More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5514 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5514  cyclopentanol dehydrogenase  100 
 
 
264 aa  532  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
250 aa  201  9e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.11 
 
 
250 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.18 
 
 
254 aa  191  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.96 
 
 
269 aa  187  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.157293  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
268 aa  182  5.0000000000000004e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
250 aa  182  5.0000000000000004e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
251 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3543  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.67 
 
 
259 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0883  putative dehydrogenase  43.07 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
244 aa  170  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3121  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.45 
 
 
267 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
250 aa  169  4e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
251 aa  166  4e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
246 aa  165  8e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  37.16 
 
 
249 aa  161  9e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1514  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
252 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  38.52 
 
 
258 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1368  short chain dehydrogenase  37.22 
 
 
261 aa  158  7e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
257 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
245 aa  158  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1174  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
252 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.252044 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
254 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161777  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
246 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1552  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
255 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
274 aa  152  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7115  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
253 aa  152  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.963222 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.4 
 
 
288 aa  152  4e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5975  NAD/NADP dependent oxidoreductase  40.46 
 
 
255 aa  152  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
248 aa  152  4e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0875  short chain dehydrogenase  41.79 
 
 
259 aa  152  5e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0875261  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
255 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.618168  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
262 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.161371  normal  0.29273 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
257 aa  152  8e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
261 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
256 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
251 aa  150  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
248 aa  150  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
256 aa  149  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
246 aa  149  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
259 aa  148  7e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.08 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  40.23 
 
 
260 aa  146  3e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.7 
 
 
246 aa  145  5e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
247 aa  145  5e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
251 aa  145  6e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
249 aa  145  6e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
255 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
255 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7160  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
252 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  37.69 
 
 
255 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
254 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
255 aa  143  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
244 aa  144  2e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
245 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.09 
 
 
272 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
251 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
252 aa  142  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
262 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3720  short chain dehydrogenase  36.7 
 
 
262 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0906259  normal  0.2081 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4559  short chain dehydrogenase  36.7 
 
 
262 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3804  short chain dehydrogenase  36.7 
 
 
262 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.101152 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
256 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000512545 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.85 
 
 
246 aa  142  6e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
278 aa  142  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
255 aa  142  6e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
255 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  34.23 
 
 
262 aa  142  7e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.83 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.26 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.612868  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.240969  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
261 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.49 
 
 
259 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 
254 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  36.74 
 
 
253 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0373  Short-chain alcohol dehydrogenase  34.96 
 
 
243 aa  140  3e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>