More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6110 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1741  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  73.96 
 
 
461 aa  649    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.300317  normal  0.393073 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6110  two component sensor CopS  100 
 
 
463 aa  942    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.639029  normal  0.117602 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2491  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  68.14 
 
 
465 aa  617  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1717  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  60.93 
 
 
465 aa  571  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.509729  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5334  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  60.93 
 
 
465 aa  571  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1781  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  61.01 
 
 
465 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.639681  normal  0.950825 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0654  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  60 
 
 
466 aa  554  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.688778 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5673  two-component regulatory system sensory histidine kinase  61.32 
 
 
462 aa  549  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1842  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  60.26 
 
 
456 aa  530  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000009553 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5098  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  59.82 
 
 
456 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0940065 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1460  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  48.36 
 
 
461 aa  435  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2726  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  49.02 
 
 
467 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2202  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  49.45 
 
 
467 aa  420  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2258  heavy metal sensor kinase  43.98 
 
 
463 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0423  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  43.76 
 
 
462 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1698  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  42.46 
 
 
450 aa  342  9e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00295991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3585  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  41.3 
 
 
449 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2157  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  41.04 
 
 
450 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0224758 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1750  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.63 
 
 
463 aa  329  5.0000000000000004e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.810132 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1674  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  40.74 
 
 
445 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273968  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3856  heavy metal sensor Signal transduction histidine Kinases (STHK)  40.35 
 
 
446 aa  316  6e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.228266  normal  0.918767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5384  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 
469 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.951659 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2235  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
458 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00733846  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5177  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 
468 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.477019  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2347  putative two-component sensor  39.13 
 
 
443 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.508121  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15520  heavy metal sensor histidine protein kinase, two-component  40.57 
 
 
431 aa  305  8.000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27800  putative two-component sensor  38.91 
 
 
443 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0018  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 
468 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0336909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0020  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 
468 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426505  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0018  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 
468 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4056  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  40.13 
 
 
467 aa  300  5e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2166  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  39.7 
 
 
455 aa  297  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1949  putative 2-component sensor protein  37.85 
 
 
470 aa  297  3e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.610571  normal  0.744525 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0452  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  36.88 
 
 
477 aa  296  4e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1209  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  42.42 
 
 
475 aa  295  2e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3059  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
480 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0650  sensor kinase CusS  36.44 
 
 
482 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0587  sensor kinase CusS  36.23 
 
 
480 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.807455  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0617  sensor kinase CusS  36.02 
 
 
482 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00400896  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0588  sensor kinase CusS  36.02 
 
 
482 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.595932  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3986  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
467 aa  282  8.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00531  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with CusR, senses copper ions  35.81 
 
 
482 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3076  sensor kinase CusS  35.81 
 
 
482 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00314  sensory histidine kinase in two-component region  35.53 
 
 
468 aa  280  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2336  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 
473 aa  280  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1498  heavy metal sensor kinase  38.51 
 
 
459 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00520  hypothetical protein  35.97 
 
 
475 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0198  two-component system sensor protein, histidine kinase  33.7 
 
 
446 aa  269  7e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00722417  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4295  sensor kinase CusS  32.63 
 
 
491 aa  266  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00378559  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0257  sensor kinase CusS  32.77 
 
 
491 aa  265  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3962  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
480 aa  265  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179515  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2473  heavy metal sensor kinase  36.68 
 
 
455 aa  261  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3427  sensor kinase CusS  32 
 
 
491 aa  258  1e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001640  signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
461 aa  258  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0488  transmembrane sensory transduction histidine kinase for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  35.1 
 
 
465 aa  256  5e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.637109  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3411  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  33.12 
 
 
466 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.648729  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4466  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
480 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.785894  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1499  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  34.83 
 
 
474 aa  244  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3259  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 
462 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00819393  normal  0.0763736 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3963  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
487 aa  243  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.921338  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5743  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  38.67 
 
 
493 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0671163  normal  0.699165 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5987  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  39.05 
 
 
493 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3625  heavy metal sensor Signal transduction histidine Kinases (STHK)  40.94 
 
 
469 aa  238  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1437  heavy metal sensor histidine kinase  39.06 
 
 
460 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4284  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  39.06 
 
 
460 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.677034  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4799  heavy metal sensor kinase  39.34 
 
 
463 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00192956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4370  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  39.69 
 
 
460 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0947817 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4557  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  41.82 
 
 
458 aa  229  7e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1173  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  38.96 
 
 
477 aa  229  7e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.174496  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64580  putative two-component sensor  38.91 
 
 
463 aa  227  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0379  heavy metal sensor histidine kinase  38.14 
 
 
463 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1390  heavy metal sensor signal transduction histidine kinases (STHK)  41.99 
 
 
486 aa  226  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.171617  normal  0.0652921 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1752  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
469 aa  226  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.699365  normal  0.0232654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0835  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
465 aa  226  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436383  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5223  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
486 aa  225  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1306  heavy metal sensor histidine kinase  31.22 
 
 
454 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5609  putative two-component sensor  38.6 
 
 
463 aa  223  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0030  sensor histidine kinase  40.49 
 
 
472 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4392  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
470 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.823407 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3721  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  41.02 
 
 
481 aa  221  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1126  heavy metal sensor kinase  36.08 
 
 
454 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470151  normal  0.220682 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4934  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 
466 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.602259  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0047  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  40.14 
 
 
472 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0750608  normal  0.18051 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0044  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  40.14 
 
 
472 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000181227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0044  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  40.14 
 
 
472 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293183  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2769  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 
472 aa  220  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157879  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0527  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  32.98 
 
 
477 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1504  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 
486 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0798501  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6325  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 
486 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0648757  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2947  sensor histidine kinase  33.19 
 
 
475 aa  218  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1377  sensor protein irlS  31.51 
 
 
464 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598293  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5977  sensor histidine kinase  32.31 
 
 
476 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000115745  normal  0.0809179 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1759  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
476 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804267  normal  0.497345 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31950  putative two-component sensor  37.34 
 
 
472 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.578717  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2713  putative two-component sensor  37.34 
 
 
471 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0538735  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1509  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
471 aa  216  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2429  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 
474 aa  216  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748  heavy metal sensor signal transduction histidine kinases (STHK)  31.28 
 
 
466 aa  216  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.050043  normal  0.338144 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3107  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 
447 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0375  sensor protein irlS  32.55 
 
 
483 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.216431  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>