17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6295 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007972  Rmet_6295  hypothetical protein  100 
 
 
195 aa  393  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.196733  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4231  putative lipoprotein  43.59 
 
 
157 aa  99  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.855851 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4758  hypothetical protein  40.66 
 
 
147 aa  78.6  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5551  hypothetical protein  30.1 
 
 
183 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0612444 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7242  hypothetical protein  40 
 
 
161 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6565  hypothetical protein  32.53 
 
 
176 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3706  hypothetical protein  35.29 
 
 
250 aa  57.4  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5908  hypothetical protein  28.4 
 
 
337 aa  48.5  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.404054  normal  0.0547842 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2258  PilL domain-containing protein  33.02 
 
 
199 aa  47.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5664  hypothetical protein  29.35 
 
 
386 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  hitchhiker  0.00919301 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5881  hypothetical protein  29.35 
 
 
412 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.746797 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1518  hypothetical protein  37.25 
 
 
377 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.612277  normal  0.106236 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0657  PilL domain-containing protein  28.21 
 
 
189 aa  44.7  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2174  PilL domain-containing protein  28.21 
 
 
189 aa  44.7  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000606761  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1611  PilL domain-containing protein  28.21 
 
 
189 aa  44.7  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.150849  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1978  PilL domain-containing protein  28.21 
 
 
189 aa  44.7  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00413738  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5454  hypothetical protein  29.73 
 
 
424 aa  41.6  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131248  decreased coverage  0.00950425 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>