72 
 
 
575 aa  249  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  31.91 
 
 
579 aa  248  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1519  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.55 
 
 
581 aa  248  2e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3544  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  33.03 
 
 
629 aa  248  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003987  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  31.05 
 
 
582 aa  248  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0918  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  34.21 
 
 
616 aa  247  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.624051  normal  0.180079 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1455  ABC transporter related  32.13 
 
 
583 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.490863  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0649  ABC transporter transmembrane region  31.67 
 
 
597 aa  246  6e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.564007  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0624  ABC transporter, transmembrane region  31.67 
 
 
597 aa  246  6.999999999999999e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6942  ABC transporter ATP-binding protein  33.54 
 
 
619 aa  246  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.676963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2458  ABC transporter CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family permease/ATP-binding protein CydD  33.21 
 
 
623 aa  246  8e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.655981  normal  0.50136 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1402  ATPase  34.41 
 
 
619 aa  245  9.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.387875  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.84 
 
 
583 aa  246  9.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.24 
 
 
582 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  30.1 
 
 
582 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  35.54 
 
 
618 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.3 
 
 
582 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2584  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  31.19 
 
 
600 aa  244  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.544743  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.3 
 
 
582 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.3 
 
 
582 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.3 
 
 
582 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  32.3 
 
 
582 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2189  ABC transporter related protein  33.12 
 
 
572 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.480877  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  31.97 
 
 
597 aa  244  3.9999999999999997e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0823  ABC transporter, transmembrane region, type 1  35.06 
 
 
558 aa  244  3.9999999999999997e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0882917 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0738  cysteine ABC transporter permease/ATP-binding protein CydD  35.43 
 
 
594 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0224002 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.05 
 
 
582 aa  243  5e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  31.14 
 
 
609 aa  243  5e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2736  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC- E) family, permease/ATP-binding protein CydD  34.53 
 
 
562 aa  243  5e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.05 
 
 
582 aa  243  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.05 
 
 
582 aa  243  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  31.11 
 
 
575 aa  242  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  30.96 
 
 
591 aa  242  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  31.55 
 
 
582 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  31.55 
 
 
582 aa  241  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.55 
 
 
582 aa  241  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.72 
 
 
582 aa  241  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.55 
 
 
582 aa  241  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.55 
 
 
582 aa  241  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.55 
 
 
582 aa  241  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.55 
 
 
582 aa  241  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.55 
 
 
582 aa  241  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  31.55 
 
 
582 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.31 
 
 
582 aa  241  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1557  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  31.19 
 
 
602 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2674  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.8 
 
 
602 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0832532  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  31.31 
 
 
597 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11901  multidrug ABC transporter  32.73 
 
 
590 aa  240  4e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0828  ABC transporter related  32.73 
 
 
596 aa  240  4e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.61579  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>