More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5679 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5316  Integrase catalytic region  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5973  transposase catalytic site ISRme3  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.291095  normal  0.0449823 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6074  transposase catalytic site ISRme3  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.428813 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0031  integrase catalytic subunit  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1612  integrase catalytic subunit  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.853443  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3348  integrase catalytic subunit  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3771  transposase catalytic site ISRme3  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3942  transposase catalytic site ISRme3  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4659  transposase catalytic site ISRme3  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5452  transposase catalytic site ISRme3  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5679  transposase catalytic site ISRme3  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3928  Integrase catalytic region  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.210808 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3815  Integrase catalytic region  100 
 
 
297 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.382453 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3769  putative transposase  85.86 
 
 
296 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6588  integrase catalytic region  84.85 
 
 
296 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1846  putative transposase  74.75 
 
 
296 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0796912  normal  0.758368 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2087  putative IS3 family transposase orfB  74.75 
 
 
296 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.360317  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2544  IS3 family transposase orfB  74.75 
 
 
296 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.765664  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2735  putative IS3 transposase integrase  74.75 
 
 
296 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0386866 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3565  putative transposase  74.75 
 
 
296 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0131  putative transposase  74.75 
 
 
296 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0634  putative transposase  74.75 
 
 
296 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214662  normal  0.0414488 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2848  integrase catalytic subunit  71.38 
 
 
302 aa  450  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0587  ISMca2 transposase OrfB  71.43 
 
 
291 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000761461 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0571  ISMca2 transposase OrfB  71.43 
 
 
291 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.23921  normal  0.0300939 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0549  ISMca2 transposase OrfB  71.43 
 
 
291 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.151699  normal  0.0449666 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0185  ISMca2 transposase OrfB  71.43 
 
 
291 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.213513 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0070  ISMca2 transposase OrfB  71.43 
 
 
291 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0088066 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0004  ISMca2 transposase OrfB  71.43 
 
 
291 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0575577 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1059  ISMca2 transposase OrfB  71.43 
 
 
291 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.508465 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5327  Integrase catalytic region  64.58 
 
 
289 aa  387  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0628  Integrase catalytic region  64.58 
 
 
289 aa  387  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.2054 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5189  Integrase catalytic region  64.58 
 
 
289 aa  387  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.100014  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0281  ISMca2, transposase, OrfB  63.45 
 
 
291 aa  379  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0907  ISMca2, transposase, OrfB  63.45 
 
 
291 aa  379  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2445  putative IS3 type transposase integrase (orfB)  85.07 
 
 
226 aa  361  9e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00380003  normal  0.181797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4525  integrase catalytic subunit  61.43 
 
 
282 aa  358  7e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2765  integrase catalytic subunit  61.43 
 
 
282 aa  357  9.999999999999999e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189225  normal  0.0315769 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2526  integrase catalytic subunit  61.43 
 
 
282 aa  354  7.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4683  integrase catalytic subunit  61.07 
 
 
282 aa  354  7.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4709  integrase catalytic subunit  61.07 
 
 
282 aa  354  7.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.240732 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4892  integrase catalytic region  57.48 
 
 
296 aa  345  6e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4961  integrase catalytic region  57.48 
 
 
296 aa  345  6e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.764431  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0578  ISRSO8-transposase orfB protein  56.46 
 
 
296 aa  338  7e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1549  ISRSO8-transposase orfB protein  56.46 
 
 
296 aa  338  7e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2267  ISRSO8-transposase orfB protein  56.46 
 
 
296 aa  338  7e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.748248  normal  0.318024 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0548  ISRSO8-transposase orfB protein  56.46 
 
 
296 aa  338  7e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0105  integrase catalytic subunit  59.49 
 
 
273 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3810  integrase catalytic subunit  59.49 
 
 
273 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000660644 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2475  integrase catalytic subunit  65.47 
 
 
231 aa  315  4e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0180519  normal  0.0292129 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0673  putative integrase  56.81 
 
 
283 aa  299  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.700911 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0402  Integrase catalytic region  51.27 
 
 
281 aa  276  4e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.992853 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0186  hypothetical protein  45.7 
 
 
294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0198  hypothetical protein  45.7 
 
 
294 aa  275  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0570  hypothetical protein  45.7 
 
 
294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1111  hypothetical protein  45.7 
 
 
294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1576  hypothetical protein  45.7 
 
 
294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09750  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.14 
 
 
286 aa  272  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40520  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.3 
 
 
286 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20540  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.3 
 
 
286 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41860  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.3 
 
 
286 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16550  Integrase, catalytic domain-containing protein  49.3 
 
 
286 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6112  integrase catalytic region  47.75 
 
 
286 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.116632  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6050  integrase catalytic region  47.75 
 
 
286 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0378  integrase catalytic region  47.75 
 
 
286 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2570  integrase catalytic region  47.75 
 
 
286 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0561673  normal 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6485  integrase catalytic region  47.75 
 
 
286 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4851  ISSd1, transposase orfA/B, fusion  44.1 
 
 
379 aa  258  7e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13740  Integrase catalytic region  47.41 
 
 
277 aa  258  8e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000154434  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3714  Integrase catalytic region  44.56 
 
 
286 aa  257  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.0904484 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04112  hypothetical protein  44.1 
 
 
294 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3739  integrase catalytic region  46.34 
 
 
285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2892  Integrase catalytic region  45.13 
 
 
274 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2644  integrase catalytic subunit  47.93 
 
 
289 aa  252  6e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0116112  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1823  Integrase catalytic region  45.29 
 
 
270 aa  251  8.000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.484824  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1559  Integrase catalytic region  45.29 
 
 
270 aa  251  8.000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1989  integrase catalytic subunit  48.28 
 
 
289 aa  251  9.000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.866629  normal  0.746727 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0552  integrase catalytic region  45.17 
 
 
286 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.602741  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3730  integrase catalytic region  45.17 
 
 
286 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0340  integrase catalytic region  45.17 
 
 
286 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0452  integrase catalytic region  45.17 
 
 
286 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3166  integrase catalytic region  45.95 
 
 
295 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0141846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4143  integrase catalytic region  45.95 
 
 
295 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2382  integrase catalytic region  45.95 
 
 
295 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0779  integrase catalytic region  45.95 
 
 
295 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000297948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1089  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
286 aa  250  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2281  integrase catalytic region  45.95 
 
 
295 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1961  integrase catalytic region  45.61 
 
 
295 aa  249  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0840  integrase catalytic region  44.83 
 
 
286 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1105  integrase catalytic region  44.83 
 
 
286 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4229  integrase catalytic region  44.83 
 
 
286 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0139  Integrase catalytic region  44.36 
 
 
280 aa  249  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3599  integrase catalytic region  44.83 
 
 
286 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3274  integrase catalytic region  44.83 
 
 
286 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4972  integrase catalytic region  44.83 
 
 
286 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.422508  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4250  integrase catalytic region  44.83 
 
 
286 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1032  integrase catalytic region  44.83 
 
 
286 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1943  integrase catalytic region  44.14 
 
 
286 aa  248  6e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2002  integrase catalytic region  44.14 
 
 
286 aa  248  6e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.709933  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1582  Integrase catalytic region  44.36 
 
 
280 aa  248  6e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>